Флора Алтая богата и разнообразна, она вобрала в себя черты таежной флоры, высокогорных, степных, лесостепных и полупустынных, зачастую эндемичных сообществ. На территории Республики Алтай произрастает более 2000 только высших растений, из которых 300 имеют пищевую и лекарственную ценность. 45 видов грибов и растений включены в Красную книгу России, из них 4 вида грибов, 7 – лишайников, 1 – сосудистых растений и 33 – цветковые растения. Из названных краснокнижных растений 15 видов цветковых имеют статус алтае-саянского эндемика [Красная книга., 2000].
Основные угрозы для растительных сообществ связаны с изменением местообитаний природного (изменение климата и изменение ареалов распространения видов флоры) и антропогенного (деградация пастбищ вблизи населенных пунктов, восстановление дальних пастбищ иными растительными сообществами) характера; сменой пород на вырубках и гарях; нерегулируемой заготовкой биологического сырья растительного происхождения и др.
На изучаемой территории отмечены два вида из категории «исчезающий», 10 – «неустойчивых» по численности и ареалам распространения и 28 видов – «редкие».
Региональная Красная книга Республики Алтай включает 136 видов высших растений, лишайников и грибов. Каждый вид имеет статус в зависимости от угрожаемого состояния и отнесен к категориям, принятым в Красной книге Международного союза охраны природы (МСОП). К видам, находящимся под угрозой исчезновения, отнесено 9, в том числе 5 цветковых и 4 папоротниковидных; к уязвимым видам – 39; к редким – 88 [Красная книга…, 2000].
На территории Катунского биосферного заповедника отмечено только высших сосудистых растений 663 вида, из них 4 включены в Красную книгу РСФСР [Флора., 2001]. В пределах объекта всемирного наследия – плоскогорья Укок – описано более 750 видов и подвидов сосудистых растений.
Ресурсы животного мира
Биологическое разнообразие животных Алтая чрезвычайно велико. Беспозвоночные животные Алтая не изучены. Видовой состав, ландшафтная приуроченность и обилие изучены только по отдельным таксонам класса насекомых (Insecta), в частности, рассматривались две группы отряда чешуекрылых (Lepidoptera) – совки (Noctuidae) и дневные булавоусые (Rhopalocera). Причем по первому отряду выявлен фаунистический состав, включающий 306 видов, а по второму – 213 видов. Особое внимание насекомым отряда чешуекрылых уделялось на том основании, что они являются хорошими индикаторами состояния окружающей среды. 22 редких и исчезающих вида беспозвоночных животных занесены в Красную книгу Республики Алтай [Красная книга., 2000].
Позвоночные животные (Vertebrata) Республики Алтай изучены довольно хорошо. В Республике Алтай зарегистрировано 34 вида из класса костных рыб (Pisces, Osteichthyes), из них 4 вида занесены в Красную книгу Республики Алтай (ККРА), 4 вида земноводных (Amphibia), в том числе 1 вид занесен в ККРА, 7 видов пресмыкающихся (Reptilia), в том числе 1 вид – в ККРА, птиц (Aves) – 346 видов (67 – в ККРА), млекопитающих (Mammalia) – 97 видов (19 видов – в ККРА). По амфибиям, рептилиям, птицам и млекопитающим имеются полные кадастровые данные об их распространении, сезонной динамике, пространственно-временной структуре населения и обилии в ландшафтах всей Республики Алтай [Красная книга., 2000].
Гидробиологические ресурсы
Гидробиологические ресурсы оценены для равнинной части приграничных территорий. Широко представленные здесь мелководные малые озера отличаются высоким уровнем биологической продуктивности – «западно-сибирские ультраэвтрофные озера-блюдца» [Фолитарек, 1984]. По уровню продуцируемой биомассы и скорости обменных процессов и накоплению органического вещества они не имеют себе равных среди однотипных озер России.
На соленых озерах выявлена высокая сырьевая база гидробионтов, достаточная для организации промышленной заготовки цист артемии, биомассы рачков артемии, гаммаруса и дафнии, фитомассы водной растительности, сапропеля. Ресурсные гидробиологические исследования и технологические разработки создали научно-производственную базу для нового вида природопользования – промышленные заготовки и переработки биосырья водного происхождения. Сегодня в солоновато-водных озерах в виде биосырья добывают не менее 2500 т рачка гаммаруса, 380 т – яиц рачка артемии. Большая часть добытого сырья реализуется в качестве экспортных поставок или белковых добавок в кормопроизводство [Водоемы…, 1999].