В 1689 г., когда Петру минуло 17 лет, он мог уже, как взрослый, упразднить регентство Софьи. Неудача второго Крымского похода 1689 г. возбудила обшее недовольство и дала удобный повод к действиям против нее. Соображая эти обстоятельства, партия Петра приготовилась действовать; руководителем в этих приготовлениях, по довольно распространенному мнению, был князь Б. Голицын.
Но прямо начать дело против Софьи не решались. В то же время и Софья, понимая что время близится к развязке, что следует отдать власть Петру, и не желая этого, не решалась на какие-нибудь резкие меры для укрепления себя на престоле. Ей очень хотелось из правительницы стать «самодержицей», иначе говоря, венчаться на царство. еще с 1687 г. она и Шакловитый думали достигнуть этой цели помошью стрелецкого войска. Но стрельцы не хотели поднимать новый бунт против Нарышкиных и требовать незаконного восшествия на престол Софьи. Лишенная в этом деле сочувствия стрельцов, Софья отказывается от мысли о венчании, но решается самозванно именовать себя «самодержицей» в официальных актах. Узнав об этом, Нарышкины громко протестуют: раздается ропот и в народе против этого нововведения. Чтобы удержать власть, Софье остается одно: привлечь к себе народную симпатию и в то же время возбудить народ против Петра и Нарышкиных. Вот почему и Софья, и ее верный слуга Шакловитый жалуются народу на своих противников и употребляют все средства, чтобы поссорить с ними народ, особенно стрельцов. Но стрельцы весьма мало поддавались речам Софьи, и это лишало ее храбрости. Со страхом следила она за поведением Нарышкиных и ждала от них нападения. Отношения двух сторон с часу на час обострялись.
Петр, вызванный матерью из Переяславля в Москву летом 1689 г., начал показывать Софье свою власть. В июле он запретил Софье участвовать в крестном ходе, а когда она не послушалась, сам уехал, устроив таким образом сестре гласную неприятность. В конце июля он едва согласился на выдачу наград участникам Крымского похода и не принял московских военачальников, когда они явились к нему благодарить за награды. Когда Софья, напуганная выходками Петра, стала возбуждать стрельцов с надеждой найти в них поддержку и защиту, Петр не задумался арестовать на время стрелецкого начальника Шакловитого.
Петр или, вернее, руководившие им лица опасались стрелецкого движения в пользу Софьи. Находясь в Преображенском, они внимательно следили за положением дел и настроением стрельцов в Москве через преданных им лиц. В то же время и Софья боялась дальнейших неприятностей со стороны Петра и посылала в Преображенское своих лазутчиков. Отношения к началу августа 1689 г. стали до того натянуты, что все ждали открытого разрыва; но ни та, ни другая сторона не хотели быть начинающей, зато обе старательно приготовлялись к обороне.
Разрыв произошел таким образом: 7 августа Софья собрала в Кремле значительную вооруженную силу. Говорят, что ее напугал слух о том, что в ночь 7 на 8 августа Петр с потешными явится в Москву лишит Софью власти. Стрельцов, призванных в Кремль, волновали в пользу Софьи и против Петра несколько преданных правительнице лиц. Видя военные приготовления в Кремле, слыша зажигательные речи против Петра, приверженцы царя (в числе их были и стрельцы) дали ему знать об опасности. Но они преувеличил опасность и сообщили Петру, что на него с матерью стрельцы «идут бунтом» и замышляют на них смертное «убийство». Петр прямо с постели бросился на лошадь и с тремя провожатыми ускакал из Преображенского Троицкую Лавру. В следующие дни, начиная с 8 августа, в Лавру съехались все Нарышкины, все бывшие на стороне Петра знатные и чиновные лица; явилась вооруженная сила — потешные и Сухарев стрелецкий полк. С отъездом Петра и его двора в Лавру настал открытый разрыв.
Из Лавры Петр и руководящие им лица потребовали от Софьи отчета в вооружениях 7 августа и присылки депутаций от всех стрелецких полков. Не отпустив стрельцов, Софья отправила к Петру патриарха Иоакима как посредника для перемирия. Но преданный Петру патриарх не вернулся в Москву. Петр вторично потребовал представителей от стрельцов и от тяглых людей Москвы. На этот раз они явились в Лавру наперекор желаниям Софьи. Видя, что сопротивляться Петру невозможно, что в стрельцах нет поддержки, Софья сама едет к Троице мириться с Петром. Но ее возвращают с дороги именем Петра и угрозой, если она приедет к Троице, обойтись с нею «нечестно». Возвратясь в Москву, Софья пробует поднять стрельцови народ на Петра, но терпит неудачу. Стрельцы сами заставляют Софью выдать Петру Шакловитого, которого он потребовал. Лишается Софья и князя В. В. Голицына; после выдачи Шакловитого Голицын добровольно явился в Лавру и ему от Петра была объявлена ссылка в Каргополь (позднее Пинегу) за самоуправство в управлении и за нерадение в Крымском походе. Шакловитый подвергся допросу и пытке, повинился во многих умыслах против Петра в пользу Софьи, выдал много единомышленников, — но не признался в умысле на жизнь Петра. С некоторыми близкими ему стрельцами он был казнен (11 сентября). Не избег казни и преданный Софье Сильвестр Медведев. Обвиненный как еретик и государственный преступник, он сперва был приговорен к ссылке, но позднее (1691), вследствие новых на него обвинений, казнен.