Прямо сместить Хованского Софья боялась, потому что это могло раздражать стрельцов и повести к новым беспорядкам. Терпеть же его во главе военной силы казалось невозможным. Помимо того бестактного поведения, каким он отличался во время раскольничьего движения, Хованский вел себя дурно и в последующее время: он льстил стрельцам, уронил дисциплину; ходили слухи, что он грозил устранить Милославских от власти, во дворце даже говорили, что Хованский хочет завладеть царством для себя и для сына. И. М. Милославский так был напуган, что не жил в Москве, боялась и Софья. 20 августа вся царская семья уехала из Москвы, считая себя небезопасной в Кремле. После многих переездов из села в село, из монастыря в монастырь, Софья в селе Воздвиженском праздновала свои именины 17 сентября. Туда к этому дню съехалось много московской знати, и вот 17-го после обедни и приема поздравлений, цари с боярами «сидели» о деле Хованского. Боярская дума выслушала «доклад», или обвинительный акт, в котором Хованский был обвиняемв преступлениях по службе и в умысле на жизнь государей. Последнийпункт обвинений был основан на подметном письме, которое брошено было на имя государей у дворцовых ворот, а написано было, говорят, И. М. Милославским. Дума приговорила Хованского и сына его Андрея к смертной казни. Их арестовали недалеко от села Воздвиженского, доставили туда и в тот же день казнили. Суд, приговор и казнь последовали в один и тот же день, внезапно, неожиданно. Очевидно. Софья боялась помехи со стороны стрельцов; боясь их волнения, она 17 го же сентября известила их грамотой, что Хованские казнены, и прибавляла, что на самих стрельцах царского гнева нет.
Но стрельцы не поверили. Они думали, что за Хованским наказание постигнет и их. Поэтому они подняли бунт; по слухам, ожидая нападения на Москву царских войск, они привели город в осадное положение и приготовились к вооруженной защите. Это заставило правительство удалиться в Троицкую Лавру (бывшую первоклассной крепостью того времени) и собирать дворянское ополчение из городов. Военные приготовления показали стрельцам их собственную слабость, невозможность сопротивления и необходимость покориться. Через посредство оставшегося в Москве патриарха просят они прощения у Софьи. Софья дает им прощение с одним условием: стрельцы вполне должны повиноваться начальству и не мешаться не в свои дела; 8 октября стрельцы дают в этом клятву. Они просят позволения сломать тот почетный столб, который был поставлен в память майских подвигов. Теперь в глазах их самих и правительства майские подвиги не заслуга, а бунт.
Так кончилось смутное время, тянувшееся с мая по октябрь 1682 г. В начале ноября двор возвратился в Москву; настало так называемое «правление царевны Софьи» (1682–1689).
Таковы были придворные и политические обстоятельства, в которых родился и провел годы детства Петр. С началом правления Софьи началось его отрочество.
Обратимся к правлению царевны Софьи. При ней главными деятелями являются боярин князь В. В. Голицын и думный дьяк Шакловитый. Первый был начальником Посольского приказа, главным правительственным деятелем во внешних сношениях Москвы и во внутреннем управлении. Второй был начальником стрелецкого войска и главным стражем интересов Софьи, оберегателем господствовавшей партии. Шакловитый был верным слугой Софьи, а Голицын не только служил царевне, но был ее любимым. Личность князя В. В. Голицына — одна из самых замечательных личностей XVII в. Иностранцы, знавшие его, говорят о нем с чрезвычайным сочувствием, как об очень образованном и гуманном человеке. Действительно, Голицын был очень образованным человеком, следовал во всех мелочах жизни западноевропейским образцам, дом его был устроен на европейский лад. По характеру своего образования он близок был к малорусскому образованному монашеству и находился до некоторой степени под влиянием польско-католическим. Гуманность Голицына обращает на себя внимание современников, ему приписывали широкие проекты освобождения крестьян от частной зависимости. Внутренняя правительственная деятельность времени Софьи отмечена мягкостью некоторых мероприятии, быть может, благодаря влиянию Голицына. При Софье было смягчено законодательство о несостоятельных должниках, ослаблены некоторые уголовные кары, отменена варварская казнь — закапывание в землю живого. Однако в той сфере, где сильно было влияние не Голицына, а патриарха. — в отношении к раскольникам — незаметно было большой гуманности: раскол преследовался по-прежнему строго.