Между тем повешенные и обезглавленные трупы оставались на прежних местах, а на Красной площади стояли столбы, на которых воткнуты были отрубленные головы. В начале февраля 1699 года вывезли из Москвы тысячу шестьдесят восемь трупов и разложили их грудами на двенадцати больших примосковских дорогах, а зарыли только в половине марта. Стрелецкое войско было уничтожено Петром в июле 1699 года, слободы стрелецкие разорены, а стрельчихи повысланы из Москвы.
Страшно отомстил Петр главному своему ненавистнику, уже умершему боярину Ивану Михайловичу Милославскому. Тринадцать лет лежал он спокойно в могиле, когда Петр приказал вырыть его труп и отвезти в Преображенский приказ. Когда труп откопали, голова у него оказалась цела, но сделалась величиною только в кулак, борода у Милославского выросла в могиле почти до колен, а все тело его было твердо, как камень. Этот безобразный труп от могилы до приказа везли в сопровождении палачей на тележке, в которую запряжены были шесть чудских свиней. В приказе труп рассекли палачи топорами на мелкие части, и эти куски были зарыты под дыбами во всех застенках.
— Он желал царской крови, так пусть теперь захлебнется иною кровью под дыбами! — сказал Петр, отдавая приказание о загробной казни своего врага.
На помосте, внутри соборной церкви Смоленской Божией Матери, находящейся в Новодевичьем монастыре, стоит каменная гробница, в подножие которой вделана следующая надпись: «Лета 1704, июля 3-го, в понедельник, в первом часу дня, скончалась благородная царевна и великая княжна Софья Алексеевна, от рождения 45-ти лет, 9-ти месяцев и 16-ти дней. В соборе во имя Божией Матери погребена 4-го июля».
Перед кончиною она постриглась в схимну и приняла при этом прежнее свое имя — Софья.
Участь лиц, близких царевне, была также печальна.
Сильвестр Медведев не успел пробраться в Польшу, он был схвачен на смоленской дороге и привезен в Москву вскоре после его побега. Его судили «царским» судом, расстригли, назвав опять Симеоном по мирскому его имени, «истязали огнем и бичьми до пролития крови» и обвинили в ереси, чародействе, намерении убить патриарха, в участье в замыслах Шакловитого, в побеге в Польшу и в наущении народа к мятежу, за что и приговорили к смертной казни.
— Не вели казнить, великий государь, Семена Медведева смертью, а отдай его мне, я обращу его из еретичества и спасу его душу! — просил Петра патриарх Иоаким.
— Возьми его, святейший владыка, и делай с ним что заблагорассудишь! — отвечал царь на эту просьбу.
«Постой же, — думал со злобным простодушием Иоаким, — ты хотел добраться до моей пестрой ризы и до моего патриаршего жезла, так доберусь же я теперь до тебя. Покажу я тебе, что значит писать еретические книги, как твоя «Манна».
Принялся патриарх обращать бывшего инока Сильвестра из ереси в истинную веру. Отрекся Семен от своих заблуждений, свалив, разумеется, сбои вины на дьявола, и тогда его святейшество постановил следующее решение: «Жить Семену Медведеву под началом искуснейшего в писании мужа, не давать ему бумаги и чернил и сдать его в твердое хранило». Таким «хранилом» была назначена Троицко-Сергиева лавра. Менее полутора года прожил там Сильвестр, как обвинили его снова в ереси и чародействе, снова употребили над ним кнут и огонь и затем 11 февраля 1691 года ему, как неисправимому еретику и чародею, отсекли голову.
Долго томился в ссылке князь Василий Васильевич Голицын. Он умер в Пустозерске 13 марта 1714 года.
В 1740 году императрица Анна Ивановна тешила себя и русскую знать свадьбою своего придворного шута с калмычкою, по прозванию Буженинова. Свадьбу эту справляли в «ледяном доме», и женихом калмычки был князь Михайла Алексеевич Голицын, родной внук знаменитого любимца царевны Софьи Алексеевны.