Для того, чтобы устав прочно вошел в обиход иноческой жизни, игумен Филарет решил представить его в Святейший Синод на утверждение. Устав Глинской пустыни был утвержден Святейшим Синодом 24 августа 1821 года.
Впоследствии о. Филарет сам тщательно переписал Глинский устав так называемым уставным письмом и переплел в кожу.
Одновременно с подъемом внутренней, духовно-подвижнической жизни братии отец Филарет много сил отдал и внешнему благоустройству обители. Ревностно принялся настоятель отец Филарет за восстановление обители. Он занимался не только ремонтом построек, но и осуществил ряд конструктивных планов: определил новую планировку обители, предпринял строительство новых храмов, других зданий монастыря. Постепенно увеличивалось число влиятельных благодетелей, среди которых были помещик Д.С. Бровцын, А.С. Анненков, ахтырский помещик К.Д. Хрущов, щедрая благотворительность которых позволила осуществить многие строительные работы в обители.
Заметные перемены во внутреннем и внешнем благоустройстве обители произошли уже через месяц управления обителью о. Филаретом. Это отметил при посещении Глинской пустыни Преосвященный Феоктист. Он с радостью сказал: «Слава Богу чудодеющему! Ныне возрадовася душа моя: вижу Лазаря из мертвых воскресша», и 1 июля 1817 года в Курске наградил о. Филарета набедренником «за многополезное и высокоразумное управление» святой обителью. В 1818 году о. Филарет был награжден наперсным крестом в память 1812 года.
Кроме молитвенного подвига и уставных особенностей богослужения, Глинская пустынь вносила свой вклад в духовное просвещение народа посредством строительства храмов.
До прибытия в Глинскую пустынь о. Филарета храмы ее не отличались особым величием, что стало характерно для более позднего времени. На средства благотворителя, помещика Д.С. Бровцына, о. Филарет привел в благолепие теплый храм Святителя и Чудотворца Николая. 15 августа 1819 года теплый храм обители был освящен новым правящим архиереем – Преосвященным Евгением (Казанцевым). После освящения храма он сказал назидательное поучение для братии Глинской пустыни и всех паломников, смысл которого сводится к тому, чтобы православные христиане заботились как о внешнем благолепии храмов, так и о созидании внутреннего духовного храма: «Кто со Христом не распинает страстей своих, кто не жертвует за истину жизнью со Христом и Его мучениками, – тот не составляет собою храма Христова, тот не есть христианин, хотя и носит сие священное имя...».
Преосвященный Евгений связывал начавшееся процветание Глинской пустыни не столько с внешним, сколько с духовным возрождением обители. Он увидел братию монастыря в полном духовном единении, стремлении к подвижническому житию и поэтому в своем поучительном слове отметил, что процветание Христовых обителей всегда происходило и происходит не столько от внешнего благолепия, сколько от внутреннего благочестия братий, которые добрым подвигом подвизаются воплотить в своих душах идеал Христова учения.
Проявляя заботу о благоустройстве обители, игумен Филарет в том же 1819 году выстроил одноэтажный деревянный братский корпус на шестнадцать келлий.
В 1820 году был сделан капитальный ремонт соборного храма, с северной и южной сторон которого о. Филарет выстроил два больших притвора со сводами. Высоко оценивал труды о. Филарета святитель Филарет (Дроздов). Он писал: «...Ныне новый строитель во многом уже успел, и... обитель сия процветать стала благодатию, что не так обычно».
Александр I, имевший аскетическую духовную настроенность, пожелал лично говорить с Глинским настоятелем, и 5 июля 1821 года о. Филарет представился императору Александру I в его тайном кабинете. «При входе смиренного старца благословенный властитель России встал, по своему замечательному смирению принял благословение от вошедшего и, облобызав десницу его, милостиво расспрашивал о происхождении его, о зданиях Глинской пустыни, качестве ее земли, о числе братий, способах их содержания и об уставе обители».
В числе вопросов, которые были заданы императором игумену Филарету, были следующие: «Каким образом поставили вас настоятелем монастыря?», «Были вы в монастыре Валаамском?», «Правила пустыни вашей согласны ли с валаамскими?» и другие.
Монарх Александр Павлович благоговел перед духовными старцами, лично знал жизнь ряда обителей, а поэтому очень внимательно отнесся к нуждам Глинской пустыни. Отец Филарет передал императору краткую докладную записку, в которой просил пожаловать пустыни 300 десятин леса, увеличить штат братии до 20 монахов и уплатить долги пустыни (3000 рублей). Отец Филарет просил также утвердить устав обители, составленный им по образцу Афонского, и ходатайствовал о том, чтобы настоятеля Глинской пустыни назначал не архиерей, а избирала братия из своей среды.