На своей новой квартире преп. Никон быстро убедился, что хозяйка его — женщина с исключительно злым и жестоким характером. Казалось, что сам бес вселился в нее, заставляя мучить его, чтобы испытать его терпение. Она даже запрещала ему принимать посетителей, иногда навещавших его.
По состоянию здоровья преп. Никон был освобожден от тяжелых работ, в основном, из-за больной ноги с расширенными венами. К тому же болезнь легких делала его совсем нетрудоспособным. Хозяйка его это знала, но не считалась с этим. Она не давала ему ни отдыха, ни покоя. Изнемогая от слабости, он выполнял все: возил на санках воду из колодца, колол, пилил и носил дрова, расчищал снег, ставил и подавал самовар, колол лучину и многое- многое другое. И все это при постоянно повышенной температуре.
В Пинеге Преп. Никон встретил одного из оптинцев — о. Петра, который знал по рассказам других о тяжелом нраве хозяйки и не один раз предлагал ему поселиться вдвоем с ним. Но он, верный своему намерению жить только по воле Божией, по-видимому считал, что испытываемое им послано Самим Богом, и от подобных предложений молча уклонялся. Он неоднократно писал из ссылки разным людям: «Веруя в пекущийся обо мне Промысл Божий, боюсь направлять по своему смышлению свою жизнь, ибо наблюдал, как своя воля приносит человеку скорби и трудности. Да будет же воля Божия, благая и совершенная».
Однажды, в начале Великого поста, преп. Никон убирал слежавшийся за зиму снег. От сильного физического напряжения произошло кровоизлияние в больной ноге. Он слег в постель с температурой сорок.
Более трех недель проболел он. Кто ухаживал за ним в то время, неизвестно. Немного поправившись на шестой неделе Великого поста, он уже ходил в Пинегу «отмечаться». Врач районной больницы при обследовании подтвердил старый диагноз: туберкулез легких. Безчеловечная хозяйка узнала, что ее «батрак» серьезно болен туберкулезом, но вместо того, чтобы оказать ему хоть какое-то человеколюбие, она стала выгонять его из дома, говоря: «Иди куда хочешь. Ты мне больной не нужен. Мне нужно, чтобы работать могли, а не лежать. Еще заразишься от тебя, чахоточного». Она влетела в его комнату и, сбросив на пол тюфяк и одежду, вынесла кровать. Он чувствовал себя так плохо, что идти не мог никуда. И вспомнил он незабываемые молитвенные слова своего дорогого старца Варсонофия: «Господи, спаси раба Твоего, сего Николая. Буди ему Помощник; защити его, когда он не будет иметь ни крова, ни приюта». Но, как известно, Господь не попускает верным рабам Своим искушения выше меры. Вскоре посетил преп. Никона о. Петр. Войдя к нему, он увидел такую картину: больной лежал на двух табуретках, одетый в ватник, шапку и валенки. Преп. Никон, видя безвыходность своего положения, сам начал просить о. Петра о переезде к нему. К взаимной их радости, квартира сразу нашлась, и в тот же день отец Петр перевез преп. Никона на его новое и последнее жилище.
К середине мая болезнь преп. Никона приняла мучительную форму: высокая температура, жар, озноб, сменяющийся изнурительным потом, ужасающая слабость, отдышка и пролежни. Ему нечем было дышать: легкие его сократились. Все это время о. Петр самоотверженно ухаживал за ним. В последние два месяца болезни преподобный почти ежедневно причащался Святых Тайн. Молитвенное настроение преп. Никона передавалось и его сожителю, и чувствовал себя о. Петр, как когда-то в далеком недосягаемом Оптинском скиту, а не в ссылке.
В конце апреля одна из его духовных дочерей видела сон, поразивший ее своей отчетливостью. Она описала его в письме преп. Никону. Виделось ей, что оптинский старец Варсонофий пришел на квартиру преподобного в Козельске и начал выносить вещи из комнаты. Когда же он взял кровать, чтобы ее вынести, она сказала: «Батюшка, зачем кровать- то выносить? Ведь о. Никону негде будет спать». Старец на это ответил: «Он собирается ко мне, и ему кровать не нужна. Я ему свою дам кровать».
Страдания его к последним дням жизни уменьшились. Он не страдал умирая. Оставалась только слабость. Вспоминал он Оптинских старцев и братий, приводил к покаянию своих духовных детей, называл их по именам, крестил воздух, как бы благословляя кого-то. Однажды увидел он почившего оптинского старца Макария: «А, всечестнейший батюшка, о. Макарий. Ирина, подай стул... К нам пришел старец Макарий, а ты не видишь». Сестра Ирина медлила исполнить приказание, думая, что преп. Никон бредит. «Простите, батюшка, ведь она неопытная», — тихо произнес преп. Никон и затих. До последних дней он едва слышным голосом диктовал о. Петру ответы на письма. В среду 25 июня он ослабел до такой степени, что и говорить не мог. Видя его тяжелое состояние, о. Петр поспешил пригласить архимандрита Никиту, который причастил его Святых Тайн и прочитал канон на исход души. Вечером того же дня он мирно почил о Господе в возрасте 43-х лет. В последние дни своей жизни он часто молил Господа о ниспослании ему христианской кончины.