Но вот скоро обстоятельства монастырские изменились. Через два года, именно 16 июня 1862 года, скончался почтенный оптинский настоятель, после которого, по чиноположению общежительных монастырей, братия должна была избрать из среды своей нового настоятеля. Приехавший на погребение отца архимандрита Моисея калужский преосвященный Григорий II, предав тело покойного земле, благословил братии немедленно приступить к избранию нового настоятеля, под ведением благочинного калужских монастырей архимандрита Герасима, бывшего в то время ректором Калужской семинарии (впоследствии епископа Астраханского). Старцу Амвросию, конечно, давно уже было известно, что преемником отца архимандрита Моисея должен быть скитский иеромонах отец Исаакий Антимонов. Но сей последний, знавший также о грозившей ему участи, со слезами на глазах умолял старца Амвросия избавить его от тяжкого креста, которым считал настоятельство, и потому старец счел за лучшее до времени помолчать о нем. А может быть, он еще думал, что так как устами покойного старца Макария изъявлена воля Божия о преемнике отца архимандрита Моисея, то обстоятельства, устрояемые Промыслом Божиим, сами собой должны были сложиться в пользу избрания на настоятельство отца Исаакия. Но дела приняли другой оборот. Голоса братий на выборах разделились. Большая часть пожелала избрать старейшего иеромонаха отца Пафнутия, который был немалое время скитоначальником и братским духовником. Меньшая, состоявшая из более почетных и уважаемых по жизни и значению в обители лиц, высказалась за отца Исаакия. Между этими последними первый подал за него голос один из самых близких к старцу Макарию учеников его — иеромонах Иларион, впоследствии скитоначальник и духовник всего оптинского братства, назначенный покойным старцем, совместно с иеросхимонахом Амвросием, проходить труд духовного окормления душ, ищущих спасения, или, короче сказать, старчествовать. Вместе с ним избирателями о. Исаакия были: иеромонах Леонид Кавелин, бывший после архимандритом, наместником Троицкой Сергиевой лавры, иеромонах Флавиан, впоследствии казначей Оптиной пустыни, иеромонах Гавриил и другие. Узнав о большинстве поданных в пользу отца Пафнутия голосов, старец Амвросий (как передавал бывший оптинский настоятель отец архимандрит Досифей) немедленно пошел в монастырь к владыке и между прочим встретившимся ему на пути некоторым из братий прямо заявил: «Батюшка отец Макарий при жизни назначил отца Исаакия преемником отцу архимандриту Моисею, и потому я иду теперь к преосвященному объяснить это». Возражать старцу никто не стал и не смел. На вопрос владыки о причине его молчания старец Амвросий, по словам скитского схимонаха отца Геннадия, сослался на просьбу самого отца Исаакия не подавать за него голоса, но, зная завет отца Макария быть отцу Исаакию преемником отца архимандрита Моисея, решился в таком случае вовсе не высказываться. Узнав же о воле покойного старца Макария, преосвященный, как значится в записках отца игумена Марка, когда доложили ему об избрании нового настоятеля, сказал: «Хотя и недостает числа голосов на стороне отца Исаакия, но по моему изволению и по избранию отца Макария да будет настоятелем обители отец Исаакий. Бог да благословит!» Обратившись затем к отцу Пафнутию, владыка сказал: «А вас, отец Пафнутий, я не забуду; вы должное свое получите, и притом в скором времени». Преподав засим своей братии архипастырское благословение, владыка отбыл в Калугу. Так приведена была в исполнение воля покойного старца батюшки отца Макария, вернее же сказать — и изреченная сим старцем воля Божия. Иеромонах Исаакий, никогда не желавший настоятельской чести, с тугою сердечною и горькими слезами принял титул строителя Оптиной пустыни.