Поскольку Вашингтон поддерживал в основном Гамильтона, в его руки отчасти перешли и внешнеполитические вопросы, хотя они являлись областью ответственности Джефферсона. Стремясь к примирению с Великобританией, вступившей в войну с Францией, Гамильтон обвинял Джефферсона в «женственной привязанности к Франции и столь же женственной неприязни к Великобритании». Понимая, что власть все более ускользает из его рук, Джефферсон в конце 1793 г. ушел в отставку и удалился в свое вирджинское поместье Монтичелло.
Он занялся благоустройством своего поместья, спроектировал его главное здание — этакий небольшой замок. В то же время он очень внимательно следил за американской политикой. Его крайне возмутило подписание в ноябре 1794 г. с Великобританией «договора Джея» (о дружбе, торговле и мореплавании), который в американском обществе был расценен как неравноправный.
Действительно, американские корабли не получили права заходить в британские порты, которые еще оставались в Америке (на территории Канады), в то время как британские суда могли посещать все морские и речные порты США. Были и другие явно дискриминационные статьи. В то же время статьи договора подтверждали независимость США, предусматривалось создание смешанных комиссий для уточнения границ, для определения взаимных финансовых претензий. Несмотря на яростную оппозицию республиканцев, утверждавших, что договор чуть ли не превращает США в колонию, он был ратифицирован Конгрессом.
Разногласия с Гамильтоном, переросшие в личную вражду, привели к тому, что Джефферсон совместно с Мэдисоном занялся созданием на базе групп своих сторонников Демократическо-республиканской партии. Хотя она фактически функционировала с 1792 г., официальное сообщение о ее создании Джефферсон и Мэдисон издали в 1799 г. В партию вошли руководители администраций и местные лидеры прежде всего южных штатов, а также Нью-Йорка. Партия резко критиковала федералистов, обвиняла Гамильтона в монархистских тенденциях, выступала за расширение полномочий штатов, нейтралитет в европейской политике.
На президентских выборах 1796 г. Джефферсон стал главным соперником Адамса и, заняв второе место по числу голосов выборщиков, получил пост вице-президента. По договоренности с Адамсом его основной функцией стало председательствование в Сенате, причем без права голоса. (Кроме случаев, когда верхняя палата оказывалась в патовом положении: при равенстве голосов «за» и «против». В такой ситуации голос вице-президента решал исход голосования. Эта правовая норма сохранилась до наших дней.)
В целом, однако, вице-президентство Джефферсона было весьма своеобразным: фактически он выступал против большинства мероприятий правительства, в частности против актов о подстрекательстве к мятежу и об ограничении иммиграции. Вице-президент предупреждал президента Адамса, что посягательства последнего на «суверенитет штатов» встретят сопротивление и что он, Джефферсон, это сопротивление поддержит. Федеральное правительство, утверждал он, является агентом штатов, опасность республике исходит от излишней федеративной власти, а не от «анархии», исходящей из среды необразованных масс. Впрочем, на практике он был чужд этих масс, как и они обычно оставались в стороне от бурных дискуссий.
Поведение Джефферсона в качестве вице-президента привело к крайнему обострению его отношений с Адамсом, который не без основания обвинял своего заместителя в нарушении воли избирателей. Впрочем, не лучшего мнения Адамс был и о Гамильтоне, которого называл «самым беспокойным, нетерпеливым, хитрым, неутомимым и беспринципным интриганом в Соединенных Штатах».
Острая борьба развернулась на президентских выборах 1800 г. Подчас эту избирательную кампанию называют «революцией 1800 года», хотя, конечно, это выражение было лишь условным обозначением тех государственно-конституционных изменений, которые вели к устранению недостатков избирательной системы, а затем к упадку и распаду Федералистской партии. До этого выборщики имели по два голоса, но могли голосовать только за президента, а лицо, занявшее второе место, автоматически становилось вице-президентом.
Демократы-республиканцы выдвинули Джефферсона, а вместе с ним Аарона Берра — ветерана Войны за независимость, опытного адвоката и политика, сторонника расширения прав штатов, прежде всего своего родного Нью-Йорка. Кандидатом федералистов вновь стал Адамс, который к концу своего президентства потерял значительную степень своего былого влияния.