В целом же, следует признать, улучшение было не одномоментным, а растянутым во времени. Дело в том, что при Петре Великом русские вступили в завоёванные области не под собственным культурным и цивилизационным знаменем, как это делали в старину наши князья и цари, а сохранили здесь прежний остзейский порядок: немецкое управление, немецкий язык, протестантское вероисповедание, заповедные привилегии немецких баронов, включая монопольное право собственности на землю, т.е. согласились с существованием государства в государстве, несмотря на то что остзейский порядок тяготел к германскому миру и работал на обособление Прибалтийского края от России. И это стало первым основополагающим фактором, который сыграет свою роль в процессе отпадения Прибалтики от российской имперской территории.
Сохранение остзейского порядка ставило имперскую власть в сложные отношения с местным населением края, которое оказалось как бы под двойным подданством: немецких баронов и русского императора, причём власть относительно небольшой горстки пришлого немецкого населения была абсолютной благодаря сосредоточению в руках немцев всей собственности края, а также по причине значительного представительства немецкого элемента в российской элите. В этих условиях все упования эстонцев и латышей были направлены на освобождение от деспотического всевластия баронов и переход под непосредственную единодержавную власть русского царя. Баронов ненавидели, перед царём благоговели, связывая с ним надежды на избавление от немецкого невыносимого ярма. Таким образом, предпосылки для племенного срастания края с внутренними губерниями России были налицо, но, так как это движение шло снизу и опорочивалось баронами как бунт, им не спешили воспользоваться. И это был второй факт, который помешает установлению нерушимых связей Прибалтики с Россией.
Вместе с тем при анализе исторических источников нельзя не заметить той постоянной тенденции, которая развивалась вплоть до начала XX в., — тенденции защиты верховным правительством туземного населения от эксплуататорских наклонностей прочно усевшихся здесь немецких колонистов. Если правительство постоянно стремилось к согласованию местных корпоративных привилегий немцев с общегосударственными интересами и требованиями времени, то действия баронов и бюргерства были неизменно направлены на сохранение выгодных для себя порядков любой ценой: будь то показная покорность, уступчивость в мелочах, использование связей в имперских верхах, интриги, обман, противодействие исполнению царских распоряжений на местах и т.п.
Поворотным пунктом в противостоянии мира германского и мира русского в Прибалтийском крае стало массовое движение в православие эстонцев и латышей в Лифляндии в 40-х гг. XIX в. По мнению очевидцев, поддержи верховная власть это движение в полную силу, и весь край был бы православным, а его тяготение к русскому миру — необратимым. Хотя это движение застало врасплох не только правительство, но и баронов с лютеранскими пасторами, последним всё же удалось перехватить инициативу и вначале затормозить это движение, а потом свести его на нет. Немецкий элемент смог отстоять свои интересы благодаря многим обстоятельствам. Это: терпимое отношение к протестантству в правительственных кругах, замедленная и противоречивая реакция верховной власти на религиозные запросы местного населения, слабые позиции Русской Православной Церкви в Прибалтийском крае, незнание русскими священниками местных языков, отсутствие подготовки православных священников для работы в Прибалтийском крае, организационная и кадровая неготовность Церкви справиться с массовым наплывом желающих присоединиться к православию, возведение правительством труднообъяснимых барьеров на пути в православие, свидетельствующее о неадекватности управленческих решений масштабам и потенциалу движения. Со своей стороны немецкие бароны и пасторы сделали всё от них зависящее, чтобы отстоять доминирование лютеранской религии в крае. Эстонцы и латыши столкнулись с такой религиозной нетерпимостью, с такими репрессиями, с таким остервенелым отстаиванием единства и неделимости лютеранско-немецкого геополитического пространства, что их переход в государственную религию можно сравнить с героическим хождением по кругам ада. Верховная же власть, несмотря на формальные распоряжения, не смогла оградить эстонских и латышских страдальцев за государственную религию, а значит, и за русские интересы в крае от репрессий, унижений, экономического давления и бессовестных обвинений. Вынужденный спад движения явился серьёзным поражением русского дела в крае и очередным фактором, который нельзя сбрасывать со счётов при осмыслении процессов, вызвавших потерю для России Прибалтики.