В 1812 году, при нашествии французов, отшельники покинули пустынь, и преп. Моисей удалился в Свенск и Белые берега, а потом вернулся опять в пустынь.
В 1816 году к преп. Моисею приехал его младший брать Александр, чтобы разделить с ним его жизнь. Через четыре года Александр келейно был пострижен иеросхимонахом Афанасием с именем Антония, и поручен руководству брата своего преп. Моисея, к которому всю жизнь сохранял великое послушание.
В 1816 году с братом своим преп. Моисей был в Киеве, где радушно был принят митрополитом Серапионом и наместником Лавры Антонием (впоследствии архиепископ Воронежский). По дороге, в разных обителях преп. Моисей посетил старцев: о. Василия Кишкина, преп. Макария (будущего Оптинского) и о. Филарета Глинского.
Во время пустынной жизни окреп и созрел духовно преп. Моисей. Он приобрел сосредоточенность и молчание, внимание и дар молитвы и уничижения себя; все эти качества выказались в нем в многопопечительном звании настоятеля. Следами той постоянной и неуклонной борьбы, какую вел с собою в тиши уединения преп. Моисей, остались несколько разрозненных листков из числа тех, на которых преп. Моисей записывал иногда свои думы. Вот отрывки из них:
«15 ноября 1819 г. — По принесении молитвы исповедания грехов решил на все следующее время блюстися опасно, чтобы не ужинать отнюдь, ибо безчисленно страдал от того и искусом наставлен, что нет лучшего средства к благоустроению души, как вкушать пищу по однажды в сутки. Господи, не остави мене, вонми в помощь мою, отселе воздержатися от вечернего употребления пищи и в обеденном трапезовании не пресыщатися и принять искус употребления одного рода пищи».
«14 декабря 1819 г. (после причастия). Занимаясь правилом, пришло мне на мысль: исправя, с Божией помощью, труд поста обучением себя в одном роде простой пищи, начать хранение уст, в разуме грехов своих и недостоинства еже глаголати, за нечистоту и неисправленность сердца и ума моего: чтобы вовсе не говорить устно ничего ни с кем, а по крайней нужде изъясняться через брата, краткими словами на письме полууставом. Боже, помоги мне сие начати и начатое совершити, определяя лучше умереть, нежели начатое нарушить и не совершити».
«15 декабря. — Во время трапезы блеснуло в уме разумение относительно до сожительствующих со мною братий, чтобы их погрешности, видимые мною и исповедуемые ими, принимать на себя и каяться, как за собственные свои, дабы не судить их строго и гневом отнюдь не воспламеняться. Ошибки, проступки и грехи братьев да будут мои».
Эти уцелевшие на общее вразумление и поучение записки являются драгоценными чертами из жизни преп. Моисея. Какую рисуют они исполненную строгой, духовной красоты картину непрестанной кровавой борьбы во исполнение закона Евангельского!
В Рославльских же лесах преп. Моисей постоянным прилежанием к чтению приобрел глубокое знание учения Св. Церкви и святоотеческих творений. Здесь же началось и дело руководства им других лиц. Он сносился, по послушанию, с помещиками, заботившимися об Отшельниках, и эти помещики обращались к нему за советами.
Когда преп. Моисей возрос до меры учительного и крепкого в духовной жизни мужа, Господу угодно было призвать его на высшее служение и вручить ему трудное и многоплодное дело.
В 1820 году преп. Моисей, проездом из Москвы, где ему было необходимо побывать, посетил Оптину Пустынь и был представлен ее игуменом Калужскому преосвященному Филарету. Этот знаменитый подвижник (скончавшийся в сане митрополита Киевского и в схиме) и мудрый архипастырь всей душой от юности любил монашество. Дикий сосновый бор, окружающий Оптину Пустынь, навел его на мысль устроить при Оптиной скит. Он слыхал о рославльских пустынниках и именно им желал поручить устройство скита. Знакомство с преп. Моисеем утвердило его в этом намерении. После переписки и приглашения преп. Моисей с братом преп. Антонием и еще двумя монахами 6 июня 1821 года прибыли в Оптину и поместились на монастырской пасеке.
В ста семидесяти саженях от обители, где стояла среди вековых сосен и порослей орешника и. липы уединенная келья, было выбрано место и составлен план; после этого приступили к работам.
С великим трудом новоприбывшие пустынники должны были очистить избранное место от сосновых вековых деревьев — вырубить и выкорчевать их. В этом помогали им немногие нанятые работники. Из срубленного леса выстроили небольшую келью, обвели свое место забором и поставили церковь во имя св. Иоанна Предтечи, вслед затем число келий стало увеличиваться.
В декабре преп. Моисей поехал за сбором в Москву и вернулся в повозке, столь нагруженной, что самому ему еле можно было сидеть.