Однако весной 1941 г. митрополитам Сергию (Страгородскому) и Сергию (Воскресенскому) суждено было не только навсегда расстаться, но и оказаться со временем в непримиримом политическом противостоянии друг с другом, ставшем неизбежным результатом той общей для них церковной политики, которую оба митрополита продолжали последовательно проводить и в годы Второй мировой войны. Показательно, что начало этому будущему противостоянию двух политических единомышленников и собратьев по архиерейскому служению положил указ митрополита Сергия (Страгородского) от 24 февраля 1941 г. о назначении митрополита Сергия (Воскресенского) митрополитом Виленским и Литовским и Экзархом всей Прибалтики, который, следуя принятой митрополитом Сергием (Страгородским) еще в 1927 г. практике, был предварительно согласован со спецслужбами богоборческого государства. Нарком госбезопасности В. Меркулов так охарактеризовал вызвавшую этот указ митрополита Сергия (Страгородского) очередную церковно-политическую операцию своего ведомства в докладе Сталину в марте 1941 г.: «НКГБ подготовил проведение следующих мероприятий: 1) Через агентуру НКГБ СССР вынести решение Московской Патриархии о подчинении ей православных церквей Латвии, Эстонии, Литвы, для чего использовать заявления от местного рядового духовенства и верующих; 2) Для управления епархиями Прибалтийских республик решением Московской Патриархии назначить в качестве экзарха (уполномоченного) архиепископа Воскресенского Дмитрия Николаевича (агент НКГБ СССР), воспользовавшись для этого имеющимися в Московской Патриархии соответствующими просьбами со стороны местного духовенства».
Нападение нацистской Германии на СССР в июне 1941 г., в результате которого митрополиты Сергий (Страгородский) и Сергий (Воскресенский) оказались отделенными друг от друга не только линией фронта, но и необходимостью проводить казавшуюся им единственно возможной политику сотрудничества со вступившими в смертельную схватку богоборческими тоталитарными режимами, окончательно противопоставило их друг другу в их земной жизни.
Уже 22 июня 1941 г. Сергий (Страгородский) составил послание пастырям и пасомым, в котором была сформулирована его позиция по отношению к почти полностью уничтожившему Русскую Православную Церковь коммунистическому государству в момент, когда самому этому государству стала угрожать опасность быть уничтоженным в войне с внешним врагом. Формулируя свою позицию от имени Русской Православной Церкви, испытавшей в предшествующие двадцать лет невиданные в своей истории гонения от коммунистического государства, митрополит Сергий (Страгородский) ни разу не упомянул в своем послании ни об этих гонениях, ни о самом существовании в России богоборческого государства, но в то же время весьма двусмысленно отождествил это государство, уничтожавшее его отечество и его народ, с этим отечеством и этим народом. «Фашиствующие разбойники напали на нашу родину. Попирая всякие договоры и обещания, они внезапно обрушились на нас, и вот кровь мирных граждан уже орошает родную землю. Повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла шведского, Наполеона, жалкие потомки врагов православного христианства хотят еще раз попытаться поставить народ наш на колени перед неправдой, голым насилием принудить его пожертвовать благом и целостью родины, кровными заветами любви к своему отечеству. Но не первый раз приходится русскому народу выдерживать такие испытания. С Божьей помощью и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу… Отечество защищается оружием и общим народным подвигом, общей готовностью послужить отечеству в тяжкий час испытания всем, чем каждый может. Тут есть дело рабочим, крестьянам, ученым, женщинам и мужчинам, юношам и старикам… Православная наша церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она и испытания несла, и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь. Благословляет она небесным благословением и предстоящий всенародный подвиг…» Отдавая себе отчет в том, что для остававшихся на свободе представителей духовенства, являвшихся свидетелями коммунистических гонений, крушение богоборческого государства даже в условиях войны с внешним врагом будет представляться весьма желанной перспективой, митрополит Сергий (Страгородский) постарался подчеркнуть нерасторжимость союза Русской Православной Церкви и коммунистического режима, вновь подменив понятие «государство» понятием «отечество» и поставив в один ряд понятие «измена родине» с изменой «пастырскому долгу». «Нам, пастырям Церкви, в такое время, когда отечество призывает всех на подвиг, недостойно будет лишь молчаливо посматривать на то, что кругом делается, малодушного не ободрить, огорченного не утешить, колеблющемуся не напомнить о долге и воле Божией. А если, сверх того, молчаливость пастыря, его некасательство к переживаемому паствой объясняется еще лукавыми соображениями насчет возможных выгод на той стороне границы, то это будет прямая измена родине и своему пастырскому долгу».