С 1871 года преосвященный Феофан предался полному затвору в Вышенской пустыни – бедной и как бы затерявшейся в лесах Тамбовской губернии. Для совершения богослужения святитель Феофан устроил себе маленькую церковь, выделив для этого часть гостиной. Вместо иконостаса, была простая занавесь из дешевой материи, которой алтарь был отделен от остальной части церкви. В свою келью, кроме келейника, духовника и настоятеля обители, являвшихся к нему по временам, никого не принимал.
Узнав о великом подвижнике, люди со всех сторон стали письменно обращаться к нему за советами; и святитель Феофан, не нарушая своего затвора, не отказывал никому в духовном наставлении. Ежедневно он писал около сорока ответных писем. В них он выражает отеческую заботу к одним, других наставляет, вразумляет, иным отвечает на те или иные вопросы христианской жизни, тех утешает в скорбях, иных предостерегает от разного рода заблуждений и увлечений. Следя из своего затвора за современною жизнью и мыслью, особенно церковной, святитель Феофан со всею ревностью сильного борца Православия встает на защиту его при первом появлении какого бы то ни было учения, противного духу Православия.
Со временем жизнь святителя Феофана сделалась сокровенною для людей, а ведомою одному Богу. Даже на прогулку, для пользования свежим воздухом, преосв. Феофан в годы полного затвора выходил на балкон при своем флигеле так, чтобы никто не мог его увидеть.
О жизни святителя в полном затворе можно передать небольшие сведения – частично по некоторым его собственным замечаниям, частично по свидетельству близких лиц, наконец, по тому, что открылось в его кельях после его кончины. В церквушке во имя Богоявления Господня, устроенной в келье, он совершал богослужения или вычитывал, что нужно в положенные часы. Там-то он, в первые десять лет полного затвора каждый воскресный и праздничный день, а в последующие годы ежедневно, совершал и Божественную Литургию, также один, «в сослужении ангелов» по выражению одного инока. В алтаре церковки по кончине святителя на стене нашли подвешенный мешочек, весь наполненный записочками с именами лиц, просивших святителя поминать их в своих молитвах.
Все от Бога: и болезни, и здоровье, и все, что от Бога, подается нам во спасение наше. Так и ты принимай свою болезнь и благодари за то Бога, что печется о спасении твоем. Чем именно посылаемое Богом служит во спасение, того можно не доискиваться, потому что и не узнаешь, может быть. Посылает Бог иное в наказание, как епитимию, иное в образумление, чтоб опомнился человек; иное, чтоб избавить от беды, в какую попал бы человек, если бы был здоров; иное, чтоб терпение показал человек и тем большую заслужил награду; иное, чтоб очистить от всякой страсти, и для других причин… Ты же, когда вспомнишь о грехах, говори: «Слава Тебе, Господи, что наложил Ты на меня епитимию в наказание!» Когда вспомнишь, что прежде не всегда поминал Бога, говори: «Слава Тебе, Господи, что Ты дал мне повод и науку почаще вспоминать о Тебе!» Когда придет на мысль, что если бы была здорова, то иное и не доброе сделала бы, говори: «Слава Тебе, Господи, что не допускаешь меня до греха», и так все… Так и благодушествуй!
За все благодарите Бога; и за нездоровье благодарите. Мне со стороны легко так говорить; вам же на деле не легко, может быть, так чувствовать. Всяко при слове о терпении и молюсь, да даст вам Господь благодушно перенесть болезнь, и научиться в ней чему-нибудь. Для чего связал вас Господь, кто угадает? Но то несомненно, что и это попущено вам в видах споспешествования целям жизни, которую вы избрали, и в которой хоть кое-как держать себя стараетесь. С этой стороны можно и не пытать более дела болезни вашей. Мужества себе к благодушному терпению, в минуты отяжеления страданий, ищите, кроме сказанного, в воспоминании терпения всех святых, и особенно мучеников. Сколько и как терпели?! И вообразить трудно. Да и всем – «многими скорбьми подобает внити в Царствие Божие» (Деян. 14, 22).
И то, что обетовано Господом, называется венцом. Чего ради? Того ради, что туда нельзя взойти без страданий. Туда дорога одна – крест произвольный или непроизвольный.
Ангел Хранитель да приносит вам утешение и благодушие! На то, что шум в голове не дает удержать мысли, не сетуйте. Бог судит душу по тому, что от ней самой зависит, а не потому, в чем она не властна. В сердце держите намерение не отходить от Господа, и Он примет сие дело.