20 ноября 1866 года послушник Василий Меркулов был пострижен строителем Гефсиманского скита иеромонахом Анатолием в монашество с наречением имени Варнава (что значит: «дитя милости, сын утешения») в честь святого апостола Варнавы. «Монашествующим известно, — пишет один из жизнеописателей старца Варнавы, — то значение, которое имеет пострижение для постригаемого. Этот момент неизъясним, он действительно перерождает всего человека. Постригаемый забывает в это время все, кроме Бога. Момент пострижения остается в душе на всю жизнь. Те же чувства, наверное, испытывал и новоначальный инок. Он видел и сознавал, что теперь перед ним лежала одна дорога, одна цель: монашеские подвиги, молитва, пост и постоянная бдительность над собой». Когда человек упражняется в какой-либо работе, то у него развиваются мускулы, он становится физически крепче, телесно сильнее, так происходит и в духовной жизни: чем дольше идет упорная, непрестанная борьба с миром, «лежащим во зле», плотью и диаволом, тем более увеличивается духовная мощь борца, пока не достигнет он совершенного господства над своим духовным «я» и полного покорения своей плоти духу. Так, подвизаясь в течение всей иноческой жизни, постепенно возрастал и укреплялся духом инок Варнава, призванный свыше понести еще и тяготу людских немощей.
Пребывая всю жизнь в незримом для посторонних глаз покаянии, сокрушении сердца, подвиге молитвы, храня глубокое смирение, детскую чистоту и целомудрие, подвижник Христов всемерно старался сокрыть свое делание от мира. Но даже одна только внешняя сторона его иноческого подвига: труды его послушания, смирение, кротость, терпение, сострадание ко всем, особенно обездоленным, вызывало у людей преклонение.
Как бы во исполнение желания богомольцев иметь монаха Варнаву своим духовником монастырское начальство представило его к священническим степеням. Промысл Божий приуготовил благочестивому монаху новое бремя служения. 20 августа 1871 года Учрежденный собор Лавры ходатайствовал перед митрополитом Московским и Коломенским Иннокентием (Вениаминовым-Поповым) о рукоположении монаха Варнавы во иеродиакона. В Послужном списке отмечено, что монах Варнава «поведения хорошего и усердно проходит послушание». 29 августа 1871 года епископом Леонидом (Краснопевковым) в храме Святителя Николая в Николо-Угрешском монастыре он был рукоположен во иеродиакона.
«После посвящения, — как пишет один из жизнеописателей, — когда приходилось отцу Варнаве часто служить, душа его наполнялась неизъяснимо высоким восторгом и горяча была молитва благочестивого иеродиакона».
Но не успел еще новорукоположенный иеродиакон навыкнуть диаконскому служению, как был возведен он в степень священства. 10 января 1872 года Учрежденный собор Лавры ходатайствовал перед митрополитом Московским и Коломенским Иннокентием о рукоположении иеродиакона Варнавы во иеромонаха. Перед рукоположением иеродиакон Варнава подписал так называемую присягу иеромонаха.
«Я, нижеподписавшийся, соблюдая свято и нерушимо данную мною присягу на верность подданства Его Императорскому Величеству, призываемый ныне к служению иеромонашескому, обязуюсь и клянусь Всемогущим Богом пред Святым Евангелием в том, что желаю и, при помощи Божией, всемерно потщусь проходить служение сие согласно с словом Божиим, с правилами церковными и указаниями начальства; богослужение и Таинства совершать по чиноположению церковному, ничтоже произвольно изменяя; учение веры содержать и другим преподавать по руководству Святыя Православныя Церкви и святых отец; вверяемые попечению моему души охранять от ересей и расколов и заблудших вразумлять и обращать на путь истины; провождать жизнь благочестную, трезвенную, от суетных мирских обычаев устраненную, в духе смиренномудрия и кротости, и благим примером руководствовать других к благочестию; во всяком деле служения моего иметь в мыслях моих не свою честь или выгоды, но славу Божию, благо Святой Церкви и спасение ближних; в чем да поможет мне Господь Бог благодатию Своею молитв ради Пречистыя Богородицы и всех святых. В заключение сего клятвенного обещания моего целую слова и крест Спасителя моего. Аминь. К сей присяге иеродиакон Варнава руку приложил».
20 января 1872 года в Покровской церкви Высокопетровского монастыря епископом Можайским Игнатием (Рождественским) иеродиакон Варнава был рукоположен во иеромонаха.
Отец Варнава в сане иеродиакона.