Влияние матери, уже после ее смерти, оказалось решающим при очередной развилке жизненного пути. Накануне поступления в Институт инженеров путей сообщения (1909 г.; от медалиста требовалось сдать лишь один экзамен) с ним случился внутренний переворот, и он чуть не с экзамена уходит паломником в Оптину пустынь, о которой незадолго до того впервые услышал, знакомится там со старчеством как с религиозным явлением и лично со знаменитым старцем Варсонофием (Плиханковым). Уже через год Николай поступает в Московскую духовную академию, где вскоре принимает монашеский постриг с именем Варнава.
В годы учебы сближается со старцами близлежащей Зосимовской пустыни и с ректором, епископом Феодором (Поздеевским), во многом способствовавшим формированию его мировоззрения. Епископ Феодор, одна из центральных фигур русской церковной истории первой трети XX века, расстрелянный в 1937 году, тесно сотрудничал с кружком московской верующей интеллигенции, объединенной вокруг Михаила Новоселова. В этом кругу стремились сочетать погруженность в умное делание, внутреннюю молитву и широкие культурные интересы, работу по освобождению Церкви от государственного порабощения и раскрытие различных сторон православного учения для светского общества. Не без влияния епископа Феодора появились тогда в России ростки нового поколения молодых образованных людей, стремившихся к углубленной духовной жизни, знавших народную жизнь не понаслышке, умевших и любивших трудиться. Представителей этого несостоявшегося поколения воодушевляло желание переломить поверхностные настроения российского образованного сословия, создать новую культурную среду, открытую к религиозному опыту. Но им выпала другая доля. Вместо миссионерства и просветительства им пришлось принять на себя страшные удары разбушевавшейся стихии зла и человеческих страстей.
Проходя в академии курс внешних наук, о. Варнава одновременно усваивал навыки внутреннего делания, учась у современных подвижников, обитавших тогда в близлежащих к Лавре пустынях: иеросхимонаха Алексия (Соловьева), о. Варнавы Гефсиманского, игумена Германа (Гомзина), о. Серапиона Параклитского, иеромонаха Митрофана и других. Приблизил его к себе и духоносный старец схиархимандрит Гавриил (Зырянов), навещавший иногда своего духовного сына, ректора академии епископа Феодора. Уже в те студенческие годы юный монах много раздумывает над аскетической практикой и методологией древних отцов — пустынников, над их пониманием человеческой природы и ее проблематики. Один из его преподавателей, знаменитый свящ. Павел Флоренский, отмечал, что о. Варнава «немало размышлял о вопросах аскетики». В связи с тем, что тема его кандидатской диссертации была посвящена преп. Варсонофию Великому, молодой аскет изучает древнеегипетское подвижничество. Тем самым, войдя в круг идей и опытного знания древних святых, соприкасается и с наследием преп. Синклитикии, одной из основательниц не только женского монашества, но, в частности, и египетского.
Важнейшими из деланий — личными для него — стали следующие: полное послушание старцу, внутренний плач, терпение в скорбях и искушениях, упражнение в Иисусовой молитве. Пристальное внимание он уделял упорядочиванию бытовых сторон своей жизни, увязыванию так называемых «мелочей» с высшим Смыслом, с евангельским законом, очищению чувств и сердца, дисциплинированию ума. В 1914 году он писал: «Каждое дело должно носить моральную окраску, будет ли оно заключаться в изучении богословских наук или в сажании картошки… Всегда должно наблюдать за тем, чтобы извлечь духовную пользу для души». В конце жизни еп. Варнава создал книгу под названием «Тернистым путем к небу», но и в начале своего трудничества он стремился всегда руководствоваться правилом, которое можно обозначить схожим образом: от земного — к небесному (напоминание, что нельзя привязываться к праху). «Совершенно неважно, — писал он в те годы, — в каком веке живет человек; на чем он ездит (скоро можно <будет> говорить: на чем он летает), что представляет из себя его одежда — опоясание из листьев… или цветную шелковую рясу… неважно, занимается ли человек научными занятиями при электрическом освещении или при лунном… ест рукой или вилкой — все это неважно. Для спасения нужно только одно — предание себя всецело в руки и волю Божию… А предание это мы можем совершить не иначе, как вверясь беззаветно старцу».
Старцы наставляли его всегда выбирать «царский путь», избегать крайностей. Учись, но не забывай о цели всякого научения, которое предназначено делать из человека верного работника Божьего, говорили они, ревнуй о Боге, но, прежде всего, в каждый миг старайся узнать и исполнить Его волю, а значит сейчас старательно учись. Не выделяйся в обществе, но и не стушевывайся, когда требуется обозначить свою веру.