Таким образом три года в Козельске преп. Никон провел в трудах пастырских. В июне 1927 года совершилось то, чего боялись и со страхом ожидали все. Преп. Никон и отец Кирилл были арестованы и заключены в тюрьму. Одновременно был арестован отец Агапит (в миру Михаил Таубе). Трудно описать скорбь духовных детей старца Никона. Лишась его, они в полном смысле слова осиротели. Почти полгода, проведенные старцем в Калужской следственной тюрьме, они жили надеждой, что его отпустят на свободу. Общими трудами собирали ему передачи с продуктами питания и другими необходимыми вещами. Большим утешением для духовных детей была возможность писать ему письма или записки и получать ответ. Некоторые из духовных детей простаивали под окном тюрьмы в надежде увидеть лицо своего дорогого отца и его благословляющую руку.
В январе 1928 года «следствие» было закончено. Преп. Никон был осужден на три года в лагерь на Соловки. В день отправления этапа, 27 января 1928 года, на Калужском вокзале собралась толпа духовных чад и почитателей преподобного, провожая его в последний, далекий и неведомый путь. В марте этап прибыл в г. Кемь. По причине циклона, пронесшегося над Белым морем, сообщение с Соловками было прервано, так что всех арестованных поместили в лагерь Кемьперпункт. Там он провел два с лишним года. Из-за болезни ног (расширение вен) его освободили от тяжелых физических работ и поставили сторожем складов. Жил он в одном бараке с о. Агапитом. Работой сторожа преп. Никон был вполне доволен, т.к. она давала возможность уединяться, молиться и иногда читать. Из лагеря он писал часто. Письма его были неизменно насыщены бодростью, с преданием себя и всех воле Божией. Несмотря на бодрый тон, иногда ясно было, как тяжела и мучительна была для него создавшаяся обстановка. Не говоря уже о милой Оптиной, этом потерянном Рае, он с сожалением вспоминал о своей уютной комнате в Козельске, считая, что «за грехи свои недостоин он тихого жития».
Духовные дети и почитатели его часто писали письма, посылали посылки, Благодаря этому, ни в деньгах, ни в продуктах преп. Никон не испытывал острой нужды. Он братски делился всем добром с о. Агапитом, пока их не разлучили. В августе 1928 года о. Агапита отправили в «командировку» куда- то в лес, и преп. Никон потерял его из виду. Самого преп. Никона в апреле 1929 года перевели на Попов остров Карельской республики. Там он работал счетоводом в лагерной канцелярии. Незадолго до окончания лагерного срока возвратился из своих скитаний о. Агапит. Оба монаха получили направление на вольную ссылку в город Архангельск. Перед отправкой, на медицинском осмотре, врач обнаружил у преп. Никона далеко зашедший туберкулез легких. По совету о. Агапита, он не стал просить о перемене места ссылки по состоянию здоровья, а предался воле Божией. В июне 1930 года о. Никон с о. Агапитом прибыли в Архангельск, где прожили вместе до августа того же года, когда преподобного переместили в г. Пинегу Архангельской области. С сожалением и грустью покидал преп. Никон своего собрата, с которым так сблизился за годы страданий.
После долгих поисков в окрестностях Пинеги, преп. Никон поселился в деревне Вонга, а спустя два месяца переехал в деревню Воспола, в трех километрах от Пинеги. С большим трудом он нашел себе квартиру в доме пожилой женщины, которая кроме большой оплаты деньгами поставила условием своему квартиранту выполнять все тяжелые физические работы по дому. Преп. Никон согласился на все: выбирать было не из чего. С наступлением зимы 1930 года он почувствовал резкое ухудшение здоровья. Он не придавал этому значения, считая, что это связано с простудой. По-прежнему ходил в Пинегу «отмечаться», посещал церковь и ходил на почту.
Преп. Никон жил один, и, хотя жил он среди мирян, жизнь его была мироотреченная. На нем в полной мере оправдались слова одного святого отца: «Не в уединении тела, но в благосостоянии и тишине сердечной иноческое совершается житие». Не оставлял он и своего пастырского долга, и в ссыльном житии находился в переписке со своими духовными чадами.