По молитве отца Иоанна совершалось и теперь, по его блаженной кончине, продолжает совершаться множество дивных чудес. Излечивались молитвой и возложением рук святого праведника самые тяжкие болезни, когда медицина отказывалась. Исцеления совершались как наедине, так и при большом стечении народа, а часто и заочно. Достаточно было иногда написать письмо отцу Иоанну или послать телеграмму, чтобы чудо исцеления совершилось. По молитве отца Иоанна прозревали слепые. Особенно замечательно происшедшее на глазах у всех чудо в селе Кончанском (Суворовском), описанное случайно находившейся тогда там суворовской комиссией профессоров военной академии (в 1901 году). Женщина, много лет страдавшая беснованием и приведенная к отцу Иоанну в нечувствительном состоянии, через несколько мгновений была им совершенно исцелена и приведена в нормальное состояние вполне здорового человека.
Во время службы письма и телеграммы приносились отцу Иоанну прямо в алтарь, и он тут же прочитывал их и молился о тех, кого просили помянуть. Святой исцелял силой своей молитвы не только русских православных людей, но и мусульман, и евреев, и обращавшихся к нему из-за границы иностранцев. Этот великий дар чудотворения был наградой праведнику за его великие подвиги – молитвенные труды, пост и самоотверженные дела любви к Богу и ближним.
Отец Иоанн был замечательным проповедником. Было издано и собрание сочинений отца Иоанна, состоящее из нескольких томов. Особой популярностью у верующих пользуется его пастырский дневник «Моя жизнь во Христе». Это был дневник духовной жизни святого отца, запись благодатных мыслей и чувств, которых удостоился он, по его собственным словам, «от просвещающего Духа Божия в минуты глубокого внимания и испытания себя, особенно во время молитвы». «Моя жизнь во Христе» ярко свидетельствует об аскетической борьбе с греховными помыслами, этой «невидимой брани» которую заповедуют всем истинным христианам древние великие отцы-подвижники. Дневник этот нельзя только «прочитать» – его надо всегда перечитывать, и всегда найдешь что-то новое, живое, святое.
«Моя жизнь во Христе» уже вскоре после своего выхода в свет настолько привлекла к себе всеобщее внимание, что была переведена на несколько иностранных языков, а у англиканских священников сделалась даже любимой настольной книгой. Основная мысль всех письменных творений Кронштадтского святого – необходимость истинной горячей веры в Бога и жизни по вере, в непрестанной борьбе со страстями, преданность вере и Церкви Православной как единой спасающей.
Свыше двадцати пяти лет отец Иоанн был педагогом в кронштадтских училище и классической гимназии, где он преподавал Закон Божий. На его занятиях не было неспособных. Он не заставлял учеников зубрить Евангельские заповеди «из-под палки», а старался, чтобы они усваивали их сердцем и следовали им в жизни. Особенное значение отец Иоанн придавал чтению житий святых и всегда приносил на уроки отдельные жития, которые раздавал учащимся для чтения на дому. Заступался за неуспевающих учеников, сам принимался за их исправление и помогал становиться полезными для общества.
По свидетельству очевидцев и сослуживших, совершение отцом Иоанном Божественной литургии представляло собою непрерывный горячий молитвенный порыв к Богу. Слезы умиления лились из его глаз, но он не замечал их.
Все перерождались и чувствовали, как лед сомнения и неверия постепенно таял и заменялся теплотой веры. Во время службы он был воистину посредником между Богом и людьми, ходатаем за грехи их, был живым звеном, соединявшим Церковь земную, за которую он предстательствовал, и Церковь небесную, среди членов которой он витал в те минуты духом.
После службы, сопровождаемый тысячами верующих, отец Иоанн выходил из собора и отправлялся в Петербург по многочисленным вызовам к больным. И редко когда возвращался домой ранее полуночи. Надо полагать, что многие ночи он совсем не имел времени спать.
Но и самая слава отца Иоанна была его величайшим подвигом, тяжким трудом. Всюду, где бы он ни показался, около него мгновенно вырастала толпа жаждавших хотя бы лишь прикоснуться к чудотворцу. По желанию верующих отцу Иоанну приходилось предпринимать поездки в разные города России. Эти поездки были настоящим триумфом смиренного Христова служителя. Стечение народа определялось десятками тысяч, и все бывали объяты чувствами сердечной веры и благоговения, страхом Божиим и жаждой получить целительное благословение. Не только Харьковский собор, но и площадь около него во время служения отца Иоанна 15 июля 1890 года не могли вместить молящихся, которые наполняли даже все прилегающие улицы.