Несмотря на противоречивость дела, он, считавший себя патриотом колоний, взялся за защиту восьми британских солдат, которых обвиняли в убийстве пяти колонистов во время так называемой Бостонской бойни (сентябрь 1770 г.) — уличной стычки горожан с королевскими солдатами. Адамс, к которому обратились за юридической помощью арестованные, был на стороне горожан, выражавших недовольство чрезмерными налогами и назначением местных чиновников из Лондона. Но он понял, что солдаты были просто напуганы и открыли огонь, опасаясь за свою жизнь. Он взялся за это дело, хотя знающие люди и разные ультрапатриоты предупреждали, что он губит свою репутацию. В результате суд оправдал шестерых, а остальных двоих приговорил к небольшому наказанию за непредумышленное убийство. Так революционер Адамс спас врагов революции от почти неминуемой казни.
Эта судебная победа стала для Адамса переломной. Его стали называть человеком чести и справедливости. В то же время в ходе подготовки к делу он тщательно ознакомился с документацией колониальных властей и пришел к выводу, что с британской короной следует расстаться. В местной прессе стали появляться его эмоциональные статьи против колониальных властей. Он выступал на собраниях граждан с пламенными речами и писал столь же резкие резолюции, требовавшие независимости. Хотя британский закон о гербовом сборе 1765 г., вводивший массу новых налогов на колонистов, под давлением недовольных отменили, Адамс был убежден, что англичане попытаются вновь пополнить свой бюджет за счет американцев. Он опубликовал в «Бостон газетт» цикл статей с критикой финансовой политики метрополии.
В 1774 г. Адамс был избран делегатом Континентального конгресса в Филадельфии. Здесь он оказался в числе наиболее решительных сторонников полного разрыва с метрополией. Его избрали председателем комитета, который подготовил проект Декларации независимости. В основном написанный Томасом Джефферсоном (Адамс заявил, что именно тот обладает наибольшим даром красноречия), этот основополагающий документ был отчасти подготовлен и Адамсом, который писал отдельные абзацы и редактировал весь текст.
На базе Декларации независимости Адамс подготовил текст Конституции штата Массачусетс. Он стал основоположником американского конституционного права, написав два крупных труда — «Мысли о власти» (1776) и «Защита конституционной власти Соединенных Штатов» (1787). Вторая из этих работ будет написана уже в то время, когда в США развернется движение за переход к федеративному устройству.
А до этого, в ходе Войны за независимость, Адамс выполнял важные дипломатические поручения. Длительное время — целое десятилетие с 1778 по 1788 г. — он провел в основном в Европе: во Франции, Нидерландах, а затем в Великобритании.
Вначале он отправился во Францию, где вел переговоры с эмиссарами короля Людовика XVI о союзе. Альянс королевской Франции с новорожденной республикой казался парадоксальным, но обе стороны исходили из реальных интересов. Оказалось, что существование общего неприятеля в лице Великобритании — фактор значительно более важный, нежели принципиальное различие в государственном устройстве. Результатом было подписание франко-американского договора о союзе.
Затем Адамс провел около года в Нидерландах, где вел переговоры с банкирами, которые предоставили его стране немалый заем на сравнительно благоприятных условиях. Во время его пребывания в Лондоне в 1783 г. был подписан мирный договор, означавший официальное признание США бывшей метрополией. Позже он являлся послом своей страны в Великобритании, где вел переговоры как с Королевским двором, так и с парламентскими деятелями по оставшимся спорным вопросам, главным образом связанным с принадлежностью островов на Атлантическом океане.
Вернувшись на родину в 1788 г., Адамс встретился с Джорджем Вашингтоном, которого повсеместно называли уже «отцом нации». Оба они вспомнили, что именно Адамс в свое время предложил назначить Вашингтона командующим американской армией. Когда Вашингтон был выдвинут в президенты, он предложил Адамсу баллотироваться вместе с ним: оба президентских срока Вашингтона — 1789–1797 гг. — Адамс занимал пост вице-президента. Как он признавался позже своим близким, это были для него почти потерянные годы. Вашингтон лично решал важные хозяйственные, политические, административные вопросы, не прибегая к его помощи.
Лишь один раз Адамс в 1789 г. попытался вмешаться в решение важного вопроса и потерпел провал. Он предложил, чтобы по примеру европейских монархов — реально царствующих или почти номинальных (как это уже было в Великобритании, где все бóльшими правами обладал парламент) — президента официально именовали бы His Majesty (Ваше Величество). В результате Адамса не только высмеяли в Конгрессе и в прессе, но и обвинили в тайном монархизме, что было несправедливо, хотя явно демонстрировало складывавшиеся консервативные взгляды Джона. Осудили его как федералисты Гамильтона, так и республиканцы Джефферсона. После этого конфликта Адамс почти не высказывался по вопросам большой политики, но, имея в виду его дипломатические способности, Вашингтон назначил именно его своим посредником в переговорах между Гамильтоном и Джефферсоном, и ему удалось привести их к временному компромиссу.