После блаженной кончины игумена Филарета многие ученицы почившего аввы перешли под руководство о. Макария. Как о. Филарет, так и отец Макарий имели особое духовное общение с инокинями Борисовской женской пустыни (Курской епархии). Последние часто бывали у своих старцев и вели с ними переписку. «При случае, – говорила одна из монахинь, – к о. Макарию сразу присылалось до 70 писем, и на все он не ленился отвечать». Приведем здесь сообщение престарелой монахини Агнии, которое ясно изображает отношение старца к ученицам. «Я, – пишет матушка Агния, – мирянкой была во многих обителях, многих старцев знала, но ни к кому так духовно я не расположилась, как к о. Макарию, которого сразу полюбила и сделалась его ученицей. Замечательно, что, видя его строгую жизнь, невольно многие, по силе своей, ему подражали. Познакомившись с батюшкой, я перестала есть мясное, потом сбросила цветную одежду и под конец пожелала поступить в монастырь».
«Мое знакомство с батюшкой состояло в скорби и терпении. При личном свидании он все ласкал да утешал, а молитвами своими снова под страшные скорби подводил, надеясь, что его же молитвами я их понесу». «Кого люблю, того и наказую», – нередко говорил батюшка, подражая священным словам апостола: «Егоже любит Господь, наказует». Матушка Агния имела деньги, хорошую келлию, была любима игуменьей, от всех сестер имела почет, но это не было для души ее во спасение, ибо многими скорбьми подобает нам внити в Царствие Божие, и вот старец помолился и устроил так, чтобы она понесла эти спасительные скорби. Прежде всего, старец хотел уменьшить почет ее со стороны сестер обители. Им она выписывала фольгу для украшения киотов к иконам и чай. Старец запретил вести торговлю и самой не велел работать, а чаще открывать Псалтирь.
«Это неважно, – подумала Агния, – родные помогают, я и так проживу». После этого о. Макарий писал ей: «Пошлется тебе злое, потерпи Бога ради». – «Что батюшка пишет? – снова думает Агния. – Игуменья меня любит, деньги у меня есть, одежда есть, келлия хорошая, родные меня любят, что буду терпеть?» Но как она не была способна перенести скорбей благодушно, то они и отлагались до времени. Она еще приехала к своему старцу и несколько раз была у него. Он постоянно твердил: «Поплачь, поплачь; о чем бы не плакать, лишь бы не радоваться». Она все не обращала на это внимания: «Ты деньги побереги, тебе нужно будет крышу покрыть». – «У меня, батюшка, крыша новая». Старец подает параман и говорит: «Надень и до смерти носи – это скорби терпеть до смерти». Прощаясь с о. Макарием, матушка Агния сказала о волнении в сердце. «Там какое-то бремя готовится», – ответил подвижник. И вот в скором времени по приезде в свой монастырь на Агнию действительно легло бремя скорбей. Положение ее изменилось. Предсказание старца исполнилось в точности. Целый год она терпела гонение. Деньги ее пропали за одним купцом, келлию обокрали, родные в недолгом времени один за другим умерли. Надежда на деньги и на родных оказалась тщетной, так же как и на любовь многих. Во время скорби о. Макарий частыми утешительными письмами поддерживал свою ученицу. Наконец, она сама к нему приехала. Он говорит: «Грешному монаху, как мы с тобой, Агния, мало скорби, нужно посрамление потерпеть». И что же? Возвращается в монастырь, и ее из хорошей келлии переводят в худшую. От великих скорбей и посрамления начались болезни, которые продолжались несколько лет. Отец Макарий опять письмами подкреплял упадающий дух страждущей монахини, уверяя, что это все пройдет и она опять будет жить по-прежнему. Это также исполнилось; но уже не было во вред души, ибо она прошла горнило искушения и знала тщетную надежду на земные блага и на изменчивую любовь человеческую.
Вообще старец Божий одних утешал лучшим будущим, других предупреждал о будущих скорбях, подготовляя заблаговременно, чтобы постигшее легче переносилось, и т.д.
Желая отсечь самоволие, старец входил в положение учениц до мелочей и подробностей. Узнав от той же монахини Агнии, что она имеет довольно одежды и белья, сказал: «Что же ты не раздашь, ведь это грех. Я наг родился и хочу нагим умереть. Сколько у тебя горит лампадок в келлии?» – «Три». – «А сама спишь и потягиваешься. Лучше бы лампады не горели, да сама встала и положила сто поклонов».
Другая ученица о. Макария, почтенная монахиня – старица другого монастыря, про свое поступление в монастырь, по прозорливому указанию старца, рассказала следующее. «Однажды еще молодой, в какой-то праздник, я была в церкви Глинской пустыни на соборном молебне. Между предстоящими я увидела одного тощего, высокого ростом, со впалыми глазами иеромонаха. Он стоял совершенно неподвижно, закрыв глаза. Мне очень захотелось видеть его лицо, и вот, только что я подумала об этом, как он повернулся ко мне и стал прямо на меня смотреть открытыми глазами. Это был, как я после узнала, отец Макарий. В другой раз я была в Глинской пустыни с одной маленькой девочкой. Много слышала я про отца Макария, но лично идти к нему почему-то как бы опасалась. После обедни я отправилась в номер гостиницы, а девочка незаметно для меня где-то осталась...