Молва о великом и многополезном служении старца не могла не дойти до священноначалия, и в награду за труды и в поощрение их в 1885 году отец Варнава был удостоен права ношения набедренника. 29 сентября 1888 года Учрежденный собор Троице-Сергиевой Лавры ходатайствовал перед Святейшим Синодом о награждении иеромонаха Варнавы наперсным золотым крестом.
В 1890 году иеромонах Варнава был назначен духовником братии. Монахи обычно приходили к отцу Варнаве вечером, и батюшка бывал им всегда рад. «С какою любовью занимался он с нами, — вспоминает один из них, — с каким терпением выслушивал он наши неразумные вопросы и как мудро, просто и отечески ласково наставлял он нас». Для братии монастыря двери его келлии всегда были открыты. Когда монахи спрашивали, можно ли прийти к нему и когда, батюшка отвечал: «Во всякое время можете, как только свободны и имеете что-либо сказать мне, хотя бы и самое маловажное, по вашему мнению. Мы и сами советуемся и оттого в грязи не валяемся». Старец не только всегда охотно принимал собратий, но даже выговаривал, бывало, когда его «сынок» не смеет беспокоить, сядет где-нибудь в сенях в ожидании, пока сам батюшка не отворит двери. «Ты что же не постучал? Всегда, как придешь, стучи, за послушание стучи всегда», — говаривал батюшка. И когда бы ни пришли к нему его «детки» — утром ли рано, днем ли в часы отдыха или поздно вечером, — никто никогда не замечал ни тени неудовольствия на лице его или в голосе. Любвеобильный старец не только не тяготился такими посещениями, но, случалось, и сам навещал своих чад, когда узнавал, что кто-нибудь из них захворал. Присматривал он за ними и во время несения ими послушаний. Войдет, бывало, в рабочую комнату и станет спрашивать, как они живут тут, не враждуют ли, мирны ли между собою. «За ваши святые молитвы, батюшка, у нас все хорошо и мирно пока», — скажут ему. «Ну и слава Богу, — порадуется старец, — а мне больше ничего и не нужно!»
Счастлив был тот, кто пользовался наставлениями и советами старца. Это был истинно пастырь добрый[9], который отечески ласково вразумлял уклонявшихся от правильного пути, учил терпению, защищал слабых и строг был с теми из братий, кто причинял неприятности или заставлял страдать других. Войдет, бывало, к старцу инок и начнет сетовать: «Батюшка, у меня все какой-то разлад в жизни: то в этом, то в другом согрешишь». Старец слегка хлопнет ладонью по лбу своего духовного сына да и скажет, улыбаясь: «Ах какой ты у меня монах! Все грешишь да грешишь. Ну, Бог простит тебя, сынок; с сегодняшнего дня положим доброе начало: будем исправляться, вот так и так поступать, чтобы противостоять греху и виновнику его — диаволу». Воодушевленный и наставленный старцем ученик становится на твердый путь духовной жизни, по возможности исправляется и совершенствуется в ней, благодаря Господа, что он имеет у себя такого опытного в иноческой жизни старца и дерзновенного пред Богом молитвенника.
По свидетельству наместника Троице-Сергиевой Лавры архимандрита Павла (Глебова; † 1904), старец был силен духом в принятии на себя и несении немощей своих духовных чад, пока не поднимал их со дна погибели и не утверждал на пути ко спасению. «Однажды, — рассказывал архимандрит Павел, — когда был я на Соборе Лавры для обсуждения дела об одном лаврском монахе, к нам вдруг входит батюшка Варнава, прибывший по своему делу собственно ко мне. „Вот как хорошо, батюшка, — говорю ему, — Вас-то нам и надо!.. Помогите нам в нашем недоумении“. А батюшка на это с улыбкой и говорит мне: „Куда уж мне, худому горшку, да с медной посудой знаться!“ Невольно рассмеялись все на это, но потом все же объяснили батюшке суть дела, о котором много рассуждали, но не пришли ни к какому решению. Неблаговидное, даже прямо предосудительное, поведение одного монаха побуждало принять решительные меры к ограждению прочей братии от различных нареканий. С другой стороны, Собор не мог не принять во внимание молодость виновного и не оказать ему снисхождения. Батюшка, выслушав все, объявил, что берет на себя всю вину этого брата и сам будет отвечать за него везде, а его просил оставить в покое. И что же? Брат этот так был признателен своему неожиданному благодетелю, что впоследствии был предан ему как сын духовный, что вскоре же стал неузнаваем по своему поведению, добрым и полезным сыном своей обители».