Точно так же, как в последние годы президентства Вашингтона, при Адамсе существовал приоритет внешней политики. Он прилагал все силы, чтобы сохранить нейтралитет США во время великого европейского конфликта, главными участниками которого были Франция и Великобритания. Президент понимал, что только неучастие в войне может способствовать укреплению и в будущем процветанию слабых еще США. В то же время каждая из воевавших сторон прибегала ко всевозможным, в том числе провокационным, уловкам, чтобы привлечь заокеанскую республику на свою сторону.
Особенно активными оказались французы. После начала Великой французской революции симпатии большинства американцев были на ее стороне. Однако казнь короля, кровавый террор якобинцев, череда государственных переворотов — все эти события привели к тому, что популярность революционной Франции стала падать. В США был ратифицирован Сенатом мирный договор с Великобританией. В ответ французские власти начали перехватывать американские торговые суда, направлявшиеся к английским берегам. Правда, атаки выдавались за действия пиратов, однако было ясно, что во всех случаях за ними стояла французская Директория. Число потопленных и ограбленных американских судов достигло нескольких сотен. Ходили слухи, что французы готовятся к высадке на западном континенте. Стремясь сохранить мир, Адамс отправил в Париж посольство. Однако министр иностранных дел Франции Шарль Морис де Талейран-Перигор, уже известный как мастер беспринципной интриги, передал посланникам, что он вступит в переговоры только при передаче крупной взятки ему лично и обещании займа его правительству. Это «послание» министра, переданное через трех его представителей, имена которых Адамс, получивший донесение на этот счет, отказался называть, обозначив их как «X, Y, Z», получило название «дела XYZ».
Вначале Адамс предпочел не обнародовать дело, чтобы не возбуждать страсти. Но сведения об этой истории, достигшие общественного мнения, вызвали такую бурю негодования, что президент вынужден был издать прокламацию о готовности США к войне. Не будучи военным, сам он стал появляться на публике в военной форме и даже с саблей, прикрепленной к поясу. По предложению президента были предприняты меры по укреплению вооруженных сил: Конгресс принял решение о формировании новых частей, доведя их численность до 10 тыс. человек, и, главное, о строительстве двенадцати 30—40-пушечных фрегатов, за что за Джоном Адамсом закрепилась слава основателя ВМФ США.
Хотя война объявлена не была, фактически с 1798 по 1800 г. у побережья то и дело вспыхивали морские бои. Вопреки ожиданиям, американские военные корабли оказались боеспособными. Дело дошло до того, что 9 февраля 1799 г. фрегат «Созвездие» (Constellation) не только нанес серьезные повреждения более крупному французскому фрегату «Инсургент» (Insurgente), но и захватил его вместе с командой. Эта победа укрепила позиции Адамса и внутри страны, и на международной арене.
Вступление США в антифранцузскую коалицию казалось решенным делом. Однако в том же 1799 г. в результате государственного переворота в Париже к власти пришел генерал Бонапарт, что коренным образом изменило ситуацию. Адамс назначил новую дипломатическую миссию. Готовясь к масштабной войне на Европейском континенте, Наполеон счел целесообразным примириться с США, и 30 сентября 1800 г. был подписан Морфонтонский договор о прекращении военных действий.
Внутри страны Адамс на протяжении всего своего срока все больше сталкивался с сопротивлением республиканцев. Хотя Джефферсон активно не выступал, президент считал его своего рода вражеской агентурой в федералистском лагере. Республиканская пресса обвиняла Адамса в монархических намерениях, в обострении внешних конфликтов ради укрепления собственной власти, в трате огромных государственных средств, в коррупции.
Летом 1799 г. Конгресс, в котором большинство принадлежало федералистам, принял несколько законов, предоставлявших исполнительной власти право налагать высокие штрафы и подвергать тюремному заключению за «подстрекательство к мятежу» (именно так был назван основной закон этой серии), причем трактовалось последнее весьма широко. В дополнение был проведен закон об иностранцах, согласно которому был введен 14-летний срок «натурализации», то есть пребывания иностранцев в США до получения гражданства. Имея в виду, что иммигранты из Европы, в частности ирландцы, которых в этот период было особенно много среди прибывавших из-за океана переселенцев, большей частью поддерживали республиканцев, этот закон, дававший право высылки из страны иностранцев, трактовали как направленный против оппозиции. Вице-президент Джефферсон высказался против этих законов, что привело к открытому конфликту между ним и президентом.