Старец много предостерегал приходящих к нему против уклонения от Православия, против «Живой церкви» и ложных мистических течений.
О «Живой церкви» он высказывался решительно: «Там благодати нет. Восстав на законного Патриарха Тихона, живоцерковные епископы и священники сами лишили себя благодати и потеряли, согласно каноническим правилам, свой сан, а потому и совершаемая ими Литургия кощунственна». Своим духовным детям старец запрещал входить в захваченные живоцерковниками церкви; если же в тех церквах находились чудотворные иконы, например, «Иверская», то заповедал, входя в храм, идти прямо к ней, ни мыслью, ни движением не участвуя в совершаемом там богослужении, и свечи к иконе приносить из дому или из православной церкви.
Но говорил: «Если живоцерковники покаются, в церковное общение их принимать». О мистике же он говорил: «Мистика — это многоцветная радуга. Один конец ее упирается в море, другой в землю, а сама она дугой. Ученые мистики говорят, что мы упираемся в землю, а там что — одна грязь, а у них остается море — высокая область... Что, поняли? — спросил он слушателей, — образ моря в святоотеческой литературе — это образ неверного, колеблемого, обуреваемого».
Особенно боролся старец с увлечением спиритизмом: «Люди ученые часто увлекаются спиритическими учениями, искренне думая, что этим путем можно найти спасение. Ан, нет! Вот отсюда-то проистекают болезни».
Быков, бывший когда-то видным спиритом, описал в книге своей «Тихие приюты» свое посещение старца Нектария и привел слова старца о спиритизме: «О, какая это пагубная, какая это ужасная вещь! Под прикрытием великого христианского учения и через своих слуг бесов, которые появляются на спиритических сеансах незаметно для человека, — он, сатана, сатанинской лестью древнего змея, заводит человека в такие ухабы и такие дебри, из которых нет ни возможности, ни силы выйти самому, ни даже распознать, что ты находишься в таковых. Он овладевает сердцем, через это Богом проклятое деяние, человеческим умом и сердцем настолько, что то, что кажется неповрежденному уму грехом, преступлением, то для человека, отравленного ядом спиритизма, кажется нормальным, естественным. У спиритов появляется страшная гордыня и часто сатанинская озлобленность на всех противоречащих им... И, таким образом, последовательно, сам того не замечая, — уж очень тонко (нигде так тонко не действует сатана, как в спиритизме), отходит человек от Бога, от Церкви, хотя, заметьте, в то же время дух тьмы настойчиво через своих духов посылает запутываемого человека в храмы Божии служить панихиды, молебны, читать акафисты, приобщаться Св. Тайн и в то же время понемножку вкладывает в его голову мысли, что все это ты мог бы сделать и сам в домашней обстановке и с большим усердием, с большим благоговением... И по мере того, как невдумывающийся человек все больше запутывается в сложных изворотах и лабиринтах духа тьмы, от него начинает отходить Господь. Он утрачивает Божие благословение. Если бы он был еще неповрежденным сатаною, он бы прибег за помощью к Богу и св. угодникам, к Царице Небесной, к св. Апостольской Церкви, к священнослужителям, и те помогли бы ему своими св. молитвами, а он со своими скорбями идет к тем же духам, к бесам, и они еще больше втягивают его в засасывающую тину греха и проклятия. Наконец, от человека совершенно отходит Божие благословение, у него начинается необычайный, ничем внешним не мотивированный развал семьи, от него отходят самые близкие, самые дорогие ему люди... Наконец, когда дойдет несчастная человеческая душа до самой последней ступени своего, с помощью сатаны, самозапутывания, она или теряет рассудок, человек становится невменяемым в самом точном смысле этого слова, или кончает с собой. И хотя и говорят спириты, что среди них самоубийства редки, но это неправда. Самый первый вызыватель духов — царь Саул окончил жизнь самоубийством за то, что он не соблюл слова Господня и обратился к волшебнице».
Эти мудрые слова старца Нектария могут быть обращены ко многим ложным мистическим учениям, так же запутывающим душу видимостью общения с духовным миром (например, теософия).
Он говорил: «В последние времена мир будет опоясан железом и бумагой. Во дни Ноя было так: потоп приближался. О нем знал Ной и говорил людям, а те не верили. Он нанял рабочих строить ковчег, и они, строя ковчег, не верили, и потому за работу свою они лишь получали условленную плату, но не спаслись. Те дни — прообраз наших дней. Ковчег — Церковь. Только те, кто будет в ней — спасутся».