«Иеромонахи и послушники, старцы и юноши равно оплакивали своего великого старца – отца, который, как святой, лежал в гробу, издавая благоухание от труженического мертвого своего тела» (Очерк жизни Святогорской Успенской пустыни архимандрита Германа. 1894. С. 31). Один из послушников спросил о. Арсения (Митрофанова): «Не положено ли было в гроб каких благоуханий земных?» Отец Арсений, который присутствовал при облачении и положении во гроб свято почившего старца, удостоверил его, что никаких благоуханий не было там положено, а что это благоухание есть возмездие от Бога потов и трудов его преподобных.
В самой смерти блаженного старца Филарета, когда все собравшиеся священнослужители в праздничных ризах возносили к Богу победные над смертью пасхальные песнопения, казалось, был залог вечного блаженства почившего в Царствии Небесном.
Похоронен был настоятель Филарет «согласно его завещанию у прага храма, да поминают все входящие в храм Господень» (слова, сказанные старцем при приготовлении себе смертного покоя). Последним его предсмертным завещанием было: «Имейте, братие, мир и любовь между собою, а я, если обрету у Господа дерзновение, то верую, яко обитель наша не оскудеет. Вы же сотворите любовь, поминайте меня отцом своим, аще аз и недостойный, и обрящете благодать от Бога».
И поистине игумен Филарет не оставил духовных чад своим предстательством перед Богом. Он являлся неоднократно своим ученикам или почитателям, предсказывая им день кончины, подавая необходимые советы, спасительные наставления.
Многочисленный сонм последователей игумена Филарета до сих пор бережно хранит его наставления – уроки об очищении сердца, руководствуется ими в своей духовной борьбе.
Господь, несомненно, сподобил Своего праведника – Глинского настоятеля игумена Филарета – небесной славы. Некоторые старцы, достойные духа созерцаний, неоднократно видали покойного отца Филарета Глинского поющим на клиросе с братией.
В 1847 году, когда копали рвы для фундамента в целях расширения соборного храма, пришлось вскрыть склеп, где был погребен о. Филарет. Монах Израиль, «видя гроб совершенно целым, решился приподнять крышку его и увидел одежды также целыми, а тело аввы нетленным и благоухающим».
Во все последующие периоды существования Глинской обители в ней всегда с великим благоговением хранили память о незабвенном авве. И лучшим подтверждением этому служило строгое соблюдение монастырского устава и всех заветов старца, причем «соблюдение, не ограничивающееся одной внешней стороной, но проникнутое самим духом пустынного общежительного иночества, об утверждении которого в обители так заботился старец Филарет».
По свидетельству иноков обители, и в XX веке из уст Глинских старцев часто слышались выражения: «Старец Филарет говорил», «Батюшка Филарет установил» и т. п.
В день тезоименитства преподобного аввы, 1 декабря (старого стиля), в Глинском монастыре и в Дальнем Спасо-Илиодоровском скиту всегда совершалось заупокойное всенощное бдение, а после литургии – панихида.
В этот день произносилось специальное поучение, посвященное богоугодной жизни старца Филарета – смиренномудрого и богобоязненного подвижника.
Своими молитвами, трудолюбием, духовными книгами, нотными произведениями, «уставами» игумен Филарет оставил последующим поколениям много памятников. Но лучшим из них стала возрожденная и возобновленная им Глинская пустынь.
Отец Филарет еще за два года до кончины на слова иноков: «После вас, батюшка, обитель наша совсем разорится» – ответил: «Не разорится, а созиждется, увеличится и процветет». И предсказание его исполнилось.
Особое значение имеют труды игумена Филарета.
Прежде всего, отец Филарет составил, по образцу Афонского, Устав Глинской пустыни (подлинник, написанный самим игуменом Филаретом, хранится в РГИА, ф. 796, оп. 102, д. 936). Устав состоит из 3 отделов, включающих 36 глав. В первом отделе определен чин богослужения, поминовений, порядок в трапезе; во втором – обязанности братии на послушаниях; в келлиях; в третьем – обязанности настоятеля и старшей должностной братии: духовника, благочинного, ризничего, уставщика, казначея и др.
Устав Глинской пустыни отличается от других не только строгостью и точностью исполнения церковных правил, но некоторыми обрядами, совершаемыми при богослужениях (подробнее см.: Иоанн (Маслов), схиархимандрит. Глинская пустынь. 1994. С. 128–129).