Стремясь к превращению США в правовое государство, президент уделял особое внимание созданию стройной, имеющей четкие полномочия и в то же время экономичной судебной системы. По его предложению были отменены некоторые положения акта Конгресса, принятого в самом конце президентства Адамса, который позволил ему осуществить «полуночные назначения» судей. Число членов Верховного суда сократилось до пяти (вместо шести), что позволяло избежать патового положения (то есть равного числа голосов при вынесении решений). Одновременно были ликвидированы суды графств, полномочия которых передавались судам более высокого уровня (окружным). Это позволило устранить многих судей, назначенных Адамсом, в частности в округе Колумбия (только в нем назначил 42 судей). Их увольнение, которое мотивировалось прежде всего экономией средств, носило политический характер: враждебно настроенные к президенту судьи столичного округа сильно мешали, да и просто раздражали Джефферсона. Теперь обстановка стала более благоприятной. Но главное, из ведения Верховного суда изымались все «конкретные вопросы», то есть не связанные с толкованием Конституции и с определением соответствия федерального законодательства основному закону страны. Так на практике происходила определенная «федерализация» демократа-республиканца Джефферсона, который все более осознавал необходимость сохранения и укрепления централизованного государства.
Не во всех случаях юридические акции президента приводили к успеху. В 1803 г. он потребовал принудительной отставки на основе импичмента одного из судей Верховного суда Сэмюэля Чейза, назначенного еще Вашингтоном. Чейз был обвинен в партийных пристрастиях, так как в одном из выступлений заявил, что демократы-республиканцы «угрожают миру, порядку, свободе и собственности». Вопрос рассматривался в Конгрессе. Но президента не поддержали не только федералисты, но и некоторые его однопартийцы, заявлявшие, что обвинения против Чейза напоминают инвективы, содержавшиеся в законе о подстрекательстве к мятежу, осужденном и отмененном по инициативе самого Джефферсона. Чейз был оправдан, а в США больше никогда не прибегали к попыткам отрешения членов Верховного суда от должности.
Экономическая политика Джефферсона была неотделима от его мероприятий в военной области и внешней политике. Получив в наследство большой внешний и внутренний долг, он требовал жесткой экономии государственных средств, с тем чтобы погасить задолженность. Далеко не во всем его экономические мероприятия были последовательными. Следуя характерным для него, когда он было в оппозиции, популистским настроениям, Джефферсон считал необходимым освободить американцев от некоторых введенных ранее налогов. В частности, им был отменен налог на производство спиртных напитков («налог на виски») 1794 г., который вызвал серьезные волнения в разных штатах. Более того, он собирался отменить и другие налоги, заявляя, что правительство может содержать себя только за счет таможенных пошлин. Вначале эти его инициативы привели к экономическим успехам на базе свободного предпринимательства. Действительно, пошлины на экспорт и импорт создавали возможность содержать «малое правительство», за которое ратовал Джефферсон.
Однако войны в Европе (получившие название Наполеоновских войн) привели к тому, что торговля США с основными странами старого мира почти прекратилась. В результате возник кризис: все три ветви власти оказались без средств. Не было даже денег на выплату жалованья высшим государственным служащим. В результате пришлось срочно восстанавливать налоговую систему. Это был еще один урок государственной мудрости, который пришлось выучить президенту Джефферсону.
На протяжении первого и особенно второго президентства Джефферсона (он был переизбран в 1804 г.) проводилось постепенное сокращение численности регулярной армии и ВМФ (корабли либо ставились на прикол, либо переоборудовались в торговые). При этом правительство исходило из все той же задачи максимальной экономии государственных средств. Джефферсон утверждал, что в случае вовлечения США в войну можно будет привлечь в армию добровольцев и на их базе быстро создать большую боеспособную армию. Он ссылался на опыт Войны за независимость, не упоминая, правда, что она привела к благоприятным для США результатам только в самом конце, причем при вооруженной помощи французов.