Из всех храмов обители особой красотой отличался соборный храм, построенный в 1877 году и освященный в честь Иверской иконы Божией Матери. При нем два придела: правый — во имя святителя Василия Великого и преподобной Ксении, левый — во имя Святителя Николая Чудотворца и Преподобного Сергия Радонежского. На главном престоле — бронзовое, под стеклянным футляром, одеяние изящной работы, вызолоченное через огонь и украшенное эмалью различных цветов с рельефными матовыми изображениями — жертва московского купца Ф. А. Овчинникова. Иконостас из дерева, резной, в византийском стиле. В том же стиле — резные позолоченные киоты с иконами святых угодников. Иконопись во всем храме — на чеканном золотом фоне. Все иконы написаны были в строгом православном духе, очень искусно, мастерами палехской школы Сафонова. Над ликами святых угодников сияли сребропозлащенные венцы — жертва московского купца П. Ф. Микляева. Среди святынь собора стоит назвать гробничку с частицами Гроба и Креста Господня, с мощами святых угодников числом до ста. Как сказано в описании, они «перешли в обитель жертвами разных достопочтенных боголюбцев».
В монастырской разнице хранились три Евангелия в сребропозлащенных окладах, чеканные напрестольные кресты, потиры, дискосы. По изяществу и художественности исполнения заслуживают внимания две дарохранительницы, пожертвованные Н. А. Журавлевым и И. Д. Бокастовым, плащаница с изображением Божией Матери, лежащей во гробе, шитая по бархату золотом. Одежда на Богородице вся сплошь вышита золотом. Вокруг изображения Богородицы крупными буквами полууставом вышит тропарь. Вся работа по вышиванию и отделке плащаницы выполнена сестрами обители — золотошвейками по послушанию.
Была в монастыре и библиотека. Поскольку обитель возникла недавно, то в ней ценные старинные рукописи или книги не хранились, но было множество книг, изданных различными учеными обществами и учеными людьми, почти все, что выходило в то время.
Под Иверским соборным храмом при его постройке выведен был довольно значительных размеров склеп. В 1891 году усердием благотворителей его переделали в трехпрестольный подземный храм. В 1892 году 12 июля по благословению преосвященного Владимира, епископа Нижегородского и Арзамасского, средний алтарь его был освящен в честь Собора честных бесплотных сил. Алтарь правого придела 13 июля освятили в честь апостола Петра и мученицы Агриппины; левый придел — 14 июля в честь преподобного Герасима Иорданского и преподобномученицы Анастасии Римляныни.
Соборный Иверский храм возводился усердием и на средства благотворителей: мещанина Сергиева Посада В. Т. Рыбакова, петербургского купца Г. Ф. Шустрова, купцов из города Богородска И. С. Кулаева и Г. Д. Куприянова, а также некоторых других жертвователей.
Почитатели старца — устроителя обители — принесли в дар монастырю частицу мощей апостола Варнавы, небесного покровителя батюшки. 20 июня 1901 года священник Георгий Раевский в письме иеромонаху Варнаве сообщал, что мощи святого апостола Варнавы в серебряном крестообразном ковчеге, полученные от Марии Сергеевны Кошелевой — вдовы потомственного дворянина, передаются в Выксунский женский монастырь, «где бы облагодетельствованные Вами сестры имели более напоминательных побуждений молиться о Вас, достойного носителя святого имени, пред небесным Вашим покровителем святым апостолом Варнавою».
Когда возвели соборный храм, то новая домовая церковь в богадельне, построенная в русском стиле с 1884 по 1887 год, была названа Успенской. Часть земли до возведения храма занимало монастырское кладбище, и несколько могил оказались под сенью храма. Так, возле южных дверей его под мраморной плитой покоился прах родительницы отца Варнавы схимонахини Дарии. Незадолго до ее кончины между ними произошел такой разговор.