Встреча Молотова с Сельтером проходила 24 сентября, а накануне переговоров советский военно-морской флот де-факто блокировал Эстонию с моря, используя в качестве повода исчезновение из порта Таллина интернированной польской подводной лодки (15 сентября скрывавшаяся от преследования рейхсмарины польская подлодка «Орел» пришвартовалась в таллинском порту, получив в соответствии с международным морским правом возможность суточного пребывания на таллинском причале. Однако под давлением Германии экипаж был интернирован. Затем «Орел» все-таки, на полулегальных основаниях, получил право продлить пребывание в эстонских водах еще на сутки, вследствие чего эстонскому МИДу было сделано жесткое предупреждение со стороны Германии. А 18 сентября польская субмарина тайно покинула причал, впоследствии благополучно добравшись до Англии)44.
Тем временем на границе Эстонии и Латвии создавалась советская военная группировка. Еще 13 августа 1939 г. в Ленинградском военном округе (ЛВО) приказом наркома обороны маршала Советского Союза К. Ворошилова № 0129 была сформирована Новгородская армейская группа, преобразованная 14 сентября в 8-ю армию, управление которой дислоцировалось в Пскове. В Калининском военном округе (КалВО) по мобилизации была развернута 7-я армия, которая, согласно директиве наркома обороны № 16664 от 14 сентября, была с 15 сентября передана в оперативное подчинение Военного совета ЛВО. Директивой № 16669 от 14 сентября нарком обороны определил состав войск прикрытия территории ЛВО на Кингисеппском (11-я стрелковая дивизия, 447-й корпусной артполк) и Псковском (управление 1-го стрелкового корпуса, 49-я, 56-я и 75-я стрелковые дивизии) направлениях. Согласно директиве наркома обороны № 030 от 25 сентября, войска 7-й армии приступили к сосредоточению на латвийской границе, а управление армии передислоцировалось в Идрицу. С 25 сентября начались разведывательные полеты советских самолетов над Эстонией. 26 сентября в штабе ЛВО была получена директива наркома № 043/оп, согласно которой требовалось «немедленно приступить к сосредоточению сил на эстонско-латвийской границе и закончить таковое 29 сентября 1939 г.». Между Финским заливом и Чудским озером развертывался Отдельный Кингисеппский стрелковый корпус, южнее Псковского озера – войска 8-й армии, а в районе Себеж, Юхневичи, Клястицы – соединения 7-й армии, в состав которой была включена часть войск 3-й армии Белорусского фронта, сосредоточенных на левом берегу Западной Двины 26–29 сентября.
РККА была поставлена задача «нанести мощный и решительный удар по эстонским войскам, для чего: а) Кингисеппской группой быстро наступать на Везенбург, Тапе, Таллин; б) 8-й армии разбить войска противника и наступать на Юрьев [Тарту] и в дальнейшем – совместно с Кингисеппской группой на Таллин, Пернов [Пярну], выделив для обеспечения своего фланга одну танковую бригаду и 25-ю кавдивизию в направлении на Валк. В случае выступления латвийских воинских частей на помощь эстонской армии [наступать] в направлении от Валка на Ригу; в) 7-й армии – прикрыть операции ЛВО со стороны латвийской границы. В случае выступления или помощи латвийской армии эстонским частям, 7-й армии быстрым и решительным ударом по обоим берегам реки Двины наступать в общем направлении на Ригу»45. Краснознаменный Балтийский флот (КБФ) получил задачу «уничтожить эстонский флот», нанести «удар по морским базам» Эстонии и «содействовать наступлению сухопутных войск ЛВО». Нарком обороны требовал подготовить к 27 сентября план операции и предупреждал, что «о времени перехода в наступление будет дана особая директива». 28 сентября нарком обороны утвердил представленный план операции против Эстонии, указав, что войскам следует избегать разрушения железнодорожных мостов. В тот же день командующий ЛВО приказал к утру 29 сентября привести КБФ в полную боевую готовность, для того чтобы, получив приказ, нанести удар по военно-морским базам Эстонии, захватить ее флот, не допустив его ухода в нейтральные воды Финляндии и Швеции, поддерживать артогнем сухопутные войска на побережье и иметь в виду высадку десанта по особому приказу. В случае выступления Латвии следовало захватить и её флот46.