Получив в беседе с настоятелем много мудрых духовных советов, наставлений, они собрались было уже уходить, как вдруг отец Филарет неожиданно слегка ударил своим игуменским посохом Елизавету – дочь матери и сказал: «Привыкай к этому, – когда сама будешь носить, то будешь знать, как им пользоваться». Пророческие слова настоятеля сбылись. Елизавета впоследствии стала Верхо-Харьковской игуменьей Емилией.
Дар прозорливости способствовал о. Филарету в осуществлении внешней преобразовательной деятельности в Глинской пустыни.
Велика была сила молитв старца Филарета, и многочисленные случаи исцелений свидетельствуют об этом. Однажды один крестьянин с сильной головной болью приехал на монастырскую мельницу. В то время там был о. Филарет; он взял больного за голову двумя пальцами, и болезнь тотчас же прошла.
Современники называли о. Филарета «старцем святой жизни». «Олицетворяя в себе тип древнего иночества и настоятельства по образу великих светил иночества: Пахомия, Евфимия, Саввы и других восточных и отечественных наших преподобных, игумен Филарет с великою мудростью духовною и прозорливостью соединял особую кротость и любовь ко всем ближним. Эта любовь выражалась в нем преимущественно в желании и стремлении всех спасти и привести в духовное о Христе совершенство... Это был и настоятель, и вместе любвеобильный отец для всей своей братии, которою руководил он не столько строгостью, сколько любовью и собственным примером святого иноческого жития. Отец Филарет воздвиг Глинскую пустынь «на степень благоустроеннейшего в духовном отношении монастыря» (Очерк жизни Святогорской Успенской пустыни архимандрита Германа. 1894. С. 25).
Труды о. Филарета не могли остаться незамеченными. «За отлично усердную службу» 20 января 1829 года он был награжден золотым наперсным крестом из кабинета императора Николая I (весом 15 золотников). «За примерное поведение и попечительность в благоустройстве обители» 1 марта 1835 года о. Филарету был вручен игуменский посох. 14 марта 1839 года «за прохождение настоятельского служения с отличным усердием и особенно пользою для обители» о. Филарет был возведен в сан игумена.
В письме Илиодора (Чистякова), епископа Курского и Белоградского, в Святейший Правительствующий Синод по случаю возведения настоятеля Филарета в сан игумена было сказано:
«В Глинской Рождество-Богородицкой общежительной пустыни строитель иеромонах Филарет проходит настоятельское служение с 1817 г., при поведении весьма честном, с отличным усердием и особенною пользою для обители.
Вследствие чего означенный строитель Филарет признан мною быть достойным игуменского сана, в каковой и произведен мною 14 марта сего года, с присвоением ему сей степени лично.
О чем Святейшему Правительствующему Синоду благопокорнейше доношу во известие.
Вашего Святейшества нижайший послушник Илиодор, епископ Курский». Однако не к земным почестям были направлены устремления игумена Филарета. Сознание своего труда ради Бога и Царицы Небесной было его самым большим утешением. Внешняя преобразовательная деятельность никогда не затмевала его заботы о духовном преуспеянии братии вверенной ему Богом обители. Подтверждение этой мысли находим в кратком описании Глинской пустыни, представленном отцом Филаретом в Курскую духовную консисторию в 1837 г.: «Хотя и видны некоторые успехи наружного благоустройства, но внутреннее духовное здание, зиждимое благодатию Господа нашего Иисуса Христа и помощью Владычицы Пресвятой Богородицы, паче и паче занимает умы и сердца братства Глинской пустыни, а все это вкупе принадлежит не нам, но имени Твоему, Господи».
До самой кончины он ревностно исполнял свои настоятельские обязанности: ежедневно отдавал распоряжения по делам обители, принимал братию, благословлял богомольцев и т. п. Однако, все более и более возвышаясь духовно, о. Филарет с каждым днем слабел телесно. В 1838 году, за два дня до праздника Рождества Христова, от полного изнеможения сил он потерял сознание, братия с трудом привели его в чувство. После этого телесные силы о. Филарета стали угасать видимо для всех. Последнюю Божественную литургию он совершил в Неделю Православия Великим постом 1841 года.
Перед переходом в иную жизнь игумен Филарет благословил братию и со смирением просил у всех прощения и молитв о себе... В молчании и уединении встречал приближающуюся кончину. Господь благословил ему в духовной радости провести первый день Пасхи. В час пополуночи под понедельник он причастился Святых Таин, а в б часов 30 минут утра старец Филарет мирно скончался. Это было 31 марта 1841 года. Знаменательно, что в этот же день совершалось празднование Иверской иконе Божией Матери, которую о. Филарет получил в благословение при переходе на настоятельство в Глинскую пустынь.