Поначалу преподобный не отвечал на расспросы братии. После богослужения он просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника. Им он подробно рассказал о случившемся.
Преподобному пришлось остаться в монастыре. Восемь суток страдал больной невыносимо: он не мог ни пить, ни есть, ни забыться сном. В обители ждали его смерти.
В конце концов, не видя перемен к лучшему, настоятель о. Исаия решил послать в Арзамас за врачами. Врачи, вызванные лишь на седьмой день, нашли его в следующем состоянии: голова у него была проломлена, ребра перебиты, грудь оттоптана, все тело покрыто смертельными ранами; лицо и руки избиты, вышиблено несколько зубов. Удивлялись они, как это старец мог остаться в живых после таких побоев.
По старинной методике лечения врачи считали необходимым открыть кровь больному. Настоятель, зная, что больной и без того много потерял ее от ран, не соглашался на эту меру, но, по настоятельному убеждению консилиума врачей, решил рассказать об этом о. Серафиму. Консилиум опять собрался в келье преподобного. Он состоял из трех врачей; с ними было три фельдшера. В ожидании настоятеля они опять осмотрели больного, согласившись, что помощь необходимо подать как можно скорее.
С начала осмотра о. Серафим был в сознании; но к концу его он впал в забытье и сподобился дивного видения. С правой стороны постели подошла к нему Пресвятая Богородица с теми же апостолами Петром и Иоанном, как и в первое посещение. Указав перстом правой руки на больного, Она обратилась в ту сторону, где стояли врачи, и произнесла: «Что вы трудитесь?» Потом посмотрела на о. Серафима и опять сказала апостолам прежние слова: «Сей — от рода нашего».
Видение кончилось. В это время вошел отец настоятель. Врачи предложили ему пустить кровь больному, омыть раны спиртом и приложить пластыри. Но преподобный Серафим отклонил все это, предаваясь на волю Божию и Пресвятой Богоматери. Нечего было делать, оставили преподобного в покое, уважая его терпение и удивляясь силе и крепости веры.
В течение нескольких часов после видения страдалец ощущал чрезвычайную духовную радость. Потом почувствовал облегчение. В тот же вечер в первый раз после избиения спросил пищи и поел хлеба с квашеной капустой. С того дня он мало-помалу стал поправляться, но следы избиения остались на нем на всю жизнь. Он сгорбился и не мог ходить иначе, как опираясь на палку или топорик.
Пять месяцев прожил в обители подвижник. Отец Исаия и братия советовали ему оставаться здесь совсем, но преподобный Серафим испросил благословение снова возвратиться в любимое уединение. Уступая христианской неустрашимости духа и любви к пустынножительству, о. Исаия благословил преподобного.
Вскоре крестьяне, избившие старца, были найдены. Они оказались крепостными помещика Татищева, Ардатовского уезда, из села Кременок. Их хотели судить, но о. Серафим, узнав об этом, умолял помещика их Татищева и о. Исаию простить преступников. Вопреки всем, настаивавшим на наказании крестьян, преподобный заявил: «В противном случае, я оставлю Саровскую обитель и уйду в другое место».
Строителю же, о. Исаии, своему духовнику, он говорил, что лучше его удалили бы из обители, нежели нанесли крестьянам какое-либо наказание. Просьбу преподобного Серафима исполнили. Но Бог Сам наказал разбойников: их жилища сгорели. Тогда, раскаявшись, они пришли к о. Серафиму и просили у него прощения. Преподобный Серафим простил их и снова начал свою пустынническую жизнь.
Кончина игумена Исаии и подвиг молчальничества в пустыне
Прошло двенадцать лет пустынножительства преподобного. В то время настоятель Саровской обители о. Исаия по старости и слабости здоровья решил уйти на покой. Когда о. Исаия был здоров, он сам ходил в пустынь к о. Серафиму. Когда он сложил с себя должность, о. Серафим был избран братией в настоятели. Это было уже третье предложение ему: кроме Алатыря его хотели назначить строителем еще в Краснослободский Спасский монастырь. Но после подвига на камне пустынник твердо и спокойно отклонял подобные предложения.
Тогда настоятелем был избран иеромонах Нифонт, который поступил в обитель при игумене Пахомии, через девять лет после вступления в нее отца Серафима. До избрания о. Нифонт исполнял в Сарове послушание казначея.
Последний год жизни о. Исаия часто посещал преподобного в пустыне. Сам он уже не мог ходить, и братия возили его на тележке. В 1807 году о. Исаия мирно почил. В лице старца Исаии ушел из жизни последний духовный руководитель преподобного, восприемник его и духовный друг.