Часто он говорил: «Я к научности приникаю». Об истории он говорил: «Она показывает нам, как Бог руководит народами и дает как бы нравственные уроки вселенной». Говоря о математике, он любил спрашивать: может ли быть треугольник равен кругу, и часто приводил святоотеческий пример: «Бог — центр круга, люди — радиусы. При приближении к центру они сближаются между собой». О внешнем делании он говорил: «Внешнее принадлежит вам, а внутреннее благодати Божией. А потому делайте, делайте внешнее, и, когда оно все будет в исправности, то и внутреннее образуется. Не надо ждать или искать чудес. У нас одно чудо: Божественная Литургия. Это величайшее чудо, к нему нужно приникать».
Он учил внимательности в мысли: «Перестаньте думать, начните мыслить. Думать — это расплываться мыслью, не иметь целенаправленности. Отбросьте думанье, займитесь мышлением. Была «Дума», которая думала, а не мыслила государственно. Наполеон думал, а Кутузов мыслил. Мысли выше дум».
О жизни он говорил: «Жизнь определяется в трех смыслах: мера, время, вес. Самое доброе, прекрасное дело, если оно выше меры, не будет иметь смысла. Ты приникаешь к математике, тебе дано чувство меры. Помни эти три смысла. Ими определяется вся жизнь».
Однажды старец сказал: «Бог не только разрешает, но и требует от человека, чтобы тот возрастал в познании. В Божественном творчестве нет остановки, все движется, и ангелы не пребывают в одном чине, но восходят со ступени на ступень, получая новые откровения. И хотя бы человек учился сто лет, он должен идти к новым и новым познаниям... И ты работай. В работе незаметно пройдут годы». В это время лицо его было необыкновенно светлым, таким, что трудно было смотреть на него.
В другой раз он сказал: «Одному пророку было явление Божие не в светлом окружении, а в треугольнике. И это было знамением того, что к неисследимой глубине Божией человек не может приближаться и испытывать ее. Человеку позволено испытывать окружение Божества, но, если он дерзает проникнуть за черту, он гибнет от острия треугольника».
Все наставления эти были плодом внутреннего духовного опыта преп. Нектария. Неся служение старца, он делился с людьми своими знаниями. Но переход из уединенной келлии к общественному служению дался ему нелегко. В 1913 году, по настоянию о. Венедикта, настоятеля Боровского монастыря и благочинного всех монастырей Калужской епархии, оптинская братия собралась, чтобы избрать старца. Сначала старчество предложили о. архимандриту Агапиту, жившему в Оптиной на покое. Это был человек обширных познаний и высокого духа, автор лучшего жизнеописания старца Амвросия. Он решительно уклонялся от архиерейства, не раз ему предлагаемого, и от старчества отказался наотрез. Он спасался, имея лишь несколько близких учеников. Одним из них был преп. Нектарий. Когда братия стала просить его указать им достойного, он назвал преп. Нектария. Тот, по смирению своему, на соборе братии не присутствовал. Когда его избрали, послали за ним о. Аверкия. Тот приходит и говорит: «Батюшка, вас просят на собрание». А преп. Нектарий отказывается: «Они там и без меня выберут, кого надо». — «Отец архимандрит послал меня за вами и просит прийти!», — говорит о. Аверкий. Тогда батюшка сразу же надел рясу, и как был — одна нога в туфле, другая в валенке, пошел на собрание. «Батюшка, вас избрали духовником нашей обители и старцем», — встречают его. — «Нет, отцы и братие! Я скудоумен и такой тяготы понести не могу», — отказывался батюшка. Но о. архимандрит сказал ему: «Отец Нектарий, приими послушание». И тогда батюшка согласился.
Отец Венедикт поддержал этот выбор, но, когда преп. Нектарий стал уже старцем и поселился в хибарке старца Амвросия, решил испытать его. Приехав в монастырь, он послал сказать ему, что требует его к себе. А преп. Нектарий не идет: «Я сколько лет в скиту живу и никуда не выхожу и идти не способен». Тогда о. Венедикт посылает вторично и велит сказать: «Благочинный монастырей требует тебя к себе». Тут батюшка сразу пришел в монастырь и поклонился о. Венедикту в ноги, а тот смеется и говорит: «Я благочинный и тебе в ноги кланяться не стану, а до земли поклонюсь». Потом они стали дружески беседовать.
Всегда преп. Нектарий говорил о себе: «Ну, какой я старец. Как могу я быть наследником прежних старцев? Я слаб и немощен. У них благодать была целыми караваями, а у меня ломтик».
Он вспоминал старца Амвросия: «Это был небесный человек и земной ангел, а я едва лишь поддерживаю славу старчества». С тонким юмором он говорил: «Я — муравей и ползаю по земле, и вижу все выбоины и ямы, а братия очень высока — до облак поднимается». «О, лениве, пойди к муравью и поревнуй его житию!», — это сказал не светский писатель, а в церкви читается. Паремии слышали? А кто мы такие — батюшка Анатолий и мы? Только муравьи. И вы к нам пришли. Вы еще только подходите к первой ступеньке, не поднимались, а только подходите. А еще надо пройти сквозь дверь, и никакими усилиями невозможно в нее войти, если не будет милости Божией. А потому первым делом надо просить: «Милосердия двери, отверзи ми, Господи». Все испрашивается молитвой! Адам в Раю. Заповедь «возделывай и храни» — о молитве. А Адам безпечно только созерцал красоту. Он не благодарил Бога».