Тогда же в качестве национальной эмблемы был введен тризуб — похожий на трезубец Нептуна — знак, который носили на левом рукаве униформы. Этот символ позднее будет играть большую роль для украинских националистов.
С точки зрения большевиков Рада и ее войска представляли собой «контрреволюционное сборище, состоявшее из буржуазных и националистических партий». Ответом на эти события в Киеве стало создание в Харькове правительства, ориентированного на большевиков.
В феврале 1918 года правительство Центральной Рады заключило сепаратный мир с Центральными державами.
Между тем, гражданская война в Советской России все больше захватывала территорию Украины. Начались боевые столкновения между «красными» и «белыми» в лице войск Рады. В ответ на призыв Рады о помощи, в феврале 1918 года в Украину вошли войска кайзеровской Германии и Австро-Венгрии. Центральная Рада, призвавшая иностранные войска, была отстранена от власти. В апреле было создано новое правительство. Марионеточную администрацию возглавил крупный землевладелец и бывший царский генерал Павло Петрович Скоропадский (1873–1945), получивший титул «гетмана». Гетманат опирался на штыки немецких и австро-венгерских войск. Став гетманом Украины, Скоропадский создал диктаторскую, националистическую систему, направленную против меньшинств.
Гетман, несомненно, был креатурой немецкого генерала Грёнера. Вильгельм Грёнер (1867–1939) с 1917 года возглавлял ряд военных командований в Украине и был начальником штаба экспедиционного корпуса. В этом качестве он сыграл большую роль в установлении диктатуры Скоропадского.
Петлюра присоединился к Скоропадскому и стал, как уже упоминалось, военным министром в его кабинете.
Восемь месяцев спустя австро-венгерские и немецкие войска покинули Украину. В Берлине Ноябрьская революция свергла кайзера Вильгельма ІІ, в Вене император Франц-Иосиф I отрекся от престола, а Центральные державы капитулировали.
Скоропадский лишился своих немецких покровителей и бежал в Германию. Власть в Киеве захватила состоявшая из пяти человек Директория, в которой Петлюра стал главнокомандующим (Отаманом), а после 1919 года и главой правительства.
В бытность его военным министром и главой правительства в Украине произошли многочисленные погромы национальных меньшинств. В них погибло около ста тысяч человек, в том числе большое количество евреев. Доказано, что в большей части этих погромов были виновны петлюровские войска. Особенно жестокая резня произошла в начале 1919 года в Бердичеве, Житомире и Проскурове. Петлюровские войска отступали перед наступающей Красной армией. За несколько часов в этих трех городах было убито 2000 жителей, в основном евреев.
Под влиянием и при поддержке Центральной Рады, в ноябре 1918 года, после отхода немецких и австрийских войск в Западной Украине (Восточная Галиция, Буковина и Карпатская Украина) была провозглашена Западно-Украинская Народная Республика (ЗУНР), которая, впрочем, перестала существовать уже в мае 1919 года.
В ноябре 1918 года Польша ввела свои войска в Западную Украину и аннексировала «исторические польские земли». 21 ноября 1918 года был захвачен Львов. До конца декабря там произошел ряд погромов. Регулярные польские войска, польская милиция и вооруженные гражданские лица убили множество евреев. В конце концов, польские войска и войска петлюровской Директории вступили в бои за Львов, Восточную Галицию и Волынь. Эта польско-украинская война достигла апогея весной 1919 года. В самом Львове жили преимущественно поляки, в окрестных селах — украинцы. Украинские националисты снова и снова атаковали Львов. Они видели в этом городе свой национальный, политический и культурный центр.
Пилсудский действовал без промедления. В мае 1919 года он направил ко Львову «Голубую армию» (польские солдаты носили голубые мундиры французов) под командованием генерала Юзефа Халлера (Галлера). Эта пятидесятитысячная, хорошо вооруженная и дисциплинированная армия выдавила украинцев и продвинулась до румынской границы. На этом война, по сути, закончилась.
В ноябре 1919 года Парижская мирная конференция на 25 лет передала Восточную Галицию (Галичину) под управление Польши.
В конце 1919 года красные (12-я армия под командованием Н.А. Жданова и 14-я армия под командованием А.И. Егорова) изгнали войска Директории из Украины. Петлюра с большей частью своих войск бежал в Польшу.
Пилсудский признал Петлюру главой правительства Украины после того, как тот отказался от претензий на Восточную Галицию. Этот отказ был частью договора между Польшей и вождем украинских националистов, заключенного 21 апреля 1920 года. Согласно договору, поляки обещали помочь Петлюре в создании армии и захвате власти в Украине. Подоплека такого неравного «партнерства» была понятна: 7 декабря 1919 года в Харькове была провозглашена Украинская Советская Социалистическая Республика.