В 1923-м году закрыли «сельскохозяйственную артель». Монастырь и монастырские здания превратили в музей. Всем монахам, за исключением двадцати рабочих при музее, приказано было оставить монастырь и уходить куда угодно. Преп. Исаакий II, отслужив последний раз соборную Литургию, благословил преп. Никона служить в Оптинском Казанском храме и принимать богомольцев. С этого времени, как бы благословляемый свыше на трудный путь и спасительный подвиг, отец Никон принял на себя не только обязанности духовника, но и старца. До того времени, когда о. архимандрит оставил его в Оптиной и поручил принимать богомольцев, он не дерзал давать советы обращающимся к нему. А когда начал принимать народ, то давал советы всегда ссылаясь на слова старцев Оптинских.
Большая часть монахинь закрытой Шамординской обители поселились в городе Козельске. Мать Амвросия, монахиня весьма высокого духовного устроения, приняла к себе несколько сестер, желающих проводить иноческую жизнь под ее руководством. Таким образом, составилась небольшая община. Кроме того, многие из приезжающих в Козельск монахинь и мирян останавливались у нее.
Старец Никон духовно окормлял эту маленькую общину.
В начале 1924 года закрыли последний оптинский храм, но преп. Никон, оставаясь в Оптиной, служил всенощные бдения в келлии, пока было возможно там оставаться. Последнюю всенощную он совершил 15 июня 1924 года. Когда, после всенощной, он произнес слово наставления и увещания, то помянул, что через несколько дней он должен будет оставить Оптину Пустынь. Многие плакали, а он, обратясь к ним, сказал: «Вы чудненькие. Ведь я монах. Давал обещание терпеть всякое озлобление, укоризну, поношение и изгнание. И если это сбывается, если это терплю, то радоваться подобает, т.к. совершается чин пострижения на деле».
В Козельске преп. Никон поселился в конце июля 1924 года вместе с отцом Кириллом Зленко. По приглашению настоятеля Успенского собора он составил небольшой монашеский хор для праздничных Богослужений. Служил преп. Никон довольно часто, когда его просил настоятель или второй священник, и во дни особо почитаемых святых. Неожиданно для него самого появился у него дар слова назидания. С разрешения настоятеля преп. Никон стал произносить проповеди. Эти проповеди не блистали красноречием, но были просты, доступны, понятны. Все, что он говорил, было взято не из книг, а опытно узнано и пережито им самим. Проповеди были насыщены твердой верой в Бога и Его святые заповеди, и поэтому так сильно действовали на души, внимающие им. Замечательно, что подобно своему старцу Варсонофия), он обладал редким даром вникать в смысл слов Священного Писания.
Когда преп. Никон переехал в Козельск, ему было 36 лет. Полный сил и энергии, он всю свою жизнь посвятил служению Богу. Число его духовных детей постепенно увеличивалось. Старец Нектарий многих приезжающих к нему в Холмищи посылал к преп. Никону. И не только старец, но и преп. Исаакий, о. Досифей и о. Мелетий направляли к старцу Никону обращающихся к ним. А он за святое послушание принимал всех. Твердо памятуя слова апостола: «Образ буди верным словом, верой, духом, чистотою», — он был прекрасным образом пастыря, душу свою полагающего за овец своих. Не щадя ни сил, ни здоровья, он приносил в жертву свои желания, стремления и интересы ради спасения душ пасомых. Сколько внимания, сколько забот и любви отеческой проявлял он по отношению к каждому, обращающемуся к нему. Многим старым, безсильным и больным, не имеющим возможности заработать себе на пропитание, помогал он материально, деньгами, продуктами — делясь с ними тем, что присылали и приносили ему. Своих духовных детей преп. Никон принимал ежедневно. В доме, где он жил, при кухне, была маленькая комнатка с одним окном на улицу. В ней помещались ожидающие приема.
Обычно преп. Никон выходил из своей комнаты и сам по своему усмотрению приглашал кого-либо к себе. Он усаживал приходящего, а сам садился напротив, возле икон. Исповедовал старец Никон изумительно хорошо. Он умел так расположить к себе человека, наводящими вопросами раскрыть перед ним, а вернее перед Богом, всю душу, что кающийся забывал ложный стыд и легко и свободно открывал грехи, которые много лет тяготили совесть. Этот дар проникновения в душу, по-видимому, он получил от старца Варсонофия, дополнив полученное внимательной, трезвенной своей жизнью. Человек выходил от старца Никона как бы возрожденный, омытый, очищенный от душевной скверны. Какое блаженство ощущала облегченная совесть после такой исповеди. От своих духовных чад старец Никон требовал безпрекословного послушания, искренности и простоты. Он не выносил самочинников, любящих исполнять свою волю и настаивать на своем мнении, не выносил двоедушия, хитрости, лукавства, лжи. Утром и днем он никого не принимал, за исключением своих Оптинских братий, приезжих или тех, кому необходимо было экстренно побеседовать с ним. Помимо исполнения всего монашеского правила, он отвечал на письма своих духовных чад. В этом деле ему отчасти помогал о. Кирилл. К матери Амвросии в общину преп. Никон приходил раз в неделю, а иногда и чаще, для духовного собеседования. В общине собралось уже около десяти сестер, не считая приезжих, иногда подолгу живущих в ней. Все сестры были духовные чада старца Никона.