В годы учебы сближается со старцами близлежащей Зосимовской пустыни и с ректором, епископом Феодором (Поздеевским), во многом способствовавшим формированию его мировоззрения. Епископ Феодор, одна из центральных фигур русской церковной истории первой трети XX века, расстрелянный в 1937 году, тесно сотрудничал с кружком московской верующей интеллигенции, объединенной вокруг Михаила Новоселова. В этом кругу стремились сочетать погруженность в умное делание, внутреннюю молитву и широкие культурные интересы, работу по освобождению Церкви от государственного порабощения и раскрытие различных сторон православного учения для светского общества. Не без влияния епископа Феодора появились тогда в России ростки нового поколения молодых образованных людей, стремившихся к углубленной духовной жизни, знавших народную жизнь не понаслышке, умевших и любивших трудиться. Представителей этого несостоявшегося поколения воодушевляло желание переломить поверхностные настроения российского образованного сословия, создать новую культурную среду, открытую к религиозному опыту. Но им выпала другая доля. Вместо миссионерства и просветительства им пришлось принять на себя страшные удары разбушевавшейся стихии зла и человеческих страстей.
Проходя в академии курс внешних наук, о. Варнава одновременно усваивал навыки внутреннего делания, учась у современных подвижников, обитавших тогда в близлежащих к Лавре пустынях: иеросхимонаха Алексия (Соловьева), о. Варнавы Гефсиманского, игумена Германа (Гомзина), о. Серапиона Параклитского, иеромонаха Митрофана и других. Приблизил его к себе и духоносный старец схиархимандрит Гавриил (Зырянов), навещавший иногда своего духовного сына, ректора академии епископа Феодора. Уже в те студенческие годы юный монах много раздумывает над аскетической практикой и методологией древних отцов — пустынников, над их пониманием человеческой природы и ее проблематики. Один из его преподавателей, знаменитый свящ. Павел Флоренский, отмечал, что о. Варнава «немало размышлял о вопросах аскетики». В связи с тем, что тема его кандидатской диссертации была посвящена преп. Варсонофию Великому, молодой аскет изучает древнеегипетское подвижничество. Тем самым, войдя в круг идей и опытного знания древних святых, соприкасается и с наследием преп. Синклитикии, одной из основательниц не только женского монашества, но, в частности, и египетского.
Важнейшими из деланий — личными для него — стали следующие: полное послушание старцу, внутренний плач, терпение в скорбях и искушениях, упражнение в Иисусовой молитве. Пристальное внимание он уделял упорядочиванию бытовых сторон своей жизни, увязыванию так называемых «мелочей» с высшим Смыслом, с евангельским законом, очищению чувств и сердца, дисциплинированию ума. В 1914 году он писал: «Каждое дело должно носить моральную окраску, будет ли оно заключаться в изучении богословских наук или в сажании картошки… Всегда должно наблюдать за тем, чтобы извлечь духовную пользу для души». В конце жизни еп. Варнава создал книгу под названием «Тернистым путем к небу», но и в начале своего трудничества он стремился всегда руководствоваться правилом, которое можно обозначить схожим образом: от земного — к небесному (напоминание, что нельзя привязываться к праху). «Совершенно неважно, — писал он в те годы, — в каком веке живет человек; на чем он ездит (скоро можно <будет> говорить: на чем он летает), что представляет из себя его одежда — опоясание из листьев… или цветную шелковую рясу… неважно, занимается ли человек научными занятиями при электрическом освещении или при лунном… ест рукой или вилкой — все это неважно. Для спасения нужно только одно — предание себя всецело в руки и волю Божию… А предание это мы можем совершить не иначе, как вверясь беззаветно старцу».
Старцы наставляли его всегда выбирать «царский путь», избегать крайностей. Учись, но не забывай о цели всякого научения, которое предназначено делать из человека верного работника Божьего, говорили они, ревнуй о Боге, но, прежде всего, в каждый миг старайся узнать и исполнить Его волю, а значит сейчас старательно учись. Не выделяйся в обществе, но и не стушевывайся, когда требуется обозначить свою веру.
В те студенческие годы старец Алексий благословил своего послушника начать изучение умонастроений различных слоев российского общества, с тем чтобы со временем выступить с защитой церковного миропонимания. (Интересно, что, еще живя в миру, Коля Беляев остро чувствовал насущную необходимость в приобретении внутренней культуры духа, а не в устраивании собственного земного благополучия.) Поэтому юноша старался следить за периодической печатью, быть в курсе новейших литературных и научных изысканий, осмысляя направления, в которых развивается общество.
Паломничество летом 1914 года на Святую Землю и, в особенности, на Афон, где он встречался с известным схииеромонахом Алексием (Киреевским), способствовало углублению познаний о. Варнавы в подвижнической науке. С последним пароходом — начиналась первая мировая война — вернувшись на родину, он пишет и вскоре защищает дипломную работу «Св. Варсонофий Великий. Его жизнь и учение» и со степенью кандидата богословия получает назначение в Нижегородскую духовную семинарию преподавателем гомилетики. Личное обаяние и живая вера привлекают к нему молодежь, которой он старался привить понимание насущности церковного учения для современности. «Законы душевной жизни и борьбы со страстями, — говорил он, — остаются все такими же, — будет ли это век VI или XX». На страницах святоотеческих книг читатель встречает описание собственного внутреннего состояния. «Перед ним развертывается поразительная, интимнейшая картина развития и духовного роста души, стремящейся к Богу. Здесь все тайны, все грехи выставлены наружу, ничто не скрыто… Такова воля Божия, сохранившая и обнажившая души и сердца преподобных, чтобы показать, как отделывается спасение и совершенство. Тако тецыте и постигните, как бы говорит она..». По свидетельству знавших его в это время, о. Варнава мог часами рассказывать истории из «Отечника» и древних патериков. «В нынешнее время всеобщего пренебрежения своим собственным спасением, время неверия и хладности ко всему духовному», он жил опытом святых подвижников и хотел сделать его доступным для окружающих, чтоб и те в ежедневных, будничных проблемах руководствовались советами преподобных отцов и жен.
Революция 1917 года возбудила в обществе невиданное дотоле ожесточение, зажгла неугасимую ненависть друг к другу. Отныне Церковь обрекалась на уничтожение, верующие объявлены людьми третьего сорта, несознательными, а духовной жизни отказано в праве на существование. Человеку предписано было исходить в своих действиях не из евангельского закона, а из классового сознания. В частном письме от 16 ноября 1917 года о. Варнава высказал свой взгляд на происшедшее: «…сатана обозлился на христиан и хочет вытравить всю веру». Ему лично приходилось нелегко, довелось бедствовать, вести полуголодное существование, быть на волоске от отправки в дисциплинарный батальон, куда новая власть сплавляла всех бывших» и уже непригодных для светлого будущего людей. Но многим пришлось тогда гораздо хуже; епископа Лаврентия (Князева), временно управлявшего Нижегородской епархией (с ним иеромонах Варнава состоял в духовной дружбе), в октябре 1918 года коммунисты расстреляли за ревностное служение Богу и отстаивание интересов Церкви.
Тридцати трех лет от роду, 16 (29) февраля 1920 года, по представлению правящего архиерея и решением патриарха Тихона и Священного Синода, архимандрит Варнава хиротонисан в сан епископа Васильсурского, викария Нижегородской епархии. В его служении Христу открывалась новая глава — апостольская, как он называл ее позже. Но не успев развернуться, она вскоре была прервана чрезвычайными обстоятельствами.