По возвращении в Саров, послушник Прохор сделал кипарисовый престол для нижнего этажа больничного храма в честь преподобных Зосимы и Савватия. До конца дней это место было для преподобного особым — именно здесь явилась ему Богородица, исцелившая его от водянки. Он любил посещать этот храм и причащаться в нем Святых Тайн. В нем он приобщился и накануне блаженной кончины своей, 1 января 1833 года.
Монашеский постриг, дьяконское служение и основание Дивеевской общины
Прошло восемь лет с того времени, как Прохор вошел в Саровскую обитель, и было ему уже 27 лет. Наружный вид его к этому времени изменился: он был высоким, мужественно сложенным и сильным. Несмотря на строгое воздержание и пост, у него было полное, белое лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные; густые брови и густые светло-русые волосы, окладистая борода и усы.
Имел он ум светлый, память острую, сердце милостивое, волю твердую и дар слова живой и обильный, а речь столь действенную, что слушатели получали от нее всегда душевную пользу.
Он был всеми в обители любим и почитаем, особенно же строителем обители, отцом Пахомием, который любил его, как свою душу. Пройдя все степени монастырского искуса, послушник Прохор был способен и готов принять монашеские обеты.
13 августа 1786 года, с соизволения Святейшего Синода, о. Пахомий постриг послушника Прохора во иночество. Причем без ведома его и выбора ему было дано имя Серафим, что значит, с еврейского языка, и «пламенный», и «согревающий». И это имя, несомненно данное ему за его горение духа, он оправдал вполне и своею пламенною любовью к Богу и Божией Матери, и теплой лаской к людям. Восприемниками его при пострижении были старцы Иосиф и Исаия.
С первых дней монашества преподобный Серафим усилил молитвенный подвиг, несмотря на то, что ему пришлось отказаться от уединения и подвизаться совместно со своими духовными отцами игуменом Пахомием и старцем Исаией, который был дан ему в духовные отцы при его постриге. Он вверился им с детским послушанием в ответ на их крепкую любовь к нему.
27-го октября 1786 года монах Серафим, по ходатайству о. Пахомия, был посвящен преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона.
Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и девяти месяцев, почти беспрерывно находился в служении.
Строитель о. Пахомий привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы и, уезжая из обители по делам или для служения где-нибудь, брал его обыкновенно с собой.
Ночи накануне служения преподобный Серафим проводил в бодрствовании и молитве, а по окончании каждой службы долго оставался в храме, приводя в порядок священную утварь и ризницу. Господь, видя его усердие, подавал ему необычайную крепость, так что он не чувствовал трудов и, уходя в келью для краткого отдыха днем, жалел, что человек не может беспрерывно, подобно Ангелам, служить Богу. При этом он был всегда весел. «Веселость, — говорил он, — отгоняет усталость, а от усталости ведь уныние бывает, и хуже его нет. Оно все приводит с собой». Поэтому всегда, даже в церкви на клиросе, он был веселым; когда братия уставали и уныние нападало на них, так что и пение не ладилось, он подбадривал всех веселым и ласковым словом, и они переставали чувствовать усталость. «Ведь дурное что говорить ли, делать ли нехорошо, и в храме Божием не подобает, а сказать слово ласковое, приветливое да веселое, чтоб у всех перед лицем Господа дух всегда весел, а не уныл был — вовсе не грешно», — говорил он. И в такой непрестанной благодатной радости и духовном веселье проходил он свой дьяконский подвиг.
Также во время дьяконского служения на преподобного Серафима было возложено послушание, которое он пронес через всю жизнь и не оставил и по преставлении. Это попечение о дивеевской общине.
В 1789 году, в начале июня, о. Пахомий с казначеем о. Исаией отправились в село Леметь Ардатовского уезда Нижегородской губернии на погребение благодетеля монастыря, помещика Александра Соловцова. По обычаю, о. игумен взял с собой иеродиакона Серафима.
По дороге они заехали в Дивеево — навестить основательницу общины, блаженную Агафию Семеновну Мельгунову, в монашестве Александру. Рано овдовев, Агафья Семеновна, богатая помещица нескольких губерний, посвятила жизнь свою странствованиям по святым местам, а также делам благотворения. Однажды, во время пребывания ее в Флоровском Киевском монастыре, ей явилась Пресвятая Богородица с повелением идти к северу России и остановиться на том месте, какое ей будет указано: там со временем возникнет славная обитель. Когда Мельгунова, по пути в Саров, дошла до села Дивеева и, присев отдохнуть на бревна у сельской церкви, забылась от усталости, ей вновь явилась Царица Небесная с повелением остаться на этом месте. Агафия Семеновна поселилась у сельского священника, где, ища подвигов и уничижения, исполняла всю черную работу. Кроме того, она широко, но в тайне благотворила крестьянам. Деньги, полученные ею от продажи ее имений, она употребила на возведение нескольких и украшение многих храмов. В том числе она сделала большое пожертвование на строительство каменного храма в Дивеево. Около нее собрались жить несколько благочестивых женщин, что и составило первоначальную общину Дивеевского монастыря.