3 ноября 1909 года, — день памяти Обновления храма великомученика Георгия в Лиде, был днем, решившим его жизнь. Его освободили от военной службы, т.к. нашли сильное расширение вен на левой ноге. Встретив своего ученика, старец обнял его и поцеловал и, помолившись, сказал: «Велика милость Твоя, Господи. Должно быть, епископ Трифон молился за вас». Старец благословил Николая заниматься Иисусовой молитвой — совершать ее во всякое время, кроме церковной службы. А впоследствии, видя усердие и ревность Николая, он благословил его творить молитву и во время Богослужений.
В апреле 1910 года печальные события потрясли мирное течение скитской жизни. По попущению Божию, старцу Варсонофию пришлось перенести несправедливое гонение и перемещение из скита в Коломенский Старо-Голутвин монастырь. 2 апреля 1912 года старец Варсонофий покинул скит. Отец Николай оставался в скиту. Он тяжело переживал разлуку с любимым старцем, и только молитвы и предание себя в волю Божию подкрепляли его силы. В одной из последних своих прощальных бесед с Николаем, старец молитвенно произнес над им трогательные слова: «Господи, спаси раба Твоего. Соверши из него инока. Сподоби его Царствия Небесного».
А другой раз пророчески произнес: «Господи, спаси раба Твоего сего Николая. Буди ему Помощник. Защити его, когда он не будет иметь ни крова, ни приюта». После отъезда старца, о. Николай был переведен из скита в монастырь, на должность письмоводителя в канцелярии совместно с о. Петром Крутиковым (впоследствии иеромонах Парфений).
1 апреля 1913 года последовала блаженная кончина старца Варсонофия. Погребение старца было назначено на 9 апреля, во вторник Страстной седмицы. Его предали земле рядом с его наставником старцем Анатолием. Отец Николай не мог присутствовать при погребении: он лежал в больнице, прикованный тяжелым недугом к постели. Велика была скорбь души его по утраченном старце.
Сведений о жизни о. Николая в монастыре по кончине старца Варсонофия сохранилось мало. С достоверностью известно только то, что он всегда и всем был «яко слуга Божий». Не только для молодых, но и для старых монахов был он высоким примером безусловного послушания, нелицемерного смирения; мирности со всеми исключительной, твердости и мудрости. Не колебался он ни перед лестью, ни перед угрозами. Не по годам серьезный, вдумчивый и в тоже время радостный, он еще в те далекие годы приковывал к себе внимание как незаурядный монах. Фундамент, заложенный в душе отца Николая старцем Варсонофием, был сложен прочно и надежно. В продолжение всей своей жизни в монастыре — в тихой ли келлии своей, в храме, за послушанием, везде и всегда он на этом несокрушимом основании возлагал все новые и новые камни, строил свой дом душевный во славу Божию.
В 1915-м году, 24 мая, в день памяти преп. Симеона Дивногорца, отца Николая постригла в мантию. При постриге ему было дано имя Никон, в честь св. мученика Никона (память 26 сентября). Новопостриженному преп. Никону было 27 лет. Менее чем через год, 30 апреля 1916 года, преп. Никон был рукоположен во иеродиакона, а 3 ноября 1917 года, в день памяти Обновления храма великомученика Георгия в Лиде, в сан иеромонаха.
В страшное революционное время обитель переживала большие финансовые затруднения, притеснения и угнетения. Монастырь был лишен основных источников средств существования. Но оптинские иноки не растерялись. Из оставшихся трудоспособных монахов была организована «сельскохозяйственная артель». Она минимально обезпечивала материальные нужды монахов. В это трудное время развернулись административные способности преп. Никона. Молодой, полный сил и энергии, он ревностно трудился, имея высшей целью своих трудов прославление имени Божия на земле. Сохранить монастырь насколько возможно — вот что стало его делом. «Умру, а не уйду», — писал он в дневнике своем во дни своей юности. А вокруг один за другим закрывали монастыри и храмы.
17 сентября 1919 года преп. Никон был арестован и без предъявления обвинений заключен в Козельскую тюрьму. В письме матери он писал, что арестовали его только за то, что он монах. Через некоторое время его освободили, и он вернулся в обитель. Оставшиеся оптинские иноки твердо решили не уходить из монастыря. Каждый день и каждый час ожидали всего: изгнания, ареста, тюрьмы, ссылки, смерти...