Какова была борьба у Прохора с плотскими движениями? В своих наставлениях он говорит: «Человеку в младых летах можно ли гореть и не возмущаться от плотских помыслов?!» Следовательно, не свободен и он был от этих приражений естества. Но эти страсти не имели в нем материала: чистый от юности, он без труда преодолевал находящие на него помыслы; и даже обращал эти искушения вражии в поводы к добру тем, что противился им: «В этих нападениях, — учил он, — тотчас же нужно обращаться с молитвою к Господу Богу, да потухнет искра порочных страстей при самом начале. Тогда не усилится в человеке пламень страстей».
Со временем душа Прохора возжаждала более строгого подвига. Видя примеры пустынножительства игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, он испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Получив благословение, Прохор нашел в лесу уединенное глухое место, где и построил себе шалаш. В своей первой пустыньке он предавался богомыслию и совершал правило преподобного Пахомия Великого. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш; Господи, помилуй — 12 раз; Слава и ныне; Приидите, поклонимся — трижды; 50 Псалом; Помилуй мя, Боже; Верую. Затем 100 молитв: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного, и в конце — Достойно есть и отпуст.
Впоследствии он говорил об этом так: «Если не всегда можно пребывать в уединении и молчании, живя в монастыре и занимаясь возложенными от настоятеля послушаниями, то хотя некоторое время, остающееся от послушания, должно посвящать на уединение и молчание. И за это малое Господь Бог не оставит ниспослать на тебя богатую Свою милость».
Вступление на подвиг пустынножительства не обошлось без искушений. Дьявольские нападения внушали послушнику помыслы скуки и уныния. Но чем более восставал враг, тем сильнейшую брань воздвигал на него Прохор и тем пламеннее становился его дух.
Болезнь и исцеление после видения Богородицы
Через два года после вступления в монастырь, в 1780 году, Прохор тяжко заболел водянкою: он весь распух и большею частью лежал в келье неподвижно. Но ни единого слова ропота никто не слышал от него, он старался с терпением и благодарением переносить свою болезнь, чтобы она вменилась ему вместо подвига. Игумен Пахомий и старец Иосиф, горячо полюбившие послушника, с любовью ухаживали за ним.
Состояние его, как и при первой серьезной болезни в детские годы, казалось безнадежным. Отец Пахомий стал настойчиво предлагать обратиться к врачу или, по крайней мере, пустить кровь. Но Прохор кротко ответил ему: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством, причастием Святых Тайн».
Тогда старцы оставили мысль о помощи земных врачей. Старец Иосиф с усердием отслужил бдение и Литургию о здравии болящего, исповедал и причастил его в келье. Прохор стал поправляться. Много-много лет спустя старец рассказывал одной инокине дивеевской, что тогда, в болезни, после причащения Святых Тайн явилась ему в несказанном свете Пресвятая Богородица с апостолами Иоанном Богословом и Петром. Указывая на Прохора, Она сказала Иоанну: «Сей — от рода нашего!» Затем: «Правую-то ручку, радость моя, положила мне на голову, а в левой ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла. И спасла Царица Небесная убогого Серафима. А рана пребольшая была; и до сих пор яма-то цела».
После этого видения здоровье его стало быстро поправляться, и братия немало тому дивилась, ничего не зная о чудесном явлении. В этой смертельной болезни умерло в Прохоре человеческое: отныне он — уже не земного «рода», а небесного.
В следующем году, после выздоровления святого, на месте этой кельи начали строить больничный корпус с двухэтажной церковью. В нижнем этаже храм был освящен в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, в верхнем — в честь Преображения Господня.
Когда Прохор вполне окреп, игумен Пахомий послал его собирать деньги на украшение этой церкви. Прохор с особым усердием принял новое послушание — сборщика; обходя города и селения, он дошел и до Курска. Здесь Прохор узнал, что мать его уже умерла. Брат же его Алексей пожертвовал на постройку саровской церкви немалую сумму. И тогда уже, при свидании с братом, подвижник проявил дар прозорливости, открыв брату время его кончины.