Полное же нестроение началось со времени трехмесячной отлучки из общины ее начальницы Марии Пивоваровой. Передав управление казначее и сказав сестрам, что уезжает в Нижний Новгород по делам, она отбыла в сопровождении своей келейницы. Проходит неделя, другая, месяц, а начальница не возвращается, мало того, не извещает сестер ни о себе, ни о своем местопребывании. Пошли слухи, что она серьезно больна и находится в Москве. Казначея именно там и разыскала ее и удостоверилась, что Мария действительно больна физически и даже душевно. К немалому своему удивлению и огорчению, мать казначея узнала, что та за все время пребывания в Москве не только не была у строителя отца Варнавы, но и не поедет к нему, так как не желает более быть под его руководством, хочет быть самостоятельной и полновластной хозяйкой. Мать казначея поехала к отцу Варнаве, рассказала о болезненном состоянии начальницы и ее немирном настрое по отношению к нему. Добрый и незлобивый батюшка не один раз посылал мать казначею к начальнице в Москву, пытаясь успокоить ее, уговорить оставить свои бесполезные, властолюбивые намерения. Но это-то незлобие старца стало, возможно, причиной еще большей гордости и самоуверенности недалекой по своим умственным способностям Марии.
По возвращении в общину в начале 1879 года Мария Пивоварова в течение двух месяцев не выходила из келлии из-за своего болезненного состояния. Когда же, наконец, она стала появляться среди сестер, то перемена, происшедшая с ней, поразила всех. Из добродушной и веселой она превратилась в раздражительную, надменную и подозрительную. В скором времени обитель разделилась на две партии. Во главе первой, самой незначительной по числу сестер, стояла сама начальница. Вторая партия — в нее входили три четверти сестер, самоотверженно защищавших батюшку, терпеливо переносивших правды ради всякие скорби, притеснения и осмеяние от партии, во главе которой стояла с недоверием смотревшая на всех и вся болезненно-раздражительная начальница Мария. Справедливости ради надо сказать, что во всех этих неурядицах была виновата не столько сама начальница, женщина молодая, слабохарактерная, легко соглашавшаяся со всеми и всем доверявшая, сколько окружавшие ее сестры. Как бы там ни было, но Мария лишилась покоя. Все время она мучилась и терзалась, сознавая свою виновность перед старцем. В минуты просветления она нередко, особенно по ночам, тихо вставала и, упав пред образами на колени, со слезами молилась: «Господи, что мне делать — я погибаю! Родитель мой, посмотрел бы ты теперь. Меня настроили против моего наставника и отца, и я не знаю, смогу ли я загладить свою вину и смириться перед ним».
Сестры обители были поставлены в весьма затруднительное положение. Чувствуя настоятельную нужду в руководстве, наставлениях, советах и духовных уроках старца, а также вполне сознавая зависимость обители от него и в материальном отношении, они изъявили желание иметь другую начальницу, единомысленную с ними.
Смущенная таким неожиданным поворотом дела, начальница в праздник Благовещения после обедни прошла из храма в трапезу, стала успокаивать сестер и сказала, что все будет по-старому, только просила никого не вмешиваться в ее дела и распоряжения.
Чтобы узнать истинное расположение сестер, благочинная предложила начальнице сделать подписку, то есть расписать по именам, кто из них на стороне отца Варнавы и кто на стороне начальницы. В результате выяснилось, что из двухсот сестер за начальницей оказалось не более пятнадцати. Такой исход подействовал на Марию Пивоварову удручающе. Видя, что лишилась уважения со стороны сестер, она решила отказаться от настоятельства. Такой поворот дела разжалобил сестер, и они уже готовы были от души простить Марию. Старшая из них сказала:
— Матушка, нам желательно одно только, чтобы Вы примирились со старцем. Уклоняясь от его добрых советов и наставлений, Вы и нас стараетесь отдались от него. А уж если не пожелаете примириться со старцем, тогда лучше, конечно, отказаться от начальствования, успокоиться самой и нас успокоить. Вас Царица Небесная не оставит, и мы все будем с почтением относиться к Вам.
Но тут Марию в ее справедливом порыве остановили так называемые приближенные. Она осталась настоятельницей.
Сохранилось слово отца Варнавы, относящееся ко времени нестроений и обращенное к сестрам в одно из его посещений общины на Пасху.