Все эти заявления открыли глаза патриарху Иосифу, но зло было уже сделано. Патриарх, отстранив Аввакума и его товарищей от печатания церковных книг, вызвал для этого из Киева людей ученых и правое славных, которым и поручил пересмотреть уже изданные.
Но еще более ревности по исправлению книг оказал вступивший в управление церковью Никон. Сознавая, что толкования лжеучителей имели значительный успех в народе, в особенности с тех пор, как учения их получили как будто освящение изданием печатных книг, Никон нашел необходимым всенародно на соборе 1654 года поставить вопрос: должно ли руководствоваться вышедшими печатными московскими книгами, несогласными с греческими, или же держаться древних греческих и славянских, которым следовали восточные церкви и московские святители?
По единогласному мнению собора, положено было исправить вновь изданные книги по древним оригиналам греческим и славянским, на что испросить благословения восточных патриархов. Присылая на такое святое дело свое благословение, патриарх Паисий прислал вместе с тем и самый верный список Никейского символа веры для обличения Аввакума относительно члена о св. Духе.
Заручившись определением собора и одобрением вселенских иерархов, Никон с обычной своей энергией принялся за исправление изданных при его предшественниках церковных книг. Добросовестная проверка этих книг лицами просвещенными и сличение их с огромным запасом как греческих, так и славянских оригиналов обнаружили не одно невежество прежних издателей, но и умышленные искажения. Вследствие этого бывшие издатели были преданы суду и обвинены: Аввакум сослан в Сибирь к берегам Байкала, а князь Львов, начальник типографии, заведовавший изданиями, заключен в Соловецкий монастырь. Учения их о двуперстном знамении и сугубой аллилуии как в России, так и в Греции признаны уклонениями, а патриарх Макарий, бывший в Москве в 1655 году, предал последователей анафеме.
Новые книги изданы, а старые стали отбираться к уничтожению. Вместе с уничтожением старых книг началась по церквам принудительная замена икон старого письма — новым, живописным. Такой крутой поворот, действовавший не путем убеждения, а силою власти, не мог не взволновать умы, склонные упорно держаться старых порядков. В их глазах всякое улучшение казалось пагубной новизной, всякая свежая мысль обличала опасного новатора. К несчастью еще большему, крутой и гордый Никон, возбудивши против себя суровостью требований большинство общества, в это критическое время вовлекся в открытый самонадеянный спор с государем. Это обстоятельство развязало руки врагам его и побудило их даже к открытому осуждению всех его действий. Ободрились и последователи старых книг и ободрились до того, что ученики Аввакума, Авраамий, Никита и Лазарь, осмелились даже подать царю челобитную о старой вере и выпустить несколько сочинений в ее защиту. Сам ересиарх Аввакум, успев бежать из ссылки, явился в Москве и был принят там с большим почетом.
При такой обстановке, конечно, не могли иметь серьезного влияния на соборы греческих и русских святителей, одобривших все распоряжения Никона по делам церковным, ни увещания восточных патриархов, ни царские грамоты. Последователи старых книг упорно держались своих убеждений и образовали собою первую основу раскола, под именем старообрядцев.
Расколу держались и в простом народе, и при царском дворе, и в чернецах. При царском дворе две знатнейшие боярыни, сестры, урожденные Соковнины, Феодосия Прокопьевна (вдова боярина Глеба Ивановича Морозова) и Евдокия Прокопьевна (жена боярина князя Петра Семеныча Урусова) предпочли перенести всевозможные угнетения, чем отречься от раскола. Они умерли в боровском заключении, заслужив у раскольников славу преподобных мучениц.
Упорство чернецов соловецкой братии разразилось открытым бунтом, и хотя в царствование Алексея Михайловича усмирился мятеж, но не искоренилось упорство раскольников. Напротив того, крутые меры приводили раскольников еще к большему ожесточению, еще к большему ослеплению. Они рассеялись по поморью, завели в недоступных глухих местах скиты и сделались рассадником для дальнейших разветвлений. Правительство после смерти Алексея Михайловича прибегло к крайним жестоким мерам. По настоянию патриарха Иоакима главные ересиархи Аввакум и Лазарь были сожжены всенародно, и указано сжигать в срубах всех, упорно державшихся раскола. Вследствие такого гонения раскольники становились ожесточеннее и многочисленнее — в особенности в самой Москве между стрельцами.