Все соответствующие архивы можно разделить на две большие группы: государственные и церковные. В Российском государственном историческом архиве (РГИА, Санкт-Петербург) хранится большое количество документов о русских храмах и монастырях в странах Юго-Восточной Европы в XIX-начале XX веков. Они находятся в фондах Канцелярии Святейшего Синода (ф. 796), Канцелярии обер-прокурора Синода (ф. 797), Хозяйственного управления Синода (ф. 799), Комиссии по постройке храма Рождества Христова на Шипке (ф. 819), фонде «Строительные планы и фотографии Святейшего Синода» (ф. 835) и ряде других. Подобные документы также имеются в Центральном государственном историческом архиве Санкт-Петербурга – фонде Петроградской духовной консистории (ф. 19) и др., так как до 1918 г. все русские храмы в зарубежной Европе находились в ведении Петроградского (до 1934 г. – Санкт-Петербургского) митрополита.
Особый интерес среди российских государственных архивов в плане избранной темы представляет находящийся в Москве Государственный архив Российской Федерации (ГА РФ). Здесь большинство документов по истории русской церковной эмиграции содержат обширные фонды Совета по делам религий (до 1965 г. – Совета по делам Русской Православной Церкви) (ф. Р-6991) и, прежде всего, Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей (ф. Р-6343). Архив канцелярии Архиерейского Синода первоначально находился в Сремских Карловцах и в первые месяцы 1945 г. был вывезен советскими войсками в Москву и помещен в Центральный государственный Особый архив СССР.
25 августа 1948 г., согласно решению № 12/3-937 Главного архивного управления МВД СССР, документы Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей в количестве 55 дел и 16 килограммов россыпи передали в Центральный государственный архив Октябрьской революции и социалистического строительства СССР (ныне ГА РФ), где после обработки и описания был образован фонд Р-6343 «Высшее церковное управление Русской Православной Церкви Заграницей» в количестве 384 дел. В 1996 г. фонд был переименован в «Архиерейский Синод Русской Православной Церкви Заграницей г. Сремские Карловцы, Югославия». В 1992 и 1998 гг. к нему присоединили несколько дел, сформированных из россыпи, поступившей из Библиотеки федеральных архивов. В настоящее время фонд Архиерейского Синода включает в себя 388 дел за 1917–1941 гг. Следует назвать и личные фонды ряда известных зарубежных церковных деятелей, в частности, митрополита Западно-Европейского Евлогия (Георгиевского) (ф. Р-5919). Религиозную ситуацию в Юго-Восточной Европе и историю русской церковной эмиграции в 1920-1930-е гг. можно изучать и по материалам Российского государственного архива социально-политической истории в Москве (РГАСПИ), в частности, в фонде Центрального Комитета ВКП(б) – КПСС (ф. 17).
В Германии прежде всего следует указать Федеральный архив в Берлине (Bundesarchiv Berlin – ВА), где наибольшее значение для избранной темы имеет фонд Рейхсминистерства иностранных дел, в котором хранятся дела, содержащие донесения немецких посольств и уполномоченных МИДа о религиозной ситуации в европейских странах. В двух подобных делах, в частности, имеются сведения о положении русских обителей на Святой Горе Афон (R 901). В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Православной Церкви на территории Восточной Европы: в нескольких группах сообщений представителей этого ведомства (R 58).
Фонд Рейхсминистерства церковных дел содержит прежде всего материалы о положении приходов Русской Православной Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о религиозной ситуации на Балканах. Таким образом, в этом фонде отложились дела, содержащие богатую информацию о Православных Церквах в Греции (в том числе на Святой Горе Афон), Протекторате Богемия и Моравия, Болгарии, Румынии и Сербии (R 5101). Кроме того, в Федеральном архиве отдельные акты, относящиеся к германской церковной политике на юго-востоке Европы, содержатся в фондах Имперской канцелярии (R 43/II), Рейхсминистерства юстиции (R 22), Рейхсминистерства финансов (R 2), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др.
Ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn – АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Югославии, Греции, Словакии, Венгрии и т. д. (Inland I-D, 4740–4742, 4797–4800 и др.).