Тем не менее Петр стал царем. Опека над ним, по московскому обычаю, принадлежала его матери. Царица Наталья Кирилловна стала центром правительства. Но подле нее не было искренно преданных помощников и руководителей: Матвеев еще не вернулся в Москву из ссылки, братья царицы не отличались необходимыми для правления способностями и опытом. Таким образом, новое правительство было слабо. Этим и воспользовалась сторона Милославских, среди которых было много выдающихся лиц.
Главным представителем этой партии была царевна Софья, ученица Симеона Полоцкого, личность безусловно умная и энергичная, которой душно было в тесной полумонашеской обстановке, окружавшей московских царевен; образование расширило ее умственный кругозор, выработало в ней широкие запросы жизни а отсутствие стесняющего внешнего авторитета родительской власти позволило Софье искать ответы на эти вопросы вне терема. Она тесной сердечной связью сблизилась с замечательнейшей личностью того времени, князем В. В. Голицыным, и вмешивалась в обшественную жизнь. Кровными узами привязанная к дворцовой партии Милославских, Софья прониклась ее интересами. Как сильная и страстная натура, она лучше и сильнее всех чувствовала эти интересы и стала руководительницей этой партии. Противники (т. е. Нарышкины, и более всех Наталья Кирилловна) были ей ненавистны, как обидчики ее и ее родных. В то же время очень развитое честолюбие Софьи показывало ей возможность в случае воцарения Ивана стать во главе государства опекуншей неспособного брата, заменить ему мать, управлять государством. С воцарением Петра место это было занято Натальей Кирилловной, которая видела, конечно, в Софье свою соперницу; отсюда взаимная ненависть мачехи и падчерицы. Кроме Софьи у Милославских был другой способный человек, И. М. Милославский, падкий на интригу, изворотливый и лишенный твердых нравственных понятий. За Иваном Милославским стоял родовитый князь И. А. Хованский, который не столько дружил с Милославскими, сколько не любил их противников. Но Хованский и Голицын не были деятельными участниками той политической интриги, которая была ведена в мае 1682 г. преимущественно Софьей и Милославскими против Нарышкиных.
В последние дни царя Федора и в первые дни царствования Петра московские стрельцы пришли в некоторое движение. Стрелецкое войско было сформировано в полки, носившие название по фамилиям полковников. Жило оно отдельно от прочего населения Москвы, в особых «стрелецких слободах» в разных частях города. И сами стрельцы, и их семьи помимо службы занимались промыслами и мелкой торговлей. Поэтому стрельцы, имея военную организацию, в то же время не были замкнуто живущим военным сословием, а сохраняли живые связи с остальным московским населением. В начале 1682 г. главным начальником стрелецкого войска был князь Юрий Алексеевич Долгорукий, «развалина от старости и паралича», как характеризует его С. М. Соловьев. Он не мог поддержать должной дисциплины. Полковники стрелецкие начали притеснять стрельцов, стрельцы на злоупотребления властью отвечали нарушением порядка. В грубой форме заявляют они протест против притеснений, подавая с ругательствами челобитья на начальников и употребляя силу для освобождения наказанных товарищей. Это движение началось еще при Федоре, а при новом правительстве выразилось довольно резко: сразу от 16 полков подана была во дворец челобитная на полковников с угрозой, если не накажут полковников, расправиться с ними самосудом. Правительство Натальи Кирилловны сделало промах: вместо спокойного расследования дела оно с испуга уступило стрельцам и, уволив полковников, взыскало с них все денежные к ним претензии стрельцов. Уступка разнуздала стрельцов окончательно, дисциплины не стало, самосудом расправлялись они со всеми неприятными им начальниками. Полный беспорядок царил в слободах. С переменой правительства стрельцы почувствовали, что они сила, которую боятся даже во дворце.