Ободренные болезнью Пелсерта, заговорщики отложили переворот до того момента, когда фактор умрет. Неизвестно, несколько болезнь Пелсерта была действительной, а насколько дипломатической: каждый вечер ему становилось так худо, что он не надеялся пережить ночь, но по утрам принимал доклады офицеров, хотя и не покидал постели. Так прошли две недели. Вот-вот могли показаться берега Явы, и это побуждало заговорщиков к действию. Но люди Пелсерта были начеку, а часть экипажа, как мы уже говорили, предпочитала соблюдать нейтралитет. Тогда решено было пойти на провокацию.
На корабле находилась состоятельная голландская дама Корнелия Лукреция Яне, которая ехала в сопровождении служанки Жанте к своему мужу в Батавию. Капитан Якобс еще в начале путешествия обратил на нее внимание, но дама отвергла его ухаживания; после этого капитан переключил усилия на служанку и быстро добился взаимности. Теперь Иероним Корнелис должен был распустить слух, что Лукреция Яне ведьма, и подговорить матросов вымазать ее дегтем (капитан даже подговорил изрезать ей лицо бритвой, но Корнелис его от этого отговорил). Расчет был на то, что Пелсерт вынужден будет принять суровые меры против участников этой операции. Тогда за матросов вступятся остальные члены экипажа — между солдатами Пелсерта и моряками отношения были натянутыми.
Вечером, когда Пелсерт лежал у себя в каюте, матросы во главе со старшим боцманом ворвались в каюту Лукреции (дверь была не заперта — об этом позаботилась Жанте) и вытащили ее на палубу. Надругавшись над Лукрецией, они затем вымазали ее дегтем и грязью. Священник, оказавшийся поблизости, бросился к Пелсерту, который поднялся с постели и вызвал стражу. К тому времени, когда он добрался, поддерживаемый помощниками, до палубы, солдаты уже разогнали матросов, а пассажирки помогли Лукреции вернуться в каюту.
Пелсерт не сомневался, что капитан, несмотря на свое показное возмущение происшедшим и клятвенные обещания строго наказать виновных, является зачинщиком всей этой истории. В ту же ночь Пелсерт пригласил трех верных офицеров на совет. На палубе, требуя утопить ведьму, шумели матросы. Арестовать их значило сыграть на руку капитану, оставить безнаказанными — подорвать дисциплину, придать заговорщикам уверенность. Пелсерт не успел прийти к какому-либо решению. Той же ночью «Батавия» налетела на рифы у небольшого архипелага, состоящего из скал и голых песчаных островков, в нескольких десятках миль от северного берега Австралии.
Якобе сообщил Пелсерту, что немедленной опасности для корабля нет и что он продержится на плаву по крайней мере до утра, однако пассажиров и солдат предложил перевезти на берег. Первую спущенную шлюпку разбило волнами о борт, за места в других шла драка. Наконец спустили благополучно шлюпку, в которую поспешили сойти Пелсерт и его офицеры, вслед за ними на берег отправился капитан. Старшим на тонущем корабле остался Корнелис. Пока матросы, разбив бочки с вином, пировали, Корнелис поднял люк в полу каюты Пелсерта и спустился в кладовую, где хранились деньги и ценности. Там он взломал сундуки, надел на шею массивную золотую цепь, украшенную изумрудами, и позвал матросов. Те в восторге набивали монетами карманы. Это входило в планы Корнелиса. Теперь матросы были связаны круговой порукой, так как совершили одно из самых серьезных преступлений, запустили руку в казну Компании.
Не ведая о том, что творится на борту «Батавии», Пелсерт приказал в поисках воды обследовать остров, на который высадились потерпевшие кораблекрушение. Воды на острове не оказалось. Была послана шлюпка на соседний клочок земли, также оказавшийся безводным. Тогда несколько солдат, сколотив плот, поплыли к большому острову, видневшемуся на горизонте.
Поняв, что расправиться с Пелсертом сейчас нельзя (тот все время находился в окружении верных людей), капитан предложил ему отправиться на поиски воды на боте. План Якобса заключался в том, чтобы убить Пелсерта, как только остров скроется из виду, а самому направиться к Яве. Там он должен был сообщил, что «Батавия» погибла, а Пелсерт остался сторожить груз. Следующим шагом было получить корабль для спасения груза и людей и привести к месту катастрофы, где Корнелис должен был все подготовить для его захвата. Потом можно будет забрать ценности и отправиться в плавание.