Глинская пустынь стала инициатором борьбы с сектантством в Курской епархии. В целях укрепления устоев Православия в Глинской пустыни создается миссионерский кружок. Был разработан устав кружка, выделено особое помещение для его занятий, организована большая миссионерская библиотека. В обязанность членов кружка входило ежедневное чтение поучений в храмах, беседы с народом, подготовка к изданию антисектантской литературы, которая затем раздавалась людям. Члены кружка, ежегодно развивая свою деятельность, сделали проповедование слова Божия постоянным и планомерным. По образу Глинского – в других русских монастырях также были организованы проповеднические кружки. Но Глинский кружок в XIX – начале XX века был самым многочисленным, а деятельность его, по отзывам архиереев, наиболее плодотворной.
Забота о детских душах. Большое внимание уделяли Глинские иноки работе с детьми. Издавались «Глинские Богородицкие книжки» для детей, они были неотъемлемой частью фондов школьных библиотек. Дети охотно читали и перечитывали их. Глинская пустынь часто принимала паломнические группы из учащихся земских, церковноприходских школ. Дети очень любили посещать обитель. По отзывам их учителей, эти посещения «оставляли неизгладимое впечатление в сердцах учащихся, облагораживали их души, обогащали святыми воспоминаниями их детство». В обители им дарили духовные книги, иконы, картины религиозного содержания. Настоятель присылал им в гостиницу большой спектроскоп с передвигающимися картинками, изображающими святые места Палестины, что было очень интересно детям.
Особенностью Глинской пустыни был созданный при ней для воспитания мальчиков-сирот Дом трудолюбия. Круг ремесел, которым обучались мальчики, был очень велик (более двадцати различных видов ремесел), в том числе: живопись, иконопись, столярное, слесарное, переплетное, позолотное мастерство, шитье, выделка ковров, садоводство, пчеловодство, огородничество и т.д. Особое внимание уделялось духовно-нравственному воспитанию. В Доме трудолюбия преподавались уроки Закона Божия, чтения, чистописания, церковного пения. Монастырь выделял большие средства на содержание детей. Кроме того, Глинская пустынь большие суммы жертвовала на нужды народного образования: на содержание духовных учебных заведений, приютов, церковно-приходских школ. Жертвовала школам иконы, необходимое оборудование, отпускала бесплатно лес.
Благотворительная деятельность обители. Глинские иноки служили как духовным, так и сугубо земным, материальным нуждам своего народа. Епархиальные архиереи отмечали, что Глинская пустынь более всех монастырей помогает «странным и бедным». Пустынь славилась не только просветительной, но и благотворительной деятельностью. Благотворительная деятельность была столь непреложным законом обители, что о ней было записано в Уставе монастыря. Глинские иноки безотказно помогали всем к ним обращавшимся. Обитель содержала несколько гостиниц, богаделен, странноприимниц. Ежегодно пустынь принимала более 60 тысяч богомольцев. Все они бесплатно пользовались жильем, трапезой, одеждой, обувью. Только хлеба ежедневно братия выпекала для богомольцев около 1500 кг. В периоды неурожаев, голода Глинские иноки щедро раздавали крестьянам хлеб. В случае бедствий (пожара, эпидемий, падежа скота) все обращавшиеся получали от пустыни пособие (деньги, лес, продукты). Больным в монастыре всегда оказывалась бесплатная высококвалифицированная медицинская помощь.
Поскольку братия обители всегда уделяли большое внимание вопросам организации больницы, аптеки, их благоустройству, больница Глинской пустыни по своему благоустройству, богатому запасу медикаментов, хирургических инструментов была лучшей в епархии и, по отзывам современников, превосходила многие губернские больницы. Популярность Глинской больницы была очень велика. Ежегодно сюда обращались около двадцати тысяч человек. Средства на всю эту благотворительную деятельность обитель получала как от своего хозяйства, так и за счет пожертвований. Хозяйство монастыря было организовано на самом высоком уровне. В Глинской пустыни были образцовые – мастерская, пасеки, огород; процветало садоводство, рыбоводство. При обители работали дегтярный и кирпичный заводы, маслобойня, крупорушка, мельницы. За счет неустанного братского труда обитель могла помогать нуждающимся. Монахи отдыхали не более 4–5 часов в сутки.
Патриотическое служение земному Отечеству. Глинская пустынь прославилась и своей патриотической деятельностью. В периоды войн многие послушники по благословению настоятеля уходили на фронт защищать Отечество. Во время Первой мировой войны более половины послушников было отправлено в действующую армию. Многие Глинские иноки известны как флотские или полковые священники. Во время войн Глинские иноки неоднократно высылали воинам фронта продукты, одежду, обувь, белье.