Сам старец молился с детской верой и простотой, иногда простирая к образам руки.
Одна его духовная дочь рассказывала, что она долго сидела у него и беседовала. Потом он отпустил ее. Уходя, она обернулась и увидела, что он стремительно двинулся в угол к иконам, простирая к ним руки. Она незаметно вышла. Исповеди у него — самое прекрасное и страшное, что она видела в жизни. Она всегда знала, что и без ее слов он знает не только то, что она скажет, но и то, что еще не дошло до ее сознания. Он был очень строг на исповеди, указывая на духовное значение помыслов, а не только дел. Иногда же он был ласков, даже шутил. Так он, однажды, дал читать исповедь по книге. Исповедница на одном месте остановилась. «Ты что?». — «Я думаю, грешна я этим или нет». — «Ну, подумай! А то ты, может быть, вычеркнешь это в книжке», — и улыбается.
Очень хорошо рассказывала об исповеди у старца одна женщина, которая не исповедовалась с юности, от Церкви была далека, даже не отдавала себе отчета, верует она или нет, и к старцу попала, лишь сопровождая больного мужа. Старец произвел на нее большое впечатление и, когда он предложил ей поисповедоваться, она согласилась. «Вхожу я, — рассказывает она, — а он подводит меня к иконам: «Стань здесь и молись!». Поставил ее, а сам ушел к себе в келлию. Стоит она и смотрит на иконы. И не нравятся они ей — не художественны они, и даже лампадка кажется, ей никчемной. В комнате тихо. Только за стенкой преподобный ходит. Шелестит чем-то. И вдруг начинает находить на нее грусть и умиление, и невольно, незаметно, начинает она плакать. Слезы застилают ей глаза, и она уже не видит икон и лампадки, а только радужное облако перед глазами, за которым чудится Божие присутствие. Когда вошел преподобный, стояла она вся в слезах. «Прочти «Отче наш». Кое-как, запинаясь, прочла. «Прочти «Символ веры». — «Не помню». Сам старец стал читать и после каждого члена спрашивает: «Веруешь ли так?». На первые два ответила: «Верую». Как дело дошло до третьего члена, то сказала, что ничего здесь не понимает и ничего к Богородице не чувствует. Батюшка укорил ее и велел молиться о вразумлении Царице Небесной, чтобы Та Сама ее научила, как понимать Символ веры. И про большинство других членов Символа веры женщина эта говорила, что не понимает их и никогда об этом не думала, но плакала горько, и все время ощущала, что ничего скрыть нельзя и безсмысленно было бы скрывать, и что вот сейчас с ней как бы прообраз Страшного суда, а преподобный о личных грехах спрашивал ее, как ребенка, так что она стала отвечать ему с улыбкой сквозь слезы, а потом отпустил ей грехи с младенчества до сего часа.
Однажды, одна его ученица на время отошла от него, уехала, но, молча, очень без него тосковала. Ее подруга сказала старцу: «Она очень одинока сейчас». «А что, она причащается?», — спросил старец. «Да». — «Тогда она не одинока».
О преодолении безпричинного страха он говорил: «А ты сложи руки крестом и три раза прочти «Богородицу», и все пройдет». И проходит.
У преподобного была очень большая духовная широта. Отпуская, однажды, в скиту осенним вечером духовных детей своих, он сказал: «Ночь темна для неверного. Верным же все в просвещение».
Он говорил: «Не бойся! Из самого дурного может быть самое прекрасное. Знаешь, какая грязь на земле, кажется, страшно ноги запачкать, а если поискать, можно увидеть бриллианты, — вот тебе, твою шею украсить».
Преподобный Нектарий был строг, требователен, иногда ироничен с духовными лицами и с интеллигенцией, и необыкновенно добр и доступен с простыми людьми.
Один старик крестьянин рассказывал: «Пропал у меня без вести сын на войне. Иду к батюшке. Он меня благословляет, я спрашиваю: «Жив ли сын мой? Как скажешь нам молиться за него, — мы уже за упокой подавать хотим». А он так прямо мне: «Нет, жив сын твой, отслужи молебен Николаю Чудотворцу. И всегда за здравие поминай сына». Я обрадовался, поклонился, рублик положил ему на свечи. А он так смиренно тоже поклонился мне в ответ».
Преподобный с такой же простотой давал деньги. Однажды одной духовной дочери нужны были деньги. Она попросила у старца. Он вынес с улыбкой скомканную пачку: «Вот, сосчитай эти тряпочки».