Поэтому, когда в Москве 27 сентября были возобновлены советско-эстонские переговоры о подписании договора, термин «взаимопомощь» мог восприниматься Эстонией только как насмешка. Со стороны СССР переговоры вел лично И. Сталин, что свидетельствует не только о том значении, которое придавал Кремль соглашению с «малым соседом», но и безоговорочности советских намерений.
Наибольшие споры вызывал пункт о количестве и местах размещения советского военного контингента в балтийских странах. Для Эстонии Молотов предложил численность гарнизона РККА в 35 тысяч человек, в то время как численность всей эстонской армии в условиях мирного времени составляла 20 тысяч человек. Сельтер отказался принять советские предложения, тогда Сталин «снизил ставку» до 25 тысяч человек, и эстонская сторона не приняла его условия. Во время беседы с эстонским министром Сталин старался избегать прямых угроз, хотя, когда пакт был подписан, сказал Сельтеру: «С вами могло получиться, как с Польшей»47.
Изменение сфер влияния СССР и Германии обсуждалось в ходе переговоров Сталина и Молотова с Риббентропом в Москве 27–28 сентября. При этом германский министр иностранных дел упомянул, что, по сообщению германского посланника в Эстонии, СССР предложил Таллину военную конвенцию, потребовав взамен создание баз для советских военных кораблей и самолетов. «Это, очевидно, следует понимать, как первый шаг для реализации прибалтийского вопроса. Германия в настоящее время находится в состоянии войны и приветствовала бы постепенное решение прибалтийского вопроса. Ясно, что мы не заинтересованы в делах Эстонии и Латвии. Однако мы были бы благодарны, если бы советское правительство сообщило нам, как и когда оно собирается решить весь комплекс этих вопросов, с тем чтобы немецкое правительство… могло бы сформулировать свою позицию», – заявил рейхсминистр48. Коснувшись предложения Сталина об отказе Германии от Литвы в обмен на польские земли восточнее Вислы вплоть до Буга, Риббентроп счел, что компенсация за Литву недостаточна. В связи с этим он предложил расширить Восточную Пруссию за счет литовских земель. Он показал на карте линию новой границы, которая проходила от самой южной оконечности Литвы, восточнее Ковно и Гродно до Балтийского моря. Советский «вождь», отвергнув основные германские притязания, согласился на уступку района Сувалки или, как его еще называют, «Мариампольского выступа»49.
Сталин подтвердил предположение Риббентропа, что советское правительство намеревается осуществить медленное проникновение в Эстонию и Латвию, временно сохранив их правительственную систему, министерства и прочее. На следующий день, 28 сентября, Сталин вновь подчеркнул: «Пока не предполагается изменять нынешнюю политическую и экономическую систему в Эстонии и вводить там советскую систему. Пока остается эстонская конституция, министерства будут продолжать свою работу. До поры до времени Эстония будет сама решать свои внешнеполитические дела»50. Намерения советского правительства, касающиеся Литвы и Латвии, в этом разговоре не упоминались. Сталин заявил, что «Советский Союз включит в свой состав Литву в том случае, если будет достигнуто соответствующее соглашение с Германией об “обмене территорией”»51. На следующий день германская сторона дала свое добро на «обмен» территорией и тем самым на захват Литвы Советским Союзом52. Новая договоренность была зафиксирована в дополнительном протоколе к советско-германскому договору о дружбе и границе от 28 сентября 1939 г. В нем констатировалось согласие германского и советского правительств с тем, что «подписанный 23 августа 1939 г. секретный дополнительный протокол изменяется в пункте 1 таким образом, что территория литовского государства включается в сферу интересов СССР, так как, с другой стороны, Люблинское воеводство и части Варшавского воеводства включаются в сферу интересов Германии». Указывалось, что «как только правительство СССР предпримет на литовской территории особые меры для охраны своих интересов, то с целью естественного и простого проведения границы настоящая германо-литовская граница исправляется так, что литовская территория, которая лежит к юго-западу от линии, указанной на карте, отходит к Германии». Подчеркивалось также, что существующие хозяйственные отношения между Германией и Литвой не будут нарушаться вышеуказанными мероприятиями Советского Союза53.