Вновь открытая обитель, насчитывавшая уже около 70-ти сестер, стала очень быстро расти. Производились новые постройки. Дело требовало огромных забот и средств. Все эти попечения легли на престарелого и болезненного старца, который всей душой отдавался этому делу. Сама м.София, став настоятельницей, тоже неустанно трудилась с утра до вечера, руководя всеми монастырскими работами, а также строго следя за внутренней жизнью сестер. Помимо выполнения основных монастырских обязанностей она нередко совершала поездки по делам обители в Москву, в Калугу и в другие города. Все это, вместе взятое, очень скоро сломило ее силы, и она на 3-м году своей настоятельской деятельности, 24 января 1888г., уснула вечным сном праведницы. Старец Амвросий часто говорил о ней, что она "обрела милость у Господа". После кончины настоятельницы Софии, старец Амвросий избрал ее преемницу, способную возглавить молодую обитель и поддержать дух осиротевших сестер. По его указанию управление обителью было поручено монахине Белевского Крестовоздвиженского монастыря Евфросинии (Розовой), которая также была одной из преданнейших послушниц старца.
Заботами, трудами и молитвами о.Амвросия и новой настоятельницы обитель постоянно росла, строительство не прекращалось, но столько было поступающих, что мест для них все еще недоставало. А старец принимал всех приходивших к нему. Громадные постройки требовали и больших расходов, а иногда наличными оставалось несколько рублей. Но велика была вера старца и упование его на милость Божию. Не раз старцу говорили: "Батюшка, что же вы все больных и убогих принимаете, а чем содержать их будете?" Батюшка на это отвечал: "Да на больных, да на убогих мне Бог больше посылает, а на здоровых и вовсе ничего не дает".
Для непосредственного наблюдения за хозяйством основанной обители старец Амвросий приезжал в Шамордино. Время пребывания старца в обители для сестер считалось светлым праздником. Все с любовью встречали дорогого батюшку и неотступно сопровождали его, когда он осматривал обитель. Можно представить себе, что переживали сестры, беседуя со старцем, если они считали за счастье даже перенести шарф или другую батюшкину вещь. Во время пребывания в обители старец посещал все корпуса, кельи, объезжал постройки и делал соответствующие указания. По-прежнему его осаждали многочисленные посетители, которым старец уделял все свободное время, для приема которых построили в Шамордино специальную "хибарку".
Но не только женская община была заботой старца Амвросия. Приходит к нему как-то незнакомый человек из Сибири, отдает ему свою маленькую дочь и говорит: "Возьмите, у нее нет матери". Этот случай побудил старца устроить при Шамординской обители детский приют, в котором скоро собралось около 50-ти девочек. Когда старец приезжал в Шамордино, приют он посещал одним из первых. Малютки приветствовали своего покровителя пением разных молитв и духовных стишков. Свидетели рассказывали, что нельзя было без волнения следить за старцем в эти минуты. Серьезно и задумчиво слушал он эти детские моления, и часто крупные слезы катились по его морщинистым щекам. Проведя несколько дней в обители, духовно напитав ее насельниц, о.Амвросий возвращался в Оптину. Все сестры всегда с большой скорбью провожали своего духовного отца.
ПОСЛЕДНИЕ ДНИ ЖИЗНИ И БЛАЖЕННАЯ КОНЧИНА СТАРЦА АМВРОСИЯ
В начале июля 1890 года о.Амвросий уехал в Шамордино, предполагая пробыть там не более десяти дней. Как в каждый свой приезд, так и в этот раз о.Амвросий посетил постройки, ездил на монастырскую дачу в село Руднево, беседовал с настоятельницей и сестрами. Пробыв в Шамордино более 2-х недель, старец стал собираться обратно в Оптину. Был назначен день отъезда. В назначенный день все сестры собрались около кельи, где находился старец, желая проводить его. Была уже подана карета и уложены в нее вещи батюшки. Все с нетерпением ожидали старца, желая принять от него последнее благословение, но он все не выходил. День уже начал клониться к вечеру. Карету отправили назад, объявив сестрам, что батюшка плохо себя чувствует и отложил свой отъезд. Перед самым отъездом о.Амвросий почувствовал такую слабость, что не имел сил отправиться в путь. Отдохнув за ночь, он на следующий день думал покинуть Шамордино, но опять почувствовал себя плохо и не смог уехать. Через несколько дней, в течении которых он по-прежнему принимал посетителей и занимался монастырскими делами, о.Амвросий хотел опять уехать, но та же слабость и в третий день не позволила ему осуществить это намерение.
Уразумев после троекратных неудавшихся попыток волю Божию пребывать ему в этой обители, старец уже более не пытался уехать из Шамордино. В Оптину он написал: "Я задержался здесь по особому промышлению Божию, - а зачем, - это означится после".