Третий характерный компонент славянского генофонда представлен гаплогруппой N1с (мутация M46/Tat), в основном — ее подгруппой N1c1 (мутация М178), широко распространившейся в лесной зоне Восточной Европы, вероятно, вместе с неолитической культурой ямочно-гребенчатой керамики. Ее сверхвысокая доля у современных финнов (от 60 до 77 %) объясняется, судя по низкому разнообразию сопутствующих полиморфных маркеров, сильным генетическим дрейфом (значительная часть финнов является потомками единственного мужчины, жившего несколько тысяч лет назад и принадлежавшего к этой гаплогруппе). Но у других финноязычных народов эта гаплогруппа тоже очень распространена: у карелов и вепсов — 35–40 %, удмуртов — 56, коми — 50. Почти столь же высока ее доля среди эстонцев, латышей и литовцев — на уровне 30–40 %. Очевидно, что местный компонент «лесного неолита» в их составе сопоставим с пришлым, привнесенным культурами шнуровой керамики.
На севере Восточной Европы присутствует еще одна любопытная гаплогруппа — N1b (мутация Р43), характерная для южной и западной Сибири. У нганасан она составляет более 90 % (здесь тоже несомненна роль генетического дрейфа), у ненцев — 50–56, у хантов — 38, у хакасов, тувинцев и народов Алтая — порядка 25–35. Тем интереснее ее присутствие на уровне 15–25 % у коми и удмуртов, около 10 — у марийцев и чувашей и в очень небольшой пропорции (менее 1 %) — у финнов. Очевидно, распространение этой гаплогруппы в Европе связано с миграцией носителей прафинских языков, фиксируемой в позднем бронзовом веке памятниками турбинско-сейминского типа, а затем — ананьинской и родственными культурами (позднекаргопольской, лукконсаари).
Сопоставляя долю «южных» (I2а) и «северных» (N1с и N1b) гаплогрупп в разных популяциях славян, можно оценить удельный вес субстратного населения в их составе. Сразу бросается в глаза его высокая доля у северных русских: доля гаплогруппы N1с у них превышает 35 %, а доля N1b колеблется от 3 до 16 %. В большинстве выборок из центральной России доля Nlc варьирует на уровне 10–15 %, a Nlb — 0–1 %. Соответственно, доля I2а у северных русских составляет от 5 до 10 %, у центральных — около 10 %.
Как и следовало ожидать, у непосредственных потомков пражской культуры — поляков, чехов, словаков и украинцев — наблюдается противоположная картина: гаплогруппа N1c фиксируется на уровне 2–6 % (при отсутствии N1b), а гаплогруппа I2а — от нескольких процентов у чехов до 10 у поляков и до 15–20 у украинцев (к сожалению, во многих исследованиях мутация Р372, позволяющая отличить I2а от других ветвей предковой гаплогруппы I, не определялась).
Учитывая, что на западе славянского ареала исходная концентрация характерных для него гаплогрупп оказалась разбавленной смешением с германцами, можно предполагать, что накануне своего массового расселения славяне состояли из примерно 5–6 % носителей N1c и не менее 20 % — I2а, а доля R1a1 составляла около половины.
Что касается прабалтов и потомков культур штрихованной керамики и днепро-двинской, то у них южная гаплогруппа I2а вряд ли была представлена вообще (ее следы у летувисов и латышей могут объясняться поздней славянской примесью), а соотношение Nlc и R1a1 могло быть примерно таким же, как у современных балтов, эстонцев и поволжских финнов — от 30 до 40 % каждой.
У современных белорусов концентрация I2а изменяется от 27 % в Пинском Полесье (что также может быть следствием генетического дрейфа) и 22 в Гомельском Полесье до 3–7 на северо-востоке, а концентрация N1c — от 6–9 % на юге до 12 на северо-западе и почти 15 — на севере. На севере же зафиксированы и единичные случаи гаплогруппы N1b. Если суммировать данные по всем беларуским выборкам, то Nlb составляет 0,4 %, Nlc — около 9, I2а — 16 или чуть более. По мере увеличения объема исследованных выборок эти цифры могут уточняться, но общая картина вряд ли претерпит существенные изменения.
Очевидно, что генофонд беларуского этноса в целом очень близок к исходному генофонду ранних славян — настолько, что говорить о белорусах как об «ославяненных балтах» нет никаких оснований. Вместе с тем роль ассимилированного субстрата отчетливо ощущается на северо-западе и на севере Беларуси (в Гродненской и Витебской областях), где его доля сопоставима с долей субстрата в большинстве великорусских популяций (за исключением севера России, где такого субстрата гораздо больше).
При этом повышенная доля N1с на Гродненщине может объясняться смешением с летувисами уже в эпоху ВКЛ. Но субстрат на севере Беларуси несомненно был ассимилирован в пору ее славянизации и отражает смешанный характер кривичей и полочан.