Примечательно, что после принятия юродства возле подвижника осталась одна молодежь. Он возвращал им смысл жизни, разрывал путы времени, показывая, что от каждого, как в эпоху гонений на первых христиан в Римской империи, зависит судьба Церкви.
В 1925 году епископ покупает полдома на Сенной площади и переезжает туда от Карелиных. За окнами сгущался мрак, но спустя годы владыка тепло вспоминал о жизни их тогдашнего сообщества: «Мы жили, не думая о завтрашнем дне». И им было светло в их надеждах и труде.
Послабления, допущенные режимом в годы НЭПа, сворачивались, атмосфера сгущалась; чтоб сохранить духовное горение, надо было вновь уходить от политической непогоды, пытаясь сберечь церковный строй жизни.
Сам епископ не поддерживал контакты с официальной иерархией, считая, что та слишком подобострастна перед земной властью, однако парадоксальным образом Константина Нелидова (в монашестве Киприана), своего духовного сына, в начале тридцатых годов благословляет работать в канцелярии митрополита Сергия (Страгородского), будущего патриарха, и тот весьма выделял молодого священнослужителя за доброе настроение. В 1928 году о. Киприан получает назначение служить в Кзыл — Орде. Это было знаком судьбы, и епископ принимает решение переезжать в Среднюю Азию и под покровом официального прихода строить невидимый миру тайный монастырь.
Лишь на краю социалистического рая, в пустыне, можно было попытаться наладить сокровенную жизнь христианской общины. Кзыл — Орда — недавняя столица Казахстана, небольшой азиатский городок, затерявшийся среди золотых барханов. В старой части города женщины в парандже скользили по узким улочкам из глиняных хибарок.
Советская власть превратила этот край в место ссылки; с половины двадцатых годов из Центральной России сюда направляли политически неблагонадежных; многие приезжали по собственной воле, в надежде, что здесь их забудут вездесущие органы. Удаленность от центра, бедность, крайняя нужда в культурных и научных кадрах и впрямь способствовали некоторому смягчению режима.
О. Киприан служил в местном храме; в воскресный день все общинники (приехало их с епископом семь человек) приходили на службу, читали на клиросе. Владыка — здесь его уже называли дядей Колей — без бороды, в обычной светской одежде стоял среди мирян. В будни девчонки уходили на работу, вечером и по ночам работали в саду, поддерживая домашнее хозяйство.
По улицам города постоянно гнали партии раскулаченных (общинницы носили им на пересыльный пункт, расположенный в бывшей мечети, еду). И хозяин дома, который снял дядя Коля, рассказывал об устройстве на острове в Аральском море лагеря для многосемейных раскулаченных крестьян, присылаемых сюда на поселение — на скорое переселение в жизнь вечную: ведь в одной из самых жарких точек Средней Азии в сутки давали по кружке воды.
Окружающая пустыня (на этот раз не только нравственная, но и географическая), тягучий восточный быт и давящая тягостная атмосфера надвигавшейся из далекого центра грозы, омрачавшая лица занесенных сюда трагической судьбой русских людей, — все воскрешало и делало особенно близкими фигуры древних монахов из патериков и житий. Он пишет на темы раннехристианской истории и, в частности, жизнеописания преп. Синклитикии Александрийской (III–IV вв.) и святителя Григория Акрагантийского (VI–VII вв.). Оба святых в юном возрасте по зову совести ушли из мира, но Синклитикия ни разу не выходила за ограду монастыря, а Григорий, после воспитания, полученного в пустыне у одного из тогдашних старцев, избирается народом на епископскую кафедру и, оберегая свою паству, претерпевает многие страдания, неправедный суд и заключение. Оба, пройдя долгий жизненный путь, достойно переносили выпадавшие им испытания (тяжкую болезнь у одной; клевету, гонения у другого).
Чтобы воля устояла в добре, «надо при любых искушениях терпеть и молиться», — записывал владыка уже свой опыт. Несмотря на многочисленные опасности, коварные ловушки, устраиваемые князем мира сего, еп. Варнава старался не сойти со своего — Богом определенного — места и, хотя и немощными малыми силами (и помощью немногих оставшихся верными духовных чад), старался освящать эту землю, увязывать, соединять ее со Христом.
Так прожили здесь около трех лет. Но однажды в храме на дядю Колю наткнулся бывший нижегородский священник, узнав в нем епископа. Пошли слухи, сплетни; вскоре о. Киприана перевели на дальний приход в поселок на Аральском море. Обнажились бесплодность и опасность дальнейшего здесь пребывания. В августе 1931 года выехали в Москву.