10 декабря окрыленные радостью братья поехали в Москву проститься с близкими и оформить необходимые документы. Посетили они епископа Трифона — своего благодетеля и молитвенника. Владыка благословил их на прощание крестиками и сказал: «Вы восходите на крест, поэтому я и даю вам в благословение кресты. Помогай вам Бог». Мать же на прощание благословила их иконами Покрова Божией Матери, вручая Дорогих своих сыновей «теплой Заступнице мира холодного». Напутствуемые молитвами, благословениями и благопожеланиями, 22 декабря 1907 года братья навсегда покинули Москву и направились в Оптину Пустынь.
22 декабря, в день памяти великомученицы Анастасии Узорешительницы, они, как бы разрешаясь от уз мира, прибыли в обитель и 24 декабря поступили в Иоанно-Предтеченский скит. Так братья Беляевы, оставив мир, принесли свои жизни в жертву Богу. Чтобы новоначальные послушники имели возможность осмотреться и привыкнуть к новой обстановке, первое время их не назначали на послушание. Старец Варсонофий часто беседовал с ними и знакомил их с жизнью скита. Назначая Николая на общие послушания, он одновременно привлекал его и к работе по письмоводству. Николай переписывал ведомости, писал деловые письма, помогая письмоводителю брату Кириллу Зленко. Убедившись в его способностях, ему скоро поручили более серьезную работу — составление краткого содержания писем (в виде оглавления) старца Амвросия. В конце февраля 1908 года Николая назначили помощником библиотекаря в связи с переносом библиотеки в новое помещение. Одновременно его назначили петь и читать на клиросе.
Николай всегда соблюдал правило, преподанное ему старцем, — никогда не напрашиваться самому на какое-либо дело, во избежании самонадеянных и тщеславных помыслов, но и не отказываться, если назначат или попросят. Это правило он впоследствии внушал и своим духовным чадам. В скиту скоро оценили его прекрасное ровное чтение и назначили читать попеременно повечерие с каноном Ангелу Хранителю, Апостола за Литургией, кафизмы и чтение за трапезой.
На библиотечном послушании он занимался и составлением чина служб церковных, отличающихся от обыкновенных, например: «Вынос Креста», «Службы Страстной седмицы» и др. За усердие к послушанию он даже получил от библиотекаря о. Иоанна Полевого подарок — книгу «Царский путь Креста Господня».
С присущей ему жизнерадостностью Николай охотно выполнял все, возлагаемое на него. С одинаково радостным лицом он работал в трапезной: разметал снег, носил дрова, топил печь, мыл посуду, подметал пол. Трудился он в церкви — был помощником пономаря. Работал в саду: носил навоз для удобрения, копал, сажал. Избалованный и непривычный к физическому труду, он не тяготился ничем. Его душа не знала ни уныния, ни недовольства, ни ропота.
«Новоначалие всегда радует, если приходят в монастырь от всего сердца, с искренним чувством», — сказал старец Варсонофий, когда однажды Николай поделился с ним своим душевным состоянием.
В октябре 1908-го года Николай был назначен письмоводителем начальника скита, старца Варсонофия. От всех остальных послушаний, кроме чтения и пения на клиросе, он был освобожден. Это послушание было основным в продолжение всей его жизни в скиту. Почти все свободное от молитвы время Николай проводил у старца, помогая ему вести официальную, деловую и личную переписку. Старец Варсонофий, по глубокой проницательности и духовному опыту, понял душу Николая и увидел, что в этом юноше он найдет не только примерного ученика и примерного монаха, но и достойного последователя своих заветов и наставлений. Он часто оставлял его после «общего благословения» братии и подолгу беседовал с ним. Весь свой опыт и все свои знания он решил передать Николаю как достойному принять и сохранить этот дар. Он делился с ним воспоминаниями, поверял ему свои скорби и радости, учил, направлял, предостерегал. Он вел его все выше и выше по лестнице духовного восхождения. Николай же со своей стороны полностью предал себя в волю старца. После того как Николая одели в послушническую одежду, ему благословили чтение книги Аввы Дорофея и других святоотеческих книг, а также житий святых. По поводу чтения преп. Варсонофий говорил Николаю: «Пользуйтесь этим временем, пока можно вам читать. Придет время, когда уже не будет у вас возможности читать книги. Лет через пять или шесть... когда вам надо будет читать книгу жизни».
Часто вспоминал Николай впоследствии эти пророческие слова старца.
Мирно и безмятежно текла его жизнь под руководством старца. Безпокоила его только мысль о предстоящей военной службе. Когда Николай спросил у старца, можно ли молиться о том, чтобы Господь избавил его от военной службы, старец ответил, что нельзя, что военная служба — это наш долг перед государством. Это всецело надо предоставить воле Божией. «Многие планы строил я относительно вас, но — как Богу угодно. Быть может, когда вы возвратитесь из армии, я уже буду лежать в сырой земле. Тогда уже как хочешь, мой преемник».