После Русско-турецкой войны, когда часть молдавской земли перешла к Австрии, старцу, из-за предстоявших папистских происков, пришлось оставить Драгомирну. От настоятеля Секульского монастыря пришло ему приглашение переселиться в эту обитель. Молдавский господарь Григорий Гика и митрополит охотно позволили старцу и его братству переселиться в Секуле. В это время всех учеников старца было триста пятьдесят. О. Паисий, со слезами помолившись в храме, оставил столь дорогую ему обитель и перебрался в Секуль. Монастырь Секульский находился в узком горном ущелье, с источником, который от дождя часто широко разливался. Подъезд к монастырю был неудобен, а место для подвигов было очень удобное. Однако скоро оказалось, что Секуль крайне тесен для такого братства, и старец стал просить у князя Константина Мурузы другую обитель. Князь рад был послужить чтимому старцу и послал ему грамоту, чтобы старец поселился в Нямецкой обители. Братия Нямецкая, узнав о воле князя, пришла просить старца не обижать их. Старец сам крайне опасался туда переходить, боясь, — не пришлось бы там нарушить установленный им общежительный строй братской жизни. Старец написал князю письмо, в котором просил разрешения не переходить в Нямец. Это письмо он послал с духовником молдавской части своего братства Иринархом, который знал и греческий язык. С ним он послал еще другого брата. Посланцы доставили князю письмо и словесно дополнили его своими просьбами. Но князь подтвердил первое свое распоряжение; написано было старцу новое послание, которое князь скрепил не только своей подписью и печатью, но и прибавил еще такие слова: «Сотвори послушание, — иди в Нямец, ничтоже рассуждая». Когда принесен был ответ князя, от печали старец разболелся. Старейшая братия собралась около него, и по общему совету было решено исполнить волю князя. Нямецкой братии было послано княжеское письмо, и в навечерие Успения 1779 г. о. Паисий переехал в Нямец, который стоял в двух часах ходьбы от монастыря Секуль. В Секуле он оставил часть братии под управлением духовника о. Илариона.
Старец был уже стар и слаб и ехал в одноколесной тележке, а братия шла, окружая его. В храме преп. Паисий был встречен пением «Достойно...», и со слезной молитвой припал к чудотворному образу Пречистой, прося у Божией Матери покрова и помощи. В день Успения, после Литургии, старец пригласил к себе начальников старой Нямецкой братии и успокоил их обещанием беречь до смерти. Что они отдали ему в обители, то он и принял, а большего не допытывался. Примиренные старцы эти до смерти прожили в обители, внимая о. Паисию, и кончили свою жизнь богоугодно — почили с принятием схимы. Малая часть остальной Нямецкой братии ушла из обители, а большая осталась и скоро слилась совершенно с пришедшими. Старец обо всем отписал князю, который был этим весьма утешен и обещал обители всегдашнюю свою помощь. На средства князя преп. Паисий благоустроил всю обитель и, в частности, устроил здесь больницу с кельями и для временных посетителей обители — иноков других монастырей.
О больных старец имел особенное попечение. О. Гонорий заведовал больницей, в которой обращалось особенное внимание на чистоту обстановки и самих больных. При больнице этой из келий для странников мало-помалу возникла и странноприимница, где находили временное успокоение странники-иноки и миряне, бесноватые и увечные; некоторые здесь и умерли. А неимущим давали еще на дорогу и пищу, и обувь, и одежду. Число Нямецкой братии возросло до четырехсот, и в Секуле было около ста. Старец сам управлял обоими монастырями и возникшими около них скитами. В Секуль он раз в год удалялся из Нямеца на девять дней. Здесь он служил в храмовый праздник Усекновения главы св. Иоанна Крестителя и со всеми, кто нуждался в его совете, беседовал с любовью. Больным же он сообщал нужное через своего ученика о. Досифея, который был для них сердобольным духовником-утешителем. Некоторых братий преп. Паисий из Нямеца посылал в Секуль, а из Секуля брал в Нямец. И тесная связь и непосредственное руководство старцем всего братства, таким образом, не прерывалось. Самая личность старца могуче влияла на всех, и одно его присутствие уже воодушевляло на подвиги. Он был преисполнен благодатных даров Духа премудрости и разума, совета и крепости, ведения и благочестия — Духа старца Божия. Преисполненный великой любовью к ближнему, он был тих и мирен, кроток, долготерпелив и младенчески незлобив. Смиренный вид о. Паисия сиял чистотой целомудрия, и самое лицо старца сияло отблеском небесной славы. Его очищенному взору открывалось тайное. Он провидел смерть своего благодетеля воеводы Григория Гики; ему часто во сне виделся меч, висевший на волоске над головой воеводы, который вскоре был казнен султаном турецким. Двух нерадивых иноков старец со слезами умолял исправить свою жизнь, но они не послушали. И вот один вскоре утонул, а другой умер в пути. При его пламенной молитве в то время было немало чудес от иконы Божией Матери.