Оба кандидата в полемике непосредственно не участвовали, хотя поощряли ожесточенные выступления своих сторонников, не стеснявшихся прямых оскорблений. Адамса называли «стариком-подстрекателем», Джефферсона — атеистом, который в своем безбожии однажды обесчестил вдову. Дело дошло до того, что в конце июня 1800 г. некоторые газеты распустили слух о внезапной смерти Джефферсона, а опровержение опубликовали только через неделю!
Обеспечив себе большинство голосов выборщиков, Джефферсон придумал хитрый ход: один выборщик должен был отдать не два, а лишь один голос. В результате этого он рассчитывал получить на один голос больше Берра и стал президентом, а тот — вице-президентом. Но неразбериха в коллегии выборщиков привела к тому, что оба они получили равное число голосов и вопрос был передан в Палату представителей, где большинство было у федералистов. Часть из них, стремясь не допустить избрания Джефферсона президентом, проголосовала за Берра. Последний самоустранился от борьбы, заявив, что примет любое решение палаты. Этим он фактически отказался от поддержки Джефферсона, которого однопартийцы рассматривали как единого кандидата на президентский пост. 34 тура голосования завершились вничью. Только после того как Гамильтон, ненавидевший Берра по личным причинам (они поссорились, когда родственник Гамильтона обвинил Берра во взяточничестве, за чем последовала дуэль, впрочем, окончившаяся бескровно) высказался за Джефферсона как «меньшее зло», а затем еще один федералист переметнулся на сторону Джефферсона. В 35-м туре Джефферсон был избран президентом большинством в один голос. На протяжении всей этой возни он выражал надежду, что в будущем федералисты «будут усмирены». Чтобы исключить повторение подобных инцидентов, Джефферсон инициировал принятие 12-й поправки к Конституции, которая предусматривала, что выборщики будут по-прежнему отдавать два голоса, но теперь один голос — за президента, а второй — за вице-президента.
Четвертого марта 1801 г. Джефферсон принес присягу в качестве президента США. Его инаугурационная речь считается одним из важнейших политических документов США. Имея в виду ожесточенную политическую борьбу предыдущих лет, новый президент решительно высказался за национальное примирение. Отвергая партийные пристрастия, он заявил: «Под разными именами мы являемся братьями по одним и тем же принципам. Все мы республиканцы, все мы федералисты». Новый президент имел в виду не принадлежность к определенной партии, а поддержку республиканского строя и федеративного устройства страны.
Хотя Джефферсон, исходя из принципов, провозглашенных в инаугурационной речи, заявил, что сформирует правительство из представителей всех «фракций», важнейшие посты он отдал своим ближайшим сторонникам. Государственным секретарем стал Джеймс Мэдисон, секретарем казначейства — шведский эмигрант, республиканец из Пенсильвании Альберт Галлатин. (Этот последний приложил все силы для экономии государственных средств, в частности настояв на сокращении регулярной армии и сосредоточении ее на западных границах, а также увольнении большого количества федеральных чиновников, численность которых была сведена всего до сотни человек.) Пост военного секретаря занял малоизвестный генерал Генри Дирборн, которого Джефферсон включил в правительство, как он говорил, для «регионального баланса», так как северные штаты в нем почти не были представлены, а генерал был родом из штата Мэн. Бирборн проявил себя с лучшей стороны: в условиях резкого сокращения армии ему удалось успешно отбивать нападения испанцев и французов с юга и набеги индейцев с запада. Во всяком случае, Джефферсон явно проявил талант в выборе помощников. Впрочем, при этом он всегда сохранял приверженность своей партии. Почти во всех случаях оказывалось так, что, провозглашая своей целью национальное примирение, Джефферсон отдавал высшие должности своим однопартийцам. Он оправдывал это тем, что речь шла о людях, чьи способности он хорошо знал по опыту совместной борьбы в течение ряда лет. Помимо этого, назначая на ответственные посты, в частности в судебной системе, своих политических сторонников, Джефферсон создавал определенный баланс, поскольку при Адамсе назначались почти исключительно федералисты.
При всем этом основная часть назначенных ранее федералистов оставалась на своих постах. Они отплатили новому президенту благодарностью, часть из них вообще перешла в лагерь республиканцев-демократов, что наряду с другими факторами способствовало значительному падению влияния федералистской организации. Кадровая политика Джефферсона создала традицию, укоренившуюся в США: при формировании новой президентской администрации оставлять на своих постах часть чиновников, невзирая на их партийную принадлежность. При этом высшие посты отдавались тем, кто наиболее активно поддерживал будущего победителя.