Жозеф Фуше, министр полиции, был исключительно опасным инструментом в руках Бонапарта. Как и Вольтер, он получил церковное образование. Внешность его была зловешей и неприятной, особенно поражали страшные глаза, обладавшие почти гипнотическим воздействием. Желтое и костлявое лицо, с которого не сходило бесстрастное выражение, роднило его со змеей. Убийца монарха, голосовавший за казнь Людовика XVI, бывший активный деятель террора, заработавший себе кличку «Лионский мясник», потому что приказал казнить шестьдесят роялистов, привязав их к дулам орудий, он предал жирондистов, якобинцев и Директорию, однажды он предаст и Бонапарта. Фуше внушал в равной степени страх и отвращение. «Чудовище, зачатое в котле революции, чьими родителями стали анархия и деспотизм» — так отозвался о нем Шатобриан.
«Фуше не мог жить без интриги, которая была ему нужна не меньше, чем хлеб насущный, — сказал о нем его хозяин. — Он строил козни во все времена, везде, всеми доступными ему способами и против всех.» Ценя Фуше как талантливого мастера своего дела, отлично скоординировавшего работу своего министерства с деятельностью еще с полдюжины полицейских ведомств, имевших разное подчинение, Наполеон в то же время не доверял ему и опасался его.
Рене Савари, помощнику, а затем и преемнику Фуше, было дано поручение присматривать за ним, насколько, конечно; это было возможным, учитывая всю сложность поставленной задачи. Савари был высоким кавалеристом с очень привлекательной внешностью, которому тогда еще не исполнилось и тридцати. Когда-то он служил у Наполеона адъютантом, затем в чине полковника был назначен командиром гвардейского подразделения конных жандармов — отборных солдат, выполнявших функции военной полиции и использовавшихся для особо опасных и ответственных заданий. По словам Бонапарта, Савари любил его «как родного отца». Безгранично преданный императору, энергичный и слегка простоватый, он регулярно составлял рапорты о деятельности Фуше, однажды обвинив его в связи с бретонскими повстанцами. В убийстве герцога Энгиенского ему как исполнителю принадлежала главная роль. К другим успешным операциям Савари можно отнести подделку австрийских банкнотов перед кампанией 1809 года и русских ассигнаций в 1812 году. Он также руководил установкой взрывного механизма, при помощи которого, планировалась физическая ликвидация Бурбонов в 1814 году.
Как якобинцы, так и роялисты решили, что у них нет иного выхода, кроме как убить Бонапарта. В октябре 1800 года группа якобинцев, вооруженная пистолетами и кинжалами, уже приблизилась к ложе Первого консула в опере, но их успели схватить. После непродолжительного следствия все они были гильотинированы. Фуше знал о готовящемся покушении с самого начала через своих тайных агентов.