К несчастью, расположение дома и сделало его идеальным местом для совершения преступления. 1 марта 1932 года младшего Чарльза Линдберга похитили, и больше малыша никто никогда не видел.
Полковник Линдберг и его жена Энн, задерживаясь в квартире на Манхэттене, всегда предупреждали няню малыша Бетти Гоу о времени возвращения в особняк. Накануне похищения Линдберги обедали, а двухлетнего малыша в восемь часов вечера уложили спать. Полковник позже вспоминал, что, отдыхая после обеда в гостиной, слышал какой-то странный шум, но подумал, что это миссис Гоу уронила что-то на кухне. Однако она в это время беседовала с четой Уотли, прислугой в доме Линдбергов, и не заметила ничего подозрительного.
В десять вечера Бетти Гоу отправилась в детскую, чтобы взглянуть на малыша. Его там не оказалось, но она не слишком встревожилась, полагая, что мать ребенка взяла его в свою комнату, что делала довольно часто. Когда же она встретила миссис Линдберг и выяснилось, что та не заходила в детскую и не забирала малыша к себе, в доме началась паника. Все пятеро начали отчаянные поиски, пока полковник Линдберг не обнаружил душераздирающую записку, которая впоследствии фигурировала на сенсационном процессе о похищении и убийстве. Приколотая к радиатору записка была написана с грубыми орфографическими ошибками, и в ней сообщалось следующее: "Сэр! Приготовьте 50.000 долларов: двадцать тысяч в 20-долларовых банкнотах, двадцать тысяч в 10-долларовых и десять тысяч в 5-долларовых. Через пару дней мы сообщим, где оставить деньги. Предупреждаем вас хранить все в тайне от прессы и полиции, если хотите, чтобы с вашим сыном все было в порядке. Отличительные знаки всех наших писем — подпись и три дырки". И ниже — образец: подпись и три отверстия.
Полковник Линдберг еще раз тщательно обыскал окрестности в последней надежде найти хоть какие-нибудь следы, затем вбежал в дом и немедленно позвонил в полицию. Через тридцать минут детективы прибыли на место происшествия.
Первичный осмотр выявил следы желтой глины в детской комнате и вмятины от лестницы на клумбе под ее окном. Отсюда, очевидно, преступник проник в дом. Во дворе было обнаружено вдавленное в грязь плотничье долото. Накануне похищения два дня непрерывно лил дождь, и на оштукатуренной стене дома были видны отметины от лестницы. Но этих следов, конечно же, было недостаточно.
Через 48 часов к расследованию подключился шеф ФБР Гувер. Он приказал сотрудникам своего ведомства оказывать необходимую помощь полиции штата Нью-Джерси.
Расследование возглавил полковник Норман Шварцкопф. Он распорядился приостановить расследование других дел и сконцентрировать все усилия на одном — на деле о похищении маленького Чарльза. Но тогда ни он и никто другой не могли даже предположить, что пройдут долгих четыре года, прежде чем справедливость восторжествует.
Экспертиза записки преступника показала, что он либо немецкого, либо скандинавского происхождения. На это указывало написание некоторых слов. Анализ чернил и бумаги ничего не дал, такие можно было купить повсюду в Америке.
После опроса слуг и выяснения прошлого их самих и членов их семей полицейское расследование зашло в тупик. И тогда вконец отчаявшийся полковник Линдберг бросил зов о помощи. Игнорируя требования похитителей, он опубликовал в газетах всех крупных городов Америки обращение с просьбой не причинять вреда его сыну и вернуть его домой живым и невредимым. Его жена, в свою очередь, через газеты сообщила похитителям режим дня и кормления их малыша, так как у него была специальная диета после болезни.
Энн Линдберг надеялась, что столь широкомасштабная полицейская акция по поимке похитителей напугает преступников и они выдадут себя. Она писала матери: "Детективы настроены оптимистично, хотя полагают, что потребуются время и выдержка. Они считают, что похитители попали в ужасную переделку — сети расставлены по всей стране и им некуда деться". Она даже не допускала мысли о том, что ее сын может быть убит.
Две недели не было никаких вестей, но наконец почтой доставили вторую записку, а за ней и еще несколько. В первой говорилось: "Мы будем держать у себя ребенка, пока все не утихнет". В следующей было написано: "Мы заинтересованы в том, чтобы вернуть вашего малыша невредимым". Чарльз Линдберг, летчик со стальными нервами, оказался на грани нервного срыва. Переживая из-за неудач в расследовании, он тайком от полиции пошел на контакт с преступниками и через месяц заплатил выкуп через посредника, доктора Джона Кондона.